A Superimposition Method for Small Ligand Molecules: Implementation and Application Den Naturwissenschaftlichen Fakultäten der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg zur Erlangung des Doktorgrades vorgelegt von Alexander von Homeyer aus Nürnberg Als Dissertation genehmigt von den Naturwissenschaftlichen Fakultäten der Universität Erlangen-Nürnberg Tag der mündlichen Prüfung: 11.06.2007 Vorsitzender der Promotionskommission: Prof. Dr. D.-P. Bänsch Erstberichterstatter: Prof. Dr. J. Gasteiger Zweitberichterstatter: Prof. Dr. T. Clark The studies in this work were carried out on suggestion of Prof. Dr. Gasteiger at the Computer-Chemie-Centrum and the Institute for Organic Chemistry of the Friedrich-Alexander University Erlangen-Nürnberg. First of all I would like to thank my supervisor Prof. Dr. Johann Gasteiger for giving me the opportunity to join his group. This work would not have been possible without his support. Furthermore, my special thanks go to Martin Reitz, Dr. Lothar Terfloth, Dr. Thomas Kleinöder, Dr. Christof Schwab und Ulrike Burkard for many scientific discussions. Many thanks go to the people who supported me in programming problems as Dr. Thomas Kleinöder, Dr. Lothar Terfloth, Thomas Tröger, Dr. Achim Herwig, Dr. Jörg Wegner and Markus Hemmer.