THÈSE

TH¨SE prØsentØe devant L’UNIVERSIT DE BRETAGNE OCCIDENTALE COLE DOCTORALE DES SCIENCES DE LA MATI¨RE DE L’INFORMATION ET DU VIVANT POUR L’OBTENTION DU GRADE DE DOCTEUR Mention Microbiologie par StØphane GAILLARD ModØlisation de la thermorØsistance, de la viabilitØ et du comportement la recroissance de Bacillus cereus, en fonction de la tempØrature, du pH et de l’activitØ aqueuse. Soutenue le : 19 dØcembre 2003 Devant la commission d’examen formØe de : Dr. J.M. MEMBR Directeur de Recherche, INRA Rapporteur Pr. J. VAN IMPE UniversitØ Catholique de Louvain Rapp Dr. I. LEGU RINEL Ma tre de confØrences, UBO Examinateur Dr. L. PERRIER IngØnieur de Recherche, DANONE Dr. N. SAVY PRAG, UBO Pr. P. MAFART UBO Directeur de ThŁseRemerciements Les travaux de recherche prØsentØs dans ce manuscrit ont ØtØ rØalisØs au sein du Laboratoire Universitaire de Microbiologie AppliquØe de Quimper (LUMAQ) dirigØ par le Professeur Adrien BINET, en collaboration avec le p le de compØtences en sØcuritØ alimentaire du groupe DANONE. Je tiens exprimer toute ma reconnaissance au Professeur Pierre MAFART, mon Directeur de thŁse, qui tout au long de ces annØes, m’a suivi et encouragØ. Je tiens le remercier pour son in nie patience et pour la trŁs grande libertØ qu’il m’a accordØe dans la conduite de ce travail. Les discussions que nous avons eues et les conseils qu’il m’a prodiguØs se sont toujours rØvØlØs fructueux et formateurs. Pour tout cela, je tiens lui tØmoigner toute ma gratitude et mon profond respect. J’adresse Øgalement toute ma gratitude au Professeur Jan VAN IMPE de l’Uni- versitØ Catholique de Louvain et au Docteur Jeanne-Marie MEMBR de l’INRA de Lille qui me font l’honneur d’Œtre rapporteurs de cette thŁse. Je les remercie vivement d’avoir acceptØ de juger ce travail. L’ensemble des travaux a ØtØ nancØ par le groupe DANONE dans le cadre d’une convention CIFRE. Je tiens tout particuliŁrement remercier le Docteur StØphan ARINO, mon co-directeur de thŁse, sans qui cette Øtude n’aurait pas ØtØ possible. Je tenais ce qu’il fasse partie de ce jury en gage de l’expression de ma reconnais- sance. Cependant, malgrØ la meilleure volontØ du monde, il ne pourra pas m’honorer de sa prØsence. Je lui exprime mes profonds regrets. Je souhaite donc adresser de vifs remerciements au Docteur Louise PERRIER de DANONE VITAPOLE qui a acceptØ d’examiner ce travail en prenant place au sein du jury. Je remercie sincŁrement le Docteur Ivan LEGU RINEL de m’avoir permis de mener cette thŁse dans une ambiance trŁs conviviale. Je lui suis trŁs reconnaissant de m’avoir fait con ance en me laissant l’entiŁre libertØ de concilier ma recherche et mon enseignement. Son soutien et ses encouragements pour les travaux pratiques et dirigØs de GØnie Industriel Alimentaire m’ont beaucoup touchØ. C’est pour moi l’occasion de lui exprimer toute ma gratitude. Je tiens adresser mes profonds remerciements au Docteur Nicolas SAVY pour sa disponibilitØ et ses prØcieux conseils au niveau des statistiques et des mathØ- Amatiques. Je lui suis Øgalement trŁs reconnaissant de m’avoir fait dØcouvrir LT X.Eii C’est un trŁs grand plaisir de le voir prendre place dans le jury pour examiner cette thŁse. J’adresse Øgalement mes remerciements Christian DAR , notre gourou de l’in- formatique, qui m’a initiØ et converti au systŁme Debian GNU/Linux. Merci d’avoir toujours ØtØ dŁle au poste en cas de problŁmes. Je lui souhaite une trŁs bonne conti- nuation dans ses nouvelles fonctions Brest. Je souhaite Øgalement remercier chaleureusement tous les membres du labora- toire qui m’ont, chacun leur maniŁre, soutenu, aidØ et encouragØ dans ce travail, en particulier Olivier COUVERT, Louis COROLLER, Yannick FLEURY et StØphanie SAVY. En n, je tiens remercier ma famille qui, jusqu’au bout, m’a soutenu et aidØ, ainsi que tous les fragueurs , fragueuses et plongeurs qui ont frØquentØ le laboratoire y crØant cette ambiance si attachante. Cette thŁse leur est dØdiØe.Table des matiŁres RØsumØ vii Liste des tableaux ix Table des gures xi Introduction 1 1 Etude Bibliographique 5 1.1 La spore bactØrienne . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 1.1.1 GØnØralitØs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 1.1.2 Morphologie de la spore bactØrienne . . . . . . . . . . . . . . 6 1.1.3 Origine de la rØsistance thermique . . . . . . . . . . . . . . . 8 1.2 Etude du traitement thermique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 1.2.1 Les modŁles cinØtiques ou modŁles primaires . . . . . . . . . 12 1.2.2 Les modŁles environnementaux ou modŁles secondaires . . . 15 1.2.2.1 In uence de la tempØrature . . . . . . . . . . . . . 15 1.2.2.2 du pH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 1.2.2.3 In uence de l’activitØ de l’eau . . . . . . . . . . . . 20 1.2.3 Quanti cation des traitements thermiques . . . . . . . . . . 22 1.3 La rØcupØration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24 1.3.1 La modØlisation primaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24 1.3.2 La mo secondaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27 1.3.2.1 In uence de la tempØrature d’incubation . . . . . . 