Développement d’outils chimiques pour l’élucidation de la biosynthèse des flavonoïdes du raisin : anthocyanes versus proanthocyanidines

Céline Chalumeau

Description

Sous la direction de Stéphane Quideau, Denis Deffieux
Thèse soutenue le 21 décembre 2010: Bordeaux 1
Ces dernières années, des progrès remarquables ont été accomplis afin d’élucider la biosynthèse des flavonoïdes. Cependant les dernières étapes menant à la formation des proanthocyanidines ou tannins condensés issus de la vigne, restent à ce jour inconnues. Dans le but de déterminer si une ou plusieurs enzyme(s) spécifique(s) sont impliquées dans cette voie de biosynthèse, nous avons développé une approche de protéomique chimique, impliquant des matrices d’affinité constituées de substrats de type flavanols greffés sur un support solide. La validation de ces outils à l’aide de LDOX, une enzyme issue de Vitis vinifera a pu être menée à bien dans le cadre de ces travaux de thèse.
-Flavonoïdes
-Biosynthèse
-Protéomique chimique
-Chromatographie d'affinité
-Synthèse de flavonoïdes
-Ldox
Remarkable progress toward the complete elucidation of the biosynthesis of flavonoids has been accomplished during the last decade, but the final step leading to proanthocyanidins still remain to be elucidated, in particular, the exact nature of starter and extension units as well as the enzymatic or non enzymatic condensation process. In order to answer whether some specific enzymes are involved in the biosynthesis of grapevine proanthocyanidins, we have developped a chemical proteomics approach, with an affinity chromatography-based tool in which a flavanol type substrate is loaded on an appropriate solid support. The validation of these tools with the LDOX enzyme from Vitis vinifera was developped and performed in this Ph.D work.
-Flavonoids
-Biosynthesis
-Chemical proteomics
-Affinity chromatography
-Flavonoids synthesis
-Ldox
Source: http://www.theses.fr/2010BOR14188/document

Sujets

• Biosynthèse

Informations

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• Poids de l'ouvrage: 3 Mo

Extrait

N° d’ordre : 4188






THÈSE

PRÉSENTÉE A

L’UNIVERSITÉ BORDEAUX 1

ÉCOLE DOCTORALE DES SCIENCES CHIMIQUES

Par Céline CHALUMEAU

POUR OBTENIR LE GRADE DE

DOCTEUR

SPÉCIALITÉ : CHIMIE ORGANIQUE

Développement d’outils chimiques pour l’élucidation de la
biosynthèse des flavonoïdes du raisin : Anthocyanes versus
proanthocyanidines

Directeur de recherche : Pr. Stéphane Quideau

Soutenue le : 21 décembre 2010

Après avis de :

Mme GENY, L. Maître de conférence, Université Victor Ségalen Bordeaux 2 Rapporteur
M. DANGLES, O. Professeur, Université d’Avignon et des Pays de Vaucluse Rapporteur

Devant la commission d’examen formée de :

Mme GENY, L. Maître de conférence, Université Victor Ségalen Bordeaux 2 Rapporteur
M. DANGLES, O. Professeur, Université d’Avignon et des Pays de Vaucluse Rapporteur
M. SCHMITTER, J-M. Professeur, Université Bordeaux 1 Examinateur
M. DUBOURDIEU, D. Professeur, Université Victor Ségalen Bordeaux 2 Président du jury
M. DEFFIEUX, D. Maître de conférence, Université Bordeaux 1 Co-directeur de thèse
M. QUIDEAU, S. Professeur, Université Bordeaux 1 Directeur de thèse

Université Bordeaux 1
Les Sciences et les Technologies au service de l’Homme et de l’environnement
Remerciements

Je tiens tout d’abord à remercier les directeurs de l’Institut Européen de Chimie et de Biologie
(IECB), le Docteur Jean-Jacques Toulmé et le Docteur Ivan Huc ainsi que le Docteur
Philippes Garrigues et le Professeur Stéphane Quideau, respectivement directeurs de l’Institut
des Sciences Moléculaires (ISM) et du groupe Synthèse, pour m’avoir accueillie dans leur
laboratoire.

Je tiens à remercier le Professeur Stéphane Quideau pour m’avoir accueillie au sein de son
équipe et m’avoir initiée à la chimie des polyphénols. Je tiens également à lui adresser mes
remerciements pour ses conseils avisés en chimie organique, pour la confiance qu’il m’a
accordée, la rigueur qu’il a su m’enseigner ainsi que pour m’avoir fait participer à plusieurs
congrès, notamment à l’ICP (Conférence Internationale sur les Polyphénols).

Je souhaite également témoigner toute ma reconnaissance au Docteur Denis Deffieux, mon
co-directeur de thèse, qui m’a encadrée pendant ces trois années, pour ses précieux conseils
scientifiques, pour sa disponibilité, son écoute, sa confiance et ses encouragements. Un grand
merci Denis aussi pour ta patience et ton coatching à toute épreuve (« on lache rien ! »), des
manips jusqu’aux présentations orales, qui m’auront vraiment permis d’avancer.

Je remercie sincèrement le Docteur Laurence Gény et le Professeur Olivier Dangles d’avoir
accepté de juger ce travail en qualité de rapporteurs, ainsi qu’au Professeur Jean-Marie
Schmitter pour avoir accepté d’être examinateur de ces travaux. Je tiens également à exprimer
mes remerciements au Professeur Denis Dubourdieu qui me fait l’honneur d’être le président
de ce jury.

J’adresse mes remerciements au Conseil Interprofessionnel du Vin de Bordeaux (CIVB), pour
son soutien financier durant ces trois années de thèse. Je remercie en particulier M. Laurent
Charlier et Mme Muriel Barthe.

Je souhaite également remercier les personnes qui ont vivement contribué à ce projet, en
particulier Sabrina Rousseau pour la partie biologie/biochimie. Merci Sabrina pour ton
énergie, ton efficacité, ta disponibilité et ton implication dans ce projet. Entre autres, je
n’oublierai pas ton soutien et ta gentillesse dans les moments difficiles et soulignerai ton
dévouement (dimanche et heures tardives incluses), et ce, même pliée en deux en arrêt
maladie ! Merci d’avoir contribué à la réussite de ce travail, et d’avoir vécu, mangé et dormi
avec la LDOX en même temps que moi.
Je remercie également le Dr. Claudine Trossat pour avoir initié une chimiste à la biochimie
des protéines et pour m’avoir accueillie dans son laboratoire à l’INRA. Merci pour ta
sympathie et ton enthousiasme Claudine! Je tiens aussi à remercier le Docteur Stéphane
Chaignepain pour la partie spectrométrie de masse (analyse protéomique). Merci pour tout le
temps que tu as su trouver pour prendre part à ce projet (même jusqu’à 2h du matin vers la
fin !), pour tes conseils et ta participation active. Merci aussi pour ton coatching, le temps que
tu m’as accordé et la pédagogie avec laquelle tu as su répondre à (toutes) mes questions. J’en
profite également pour remercier Katell pour son expertise en spectrométrie de masse en ce
qui concerne la caractérisation des composés, mais aussi pour avoir répondu à mes
innombrables sollicitations concernant le LCQ (SOS 18?!!). Merci également à Claire
Mouche et Christiane Vitry, toujours pour la spectrométrie de masse, pour votre accueil, votre
gentillesse et pour m’avoir prété votre LCQ à un moment crucial ! Et Claire, merci pour ton
obstination pour nous avoir obtenu cette haute résolution du dimère !Je tiens également à
remercier Axelle Grélard et le Docteur Cécile Courreges pour leur aide précieuse en ce qui
concerne l’analyse RMN HR-MAS. Alors ça tourne ???!!! Axelle, merci pour ton
professionnalisme, ton dynamisme, ta bonne humeur et ta réactivité. Cécile, merci également
pour tout le temps que tu as passé, ta persévérance et ta disponibilité (toujours avec le
sourire). Finalement, on y est arrivées à ces attributions ! Ce fut un réel plaisir de travailler
avec vous deux.
Je tiens également à remercier le Docteur Sébastien Fribourg pour m’avoir accueillie dans son
laboratoire, pour nos discussions et pour ses conseils en ce qui concerne l’étude et la structure
de la protéine. Un grand merci également à toute son équipe, qui a contribué à ce que je me
sente « chez moi », je pense à Fred M. (merci aussi pour tes conseils et ton œil aguérri Mme
la présidente de la JJC), Maria (merci pour ton aide et ta joie de vivre), Stéphane L. (pour
avoir été là et d’être toujours là heureusement !et pour m’avoir rassurée à des heures plutôt
tardives), Cécile (merci d’avoir toujours été là tôt ! et pour nos discussions si animées et si
variées), et Natacha (merci pour ton franc parlé, ça fait tellement de bien, merci pour ton
soutien et ton peps). Mon côté « hybride » n’aurait pas été le même sans vous...J’en profite
pour remercier les autres biologistes, pour leur sympathie et leur disponibilité, merci à
Carmélo (pour nos discussions enzymo-biochimie), Reiko (pour m’avoir prété sa chambre
froide et pour son attention), Hélène (pour l’incubateur et sa sympathie), Benoît (pour les
photos du Western), mais aussi Thierry (pour la protéine). Je remercie également les anciens
de l’Institut : Fabien, maman Armelle, Adéline, Corinne, Marisa, Michael et Seb (les
UCBiens qui nous ont amené un peu de Belgique et de bonne humeur), mais aussi Oscar,
Srinivas, Benoît, Reddy, Tomas, ou Santosh... et merci à Nico (que de bons moments pour
mon début de thèse et le sacre du Dr. Delsuc !) mais aussi à Claude (ma nounou qui m’a tout
appris !) et à ta ptite femme Gosia. Merci à Céline D., pour tes conseils avisés en synthèse sur
support solide et tes idées, mais aussi pour tes conseils plus personnels et surtout pour ton
côté Mammé. Je remercie également Jean, pour avoir toujours été là, pour avoir toujours cru
en moi, pour ta confiance et ton amitié. Merci également à la petite équipe de l’administration
(Sandra, Stéphanie, Annie) pour leur gentillesse et leur bonne humeur. Merci également à
tous les chimistes du pôle 2, Jone pour nos petites pauses sur le balcon et/ou lamentations sur
la chimie, Simon (give me five buddy !), Marie, bon courage pour ces trois années, tu vas y
arriver, je n’ai aucun doute ! les flammands Stijn et Tiny, Yann, Marc, Guillaume, Yannick,
Claire et Neil pour avoir partagé mon quotidien au laboratoire. Mes stagiaires, Stéphanie et
Wissem, merci d’avoir amené votre petite pierre à l’édifice. Wissem, bravo pour ton
autonomie ; Stéphanie, bravo pour ton implication, ta rigueur, et le travail que tu as réalisé.
Merci aussi à tous les membres de l’équipe Quideau, passés et présents qui ont partagé mon
quotidien : L