INVESTIGATION STATISTIQUE DES MULTIRESISTANCES AUX ...

David A. Mary

Sujets

• Résistance variable
• Triméthoprime
• Bacteria
• Modelé (géologie)
• Période solaire
• Gène

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Extrait

EpidØmiol. et santØ anim., 2007, 52, 59-74 Investigation statistique des multirØsistances aux antibiotiques chez des souches d Escherichia coli isolØes chez les bovins de 2002 2005 INVESTIGATION STATISTIQUE DES MULTIRESISTANCES AUX ANTIBIOTIQUES CHEZ DES SOUCHES D ESCHERICHIA COLI ISOLEES CHEZ LES BOVINS DE 2002 A 2005 * 1 1 2Elise Kayser , Eric Morignat , DaniŁle Meunier , 2 1Jean-Yves Madec , Didier Calavas 1 et Marie-Anne Botrel RESUME : La multirØsistance aux antibiotiques est une prØoccupation croissante en santØ humaine et animale pour le maintien de l efficacitØ des antibiotiques dans le traitement des maladies infectieuses. Pour autant, cette problØmatique est peu abordØe au travers des rØsultats publiØs des rØseaux de surveillance de la rØsistance aux antibiotiques. Une approche quantitative des donnØes de rØseaux dØdiØe l Øtude des multirØsistances est proposØe. Lobjectif Øtait didentifier les rØsistances associØes aux antibiotiques chez des souches d Escherichia coli isolØes de bovins et de dØterminer si ces associations Øvoluaient entre les pØriodes 2002-2003 et 2004-2005. Le premier aspect a ØtØ traitØ par l analyse des correspondances mult iples et la classification ascendante hiØrarchique. LØvolution dans le temps a ØtØ abordØe par le modŁle log-linØaire. Les donnØes sont issues du rØseau de surveillance Resapath et neuf antibiotiques ou groupes dantibiotiques ont ØtØ ØtudiØs. Trois groupes de rØsistances associØes ont ØtØ identifiØs et des hypothŁses au niveau bactØriologique sont dØcrites. Mots-clØs : MultirØsistance, antibiotiques, Escherichia coli, bovins, analyse factorielle des correspondances multiples, Classification ascendante hiØrarchique, modŁle Log-linØaire. SUMMARY : Multiresistance to antibiotics is increasingly a matter of concern for human and animal health for the maintenance of antibiotic efficacy in the treatment of infectious diseases. However, this problem is not given the proper attention in the surveys published by the antibiotic resistance networks. A quantitative approach in the treatment of the data on antibiotic multiresistance collected by the networks is proposed. The objective was to identify associated resistance to antibiotics in Escherichia coli strains isolated from bovines and to determine if these associations changed between the periods 2002-2003 and 2004-2005. The first aspect was treated by Multiple Correspondence Analysis and Hierarchical Ascending Classification. Changes over time were analyzed using a log- linear model. The data were obtained from the Resapath network. Nine antibiotics or groups of antibiotics were studied. Three groups of multiresistance were identified and bacteriological hypotheses are discussed. Keywords : Multiresistance, antibiotics, Escherichia coli, bovines, multiple correspondence analysis, hierarchical ascending classification, log-linear model. ! _______________ * Article re u le 6 juin 2007 ; acceptØ le 30 octobre 2007 1 AFSSA-Lyon, UnitØ EpidØmiologie, 31 avenue Tony Garnier, 69364 Lyon Cedex 07, France 2 yon, UnitØ BactØriologie, 31 avenue Tony,Lyon Cedex 07e 59 EpidØmiol. et santØ anim., 2007, 52, 59-74 Investigation statistique des multirØsistances aux antibiotiques chez des souches d Escherichia coli isolØes chez les bovins de 2002 2005 I - INTRODUCTION La rØsistance aux antibiotiques est considØrØe d une part, des requŒtes informatiques comme un problŁme majeur en santØ humaine automatisØes sur la base de donnØes du et animale. Les infections, humaines ou rØseau permettent de dØtecter les phØnotypes animales, par des bactØries ayant acquis un « inhabituels », et d autre part, les proportions gŁne de rØsistance un ou plusieurs de bactØries prØsentant certains phØnotypes antibiotiques sont susceptibles d Œtre lorigine dØfinis au prØalable par les animateurs du d Øchecs thØrapeutiques. La mise en place de rØseau sont calculØes. rØseaux de surveillance rØpond ainsi Dans les rØseaux de surveillance Øtrangers, l objectif de suivre l Øvolution dans le temps et des Øtudes sont faites sur la prØvalence de dans l espace de la rØsistance aux souches ayant des phØnotypes de antibiotiques et d apprØcier la diffusion de multirØsistance prØdØfinis [FINRES-VET, 2004] bactØries pathogŁnes pour l homme et et sur l Øvolution des proportions de souches l animal. rØsistantes plus de quatre antibiotiques Le groupe de travail « AntibiorØsistance » mis [DANMAP, 2005]. Certaines Øtudes utilisent en place par l Afssa (Agence fran aise de des mØthodes d analyse statistique sØcuritØ sanitaire des aliments) a fait un certain spØcifiques : des techniques d analyse de nombre de recommandations dans le but « cluster » ont ØtØ utilisØes pour dØcrire des d amØliorer les dispositifs de surveillance. Il profils de sensibilitØ aux antibiotiques de la s agit notamment de privilØgier la surveillance bactØrie E. coli [Berge et al., 2003], des des multirØsistances et de dØvelopper des mØthodes d analyse factorielle ont permis travaux statistiques sur les bases de donnØes d identifier des groupes d antibiotiques au existantes, afin de dØtecter des phØnomŁnes travers des concentrations minimales nouveaux ou des Øvolutions dans le temps inhibitrices [Wagner et al., 2003]. [AFSSA, 2006]. Une approche statistique quantitative sans a Les bactØries multirØsistantes, qui cumulent priori sur les associations de rØsistances des rØsistances plusieurs antibiotiques de apparaissait donc comme une fa on innovante familles diffØrentes, peuvent conduire des d aborder la problØmatique des rØsistances impasses thØrapeutiques. Une rØsistance associØes (multirØsistances) partir des simultanØe plusieurs antibiotiques de familles donnØes du rØseau de surveillance fran ais, diffØrentes peut provenir d un seul mØcanisme jusqu prØsent analysØes de fa on intuitive de rØsistance non spØcifique (une pompe sur des associations spØcifiques. d efflux par exemple) ou de la prØsence Parmi les donnØes de rØsistance aux concomitante de plusieurs mØcanismes antibiotiques disponibles du Resapath, celles diffØrents. L utilisation d un antibiotique pour qui concernaient la bactØrie E. coli ont ØtØ lequel la bactØrie est rØsistante est susceptible choisies pour leur intØrŒt biologique. Il s agit de sØlectionner simultanØment plusieurs gŁnes d une bactØrie commensale du tube digestif de de rØsistance, notamment si ceux-ci sont l animal et de l homme dont il est recommandØ proches au plan bio-molØculaire. Ce de suivre l Øvolution des rØsistances [OIE, phØnomŁne, appelØ co-sØlection, peut donc 2003]. Les EntØrobactØries commensales influencer l Øvolution de la rØsistance un constituent un rØservoir potentiel de gŁnes de antibiotique sans que celui-ci ne soit pour rØsistance pouvant Œtre transmis d autres autant utilisØ massivement. bactØries pathogŁnes pour l homme ou En France, la surveillance de la rØsistance l animal. chez les bactØries pathogŁnes des bovins est L Øtude dØcrite dans cet article a pour objectif assurØe depuis plus de vingt ans [Botrel et al., l identification