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Université Joseph Fourier - GRENOBLE 1
Faculté de Pharmacie


THESE


pour obtenir le grade de

DOCTEUR DE L’UNIVERSITE JOSEPH FOURIER
en Sciences du Médicament


Présentée et soutenue publiquement par

Joséphine RUTA

Le 13 octobre 2008

Aptamères énantiosélectifs en série ADN et ARN :
applications à la séparation chirale en micro-
chromatographie et en électrophorèse capillaire


Membres du Jury

Mme M.- C. HENNION Rapporteur
Mr J.-P. DUBOST
Mr P. BROSSIER Examinateur
Mr E. DEFRANCQ nateur
Mr J.-L. DECOUT Invité
Melle C. RAVELET Co-Directrice de thèse
Mr E. PEYRIN Directeur de thèse


Thèse préparée au sein du
Laboratoire de chimie analytique – Département de Pharmacochimie Moléculaire (DPM)
UMR 5063 CNRS

Ecole doctorale Chimie et Sciences du Vivant
1 Université Joseph Fourier - GRENOBLE 1
Faculté de Pharmacie


THESE


pour obtenir le grade de

DOCTEUR DE L’UNIVERSITE JOSEPH FOURIER
en Sciences du Médicament


Présentée et soutenue publiquement par

Joséphine RUTA

Le 13 octobre 2008

Aptamères énantiosélectifs en série ADN et ARN :
applications à la séparation chirale en micro-
chromatographie et en électrophorèse capillaire


Membres du Jury

Mme M.- C. HENNION Rapporteur
Mr J.-P. DUBOST
Mr P. BROSSIER Examinateur
Mr E. DEFRANCQ nateur
Mr J.-L. DECOUT Invité
Melle C. RAVELET Co-Directrice de thèse
Mr E. PEYRIN Directeur de thèse


Thèse préparée au sein du
Laboratoire de chimie analytique ...

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Université Joseph Fourier - GRENOBLE 1 Faculté de Pharmacie THESE pour obtenir le grade de DOCTEUR DE L’UNIVERSITE JOSEPH FOURIER en Sciences du Médicament Présentée et soutenue publiquement par Joséphine RUTA Le 13 octobre 2008 Aptamères énantiosélectifs en série ADN et ARN : applications à la séparation chirale en micro- chromatographie et en électrophorèse capillaire Membres du Jury Mme M.- C. HENNION Rapporteur Mr J.-P. DUBOST Mr P. BROSSIER Examinateur Mr E. DEFRANCQ nateur Mr J.-L. DECOUT Invité Melle C. RAVELET Co-Directrice de thèse Mr E. PEYRIN Directeur de thèse Thèse préparée au sein du Laboratoire de chimie analytique – Département de Pharmacochimie Moléculaire (DPM) UMR 5063 CNRS Ecole doctorale Chimie et Sciences du Vivant 1 Université Joseph Fourier - GRENOBLE 1 Faculté de Pharmacie THESE pour obtenir le grade de DOCTEUR DE L’UNIVERSITE JOSEPH FOURIER en Sciences du Médicament Présentée et soutenue publiquement par Joséphine RUTA Le 13 octobre 2008 Aptamères énantiosélectifs en série ADN et ARN : applications à la séparation chirale en micro- chromatographie et en électrophorèse capillaire Membres du Jury Mme M.- C. HENNION Rapporteur Mr J.-P. DUBOST Mr P. BROSSIER Examinateur Mr E. DEFRANCQ nateur Mr J.-L. DECOUT Invité Melle C. RAVELET Co-Directrice de thèse Mr E. PEYRIN Directeur de thèse Thèse préparée au sein du Laboratoire de chimie analytique – Département de Pharmacochimie Moléculaire (DPM) UMR 5063 CNRS Ecole doctorale Chimie et Sciences du Vivant 2 AVANT PROPOS Cette thèse est effectuée au sein du laboratoire de chimie analytique du Département de Pharmacochimie Moléculaire (DPM) UMR 5063 CNRS, Institut de Chimie Moléculaire de Grenoble (ICMG) FR 2607, UFR de Pharmacie de Grenoble, Université Joseph Fourier (UJF) de Grenoble. L’organisation des équipes au sein du DPM et la composition de l’équipe de chimie analytique sont présentées dans l’organigramme suivant : 3 Le laboratoire se trouve depuis mars 2007 sur le campus à Saint Martin d’Hères dans le but de favoriser le rapprochement entre les équipes de recherche composant l’ICMG (Institut de Chimie Moléculaire de Grenoble). L’équipe de chimie analytique travaille sur le développement de nouveaux sélecteurs chiraux (aptamères en série ADN et ARN, dérivés de la néamine) permettant la séparation des énantiomères de molécules bioactives (acides aminés, médicaments…) par des méthodes chromatographiques et électrophorétiques et le développement d’essais énantiosélectifs. Mes travaux de thèse ont commencé en octobre 2005 sous la direction du Pr Eric Peyrin et la co-direction du Dr Corinne Ravelet. Ces travaux ont donné lieu à 5 publications internationales (cf partie Résultats et Discussion). Ma thèse a été financée par une bourse ministérielle. 4 REMERCIEMENTS Je souhaiterais, tout d’abord, exprimer toute ma gratitude envers les membres du jury de cette thèse et notamment envers les professeurs Marie-Claire Hennion et Jean-Pierre Dubost qui ont bien voulu consacrer une partie de leur temps à la lecture de ce travail et qui m’ont fait l’honneur d’accepter d’être rapporteurs de ce manuscrit. Je remercie également les professeurs Pierre Brossier et Eric Defrancq pour avoir accepté d’examiner mon rapport. Je tiens également à exprimer toute ma reconnaissance à Mr le PROFESSEUR Eric Peyrin, mon directeur de thèse, pour m’avoir encadrée brillamment pendant ces trois années de thèse. Je tiens à lui faire part de toute mon admiration face à son énorme talent de chercheur. Ces connaissances multiples et diverses, ses idées ingénieuses, ses solutions apportées face à tous types de problèmes et sa rapidité dans la rédaction des publications m’ont beaucoup impressionnée durant ma thèse. Enfin, je terminerai en le remerciant pour sa gentillesse, sa simplicité, sa bonne humeur quotidienne et son humour (« Forza Italia »). Je tiens également à remercier chaleureusement ma « co-directrice » de thèse : le Dr Corinne Ravelet qui fut durant ces trois années de thèse bien plus qu’une « co-directrice ». Je tiens à souligner ses qualités tant sur le plan professionnel qu’humain. Je voudrais également la remercier pour sa gentillesse, sa simplicité et son soutien face aux périodes de « chat noir » que j’ai pu rencontrer. J’ai également beaucoup apprécié les moments de complicité rencontrés durant les expériences que l’on a pu réaliser ensemble. Je souhaite, ensuite, remercier notre technicienne Jennifer Fize pour son implication dans mon sujet de thèse et pour son amitié. Je voudrais ensuite la remercier pour son soutien et pour toutes ses petites anecdotes qui m’ont souvent permis de faire une pause. Enfin, je n’oublierai pas nos vacances à Majorque et tous les bons moments passés ensemble. Je continuerai par remercier tous les autres membres de l’équipe de chimie analytique : Anne Ravel (ma compagne de roller), Annick Villet, Danièle Esnault, Catherine Grosset et mon compagnon de bureau, Mustafa Zaher, notre « Musclor » du labo qui m’a souvent fait don de sa force pour dévisser les connexions des colonnes. Je voudrais ensuite remercier toute l’équipe de Chimie Bio-organique du DPM pour m’avoir accueillie avec gentillesse au sein de leur laboratoire pendant plusieurs mois et notamment Isabelle Baussanne pour son encadrement en synthèse, sa disponibilité et sa 5 gentillesse, Jean-Luc Décout pour son encadrement en synthèse et sa participation dans le jury de cette thèse et Jérôme Désiré pour son implication dans une partie de mon sujet, pour son humour et sa bonne humeur (sans rancune!!!) J’aimerais également remercier les anciennes thésardes du laboratoire (Marine, Béa), avec qui nous avions formé le groupe des « VAMPS » (bien sûr avec Jenny), pour tous les bons moments passés ensemble et pour leur aide lors de mon séjour en synthèse et notre retraité François Thomasson pour sa formation et son aide en RMN. Je n’oublierai pas de remercier nos superbes secrétaires : Angèle Nicole, mon soutien italien et ma compagne de roller et Pascale Battistoni, notre grande gourmande du laboratoire qui nous apporte très souvent de la bonne humeur au coin café par ses gaffes. Je souhaiterai également remercier les autres membres du DPM : Toute l’équipe de Pharmacotechnie, Christine, Delphine (notre maman poule), Annabelle (notre fashion victim), Luc (p’tit Bob), et Denis (et son rire communicatif), que j’ai appris à connaître, depuis le déménagement, au coin café et que j’apprécie énormément. Toute l’équipe des substances naturelles et diversité moléculaire : Yung (et son canapé, un grand merci pour tes nems exceptionnels), Estelle (notre nouvelle compagne du bureau étudiant que j’aurais aimé connaître davantage), Chantal, Ahcène, Florence, Madeleine, Anne-Marie Mariotte…. Je n’oublierai pas de remercier Antoine Fortuné, notre « docteur » de l’informatique (même si modélisateur moléculaire avant tout), pour avoir résolu tous les problèmes informatiques du bureau étudiant avec beaucoup de patience. Enfin, je tiens à souligner tous les moments inoubliables de ces trois années de thèse : ma première soirée du foot, une grande victoire mémorable (et je ne citerai pas de noms), la soirée karaoké où l’on s’est bien marré, n’est-ce pas Jérôme ??, bien sûr la victoire de l’Italie à la coupe du monde et contre la France à l’Euro (petit dédicace à Eric)….. Je garderai donc un bon souvenir de ces trois années de thèse passées au DPM, un laboratoire petit par sa taille mais grand en valeurs humaines. J’adresse également mes remerciements au ministère de la recherche pour l’aide financière octoyée. 6 Je finirai par remercier mes proches : mes parents pour le soutien qu’ils m’ont apporté pendant toutes ces années d’études, je leur en serai toujours reconnaissante, mon frère et ma sœur qui m’ont souvent traité de « dingue » d’aller si loin mais qui m’ont bien soutenu, ma petite Clara pour m’avoir fait le bonheur de venir au monde lors de ma dernière année de thèse et pour toute la joie qu’elle m’apporte au quotidien et enfin mon deuxième filleul Jérémy, qui je l’espère, sera fier de sa marraine. Enfin, merci de tout cœur à ceux qui m’ont encouragé de près comme de loin durant ces quelques années… 7