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Publié par | Thesee |
Nombre de lectures | 46 |
Poids de l'ouvrage | 3 Mo |
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AVERTISSEMENT
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http://www.cfcopies.com/V2/leg/leg_droi.php
http://www.culture.gouv.fr/culture/infos-pratiques/droits/protection.htm
?´Equipe de Chimie et Biochimie Th´eoriques
UMR SRSMC 7565
Universit´e Henri Poincar´e
Th`ese en vue de l’obtention du titre de
Docteur de l’Universit´e Henri Poincar´e
(Sp´ecialit´e Chimie Informatique et Th´eorique)
´Etude de ph´enom`enes ´electroniques de macromol´ecules `a
l’aide de m´ethodes hybrides QM-MM.
Ad`ele D. LAURENT
´Ecole Doctorale Lorraine de Chimie et de Physique Mol´eculaires (SESAMES).
Cette th`ese est pr´esent´ee et soutenue le 1er octobre 2010.
Le jury sera constitu´e de :
Rapporteurs : Mme Chantal DANIEL Directeur de recherche, Universit´e de Strasbourg,
France.
Mme Isabelle DEMACHY Professeur, Universit´e de Paris-Sud 11, France.
Examinateurs : Mr Denis JACQUEMIN Professeur, Universit´e de Nantes, France.
´ ´Mlle Elise DUMONT Maˆıtre de conf´erence, Ecole Normale Sup´erieure
de Lyon, France.
Mr Xavier ASSFELD Professeur, Universit´e de Nancy, France.´Equipe de Chimie et Biochimie Th´eoriques
UMR SRSMC 7565
Universit´e Henri Poincar´e
Th`ese en vue de l’obtention du titre de
Docteur de l’Universit´e Henri Poincar´e
(Sp´ecialit´e Chimie Informatique et Th´eorique)
´Etude de ph´enom`enes ´electroniques de macromol´ecules `a
l’aide de m´ethodes hybrides QM-MM.
Ad`ele D. LAURENT
´Ecole Doctorale Lorraine de Chimie et de Physique Mol´eculaires (SESAMES).
Cette th`ese est pr´esent´ee et soutenue le 1er octobre 2010.
Le jury sera constitu´e de :
Rapporteurs : Mme Chantal DANIEL Directeur de recherche, Universit´e de Strasbourg,
France.
Mme Isabelle DEMACHY Professeur, Universit´e de Paris-Sud 11, France.
Examinateurs : Mr Denis JACQUEMIN Professeur, Universit´e de Nantes, France.
´ ´Mlle Elise DUMONT Maˆıtre de conf´erence, Ecole Normale Sup´erieure
de Lyon, France.
Mr Xavier ASSFELD Professeur, Universit´e de Nancy, France.R´esum´e
Lesm´ethodeshybridesalliantlam´ecaniquequantiqueetlam´ecaniquemol´eculaire(QM/MM)
sont des outils ad´equats pour traiter des syst`emes biologiques. Les ph´enom`enes ´electroniques
souvent ´etudi´es sur des petites mol´ecules ont, d`es lors pu ˆetre envisag´es dans des environne-
ments macromol´eculaires. Ce travail explore trois ph´enom`enes ´electroniques en pr´esence d’un
environnement prot´eique : l’absorption, la capture´electronique et les ionisations de cœur. Nous
avons employ´e les derniers d´eveloppements de la m´ethode QM/MM Local Self-Consistent Field
(LSCF) pour traiter la jonction covalente entre la partie QM et la partie MM ainsi que le
couplage QM/MM avec le PCM. En premier lieu, nous nous sommes focalis´es sur les spectres
d’absorption de chromophores pr´esents dans des macromol´ecules. Nous avons mis au point un
couplage entre les m´ethodes LSCF/MM et PCM pour prendre en compte la polarisation ´elec-
tronique de l’environnement suite `a l’absorption d’un photon par le chromophore. Ce mod`ele,
le LSCF/MM:ERS, a ´et´e test´e et valid´e sur le spectre d’absorption du complexe de squaraine-
t´etralactame. Une ´etude plus pouss´ee a ensuite ´et´e r´ealis´ee sur une prot´eine fluorescente en
d´ecomposant la longueur d’onde d’absorption maximale en trois contributions physiques. Les
effets de la substitution du chromophore ont aussi ´et´e ´evalu´es. Dans une seconde partie, nous
avons´etudi´elacapture´electroniqueparuncyclotidecontenanttroispontsdisulfures,qui,apr`es
irradiation, forment des demi-liaisons caract´eristiques (2c-3e). La derni`ere partie est consacr´ee
a` la validation de l’approche de la projection asymptotique. Elle a ´et´e r´ealis´ee dans le cadre
d’une´etudesurlesionisationsdecœurd’unensembledemol´eculespour,parlasuite,´etudierles
ionisations de cœur de la glycine pr´esentes dans des syst`emes de plus en plus complexes jusqu’`a
la S´erum-Albumine Humaine.
Mots-cl´e :absoptionUV/visible,capture´electronique,ionisationdecœur,QM/MM,LSCF.