27 1.3.2.2 du pH de rØcupØration . . . . . . . . . . 29 1.3.2.3 In uence de l’activitØ de l’eau . . . . . . . . . . . . 30 1.3.3 La rØcupØration et le calcul des barŁmes . . . . . . . . . . . 31 1.4 Etude du comportement la recroissance . . . . . . . . . . . . . . . 32 1.4.1 La modØlisation primaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 1.4.2 La mo secondaire du taux de croissance . . . . . . 34 1.4.2.1 Les modŁles polyn miaux . . . . . . . . . . . . . . 34 1.4.2.2 Les modŁles racine carrØe . . . . . . . . . . . . 34 1.4.2.3 Le Gamma Concept de Zwietering . . . . . . . 35 1.4.2.4 Les modŁles cardinaux . . . . . . . . . . . . . . . . 35 1.4.3 La modØlisation du temps de latence . . . . . . . . . . . . . 36 1.5 Bacillus cereus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39iv TABLE DES MATI¨RES 1.6 Microbiologie prØvisionnelle, le contexte . . . . . . . . . . . . . . . . 41 2 MatØriel et mØthodes 43 2.1 MatØriel biologique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43 2.2 Etude du traitement thermique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44 2.2.1 Les milieux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44 2.2.1.1 Etude du pH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44 2.2.1.2 de l’a . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44W 2.2.2 CinØtique de survie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44 2.2.3 Plans expØrimentaux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 2.3 La rØcupØration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 2.3.1 Les milieux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46 2.3.2 CinØtique de rØcupØration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 2.3.3 Plans expØrimentaux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 2.4 Etude de la latence et de la croissance . . . . . . . . . . . . . . . . 47 2.4.1 Les milieux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47 2.4.2 MØthode de dØnombrement en milieu liquide (NPP) . . . . . 48 2.4.3 Calibration du spectrophotomŁtre . . . . . . . . . . . . . . . 48 2.4.4 La manipulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49 2.4.5 Organisation des manipulations . . . . . . . . . . . . . . . . 49 2.4.6 In uence de la taille de l’inoculum . . . . . . . . . . . . . . 49 2.5 Traitement des donnØes expØrimentales . . . . . . . . . . . . . . . . 51 2.5.1 Estimation des paramŁtres des modŁles . . . . . . . . . . . . 51 2.5.1.1 L’estimateur des moindres carrØs . . . . . . . . . . 51 2.5.1.2 RØgions de con ance des paramŁtres . . . . . . . . 51 2.5.1.3 Eustachage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 2.5.2 Evaluation de la qualitØ d’un modŁle . . . . . . . . . . . . . 53 22.5.2.1 CritŁre quantitatif : le R . . . . . . . . . . . . 53ajuste 2.5.2.2 qualitatif : l’analyse des rØsidus . . . . . . . 54 3 La modØlisation primaire de la survie 57 3.1 RØsultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57 3.1.1 Allure des courbes de survie . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57 3.1.2 Choix du modŁle primaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58 3.1.2.1 CaractØristiques de la distribution de Weibull . . . 58 3.1.2.2 Signi cation des paramŁtres et . . . . . . . . . 60 3.1.2.3 ReparamØtration . . . . . . . . . . . . . . . . . 62 3.1.3 Evaluation du modŁle sur une cinØtique . . . . . . . . . . . . 63 3.1.3.1 Estimation des paramŁtres . . . . . . . . . . . . . . 63 3.1.3.2 Evaluation de la qualitØ d’ajustement . . . . . . . . 64 3.1.4 Application l’ensemble des cinØtiques . . . . . . . . . . . . 66 3.1.4.1 Calcul des paramŁtres . . . . . . . . . . . . . . . . 66 3.1.4.2 QualitØ de l’ajustement . . . . . . . . . . . . . . . 66 3.2 Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67 3.2.1 Observation du comportement de p . . . . . . . . . . . . . . 67 3.2.2 Evaluation du modŁle avec une valeur de p xe . . . . . . . 70TABLE DES MATI¨RES v 3.2.2.1 Estimation des paramŁtres . . . . . . . . . . . . . . 70 3.2.2.2 Utilisation du jackknife pour le calcul des paramŁtres et de leurs intervalles de con ance . . . . . . . . . 71 3.2.2.3 Evaluation de la qualitØ d’ajustement . . . . . . . . 74 3.2.3 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76 4 La modØlisation secondaire de la survie 79 4.1 RØsultats relatifs au traitement thermique . . . . . . . . . . . . . . 79 4.1.1 In uence de la tempØrature . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79 4.1.2 de l’activitØ de l’eau . . . . . . . . . . . . . . . . . 81 4.1.2.1 Choix du modŁle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81 4.1.2.2 Ajustement et qualitØ du modŁle . . . . . . . . . . 81 4.1.2.3 Bilan et interprØtations . . . . . . . . . . . . . . . 84 4.1.3 In uence du pH . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84 4.1.3.1 Choix du modŁle utiliser . . . . . . . . . . . . . . 84 4.1.3.2 Estimation des paramŁtres et qualitØ du modŁle . . 86 4.1.3.3 Bilan et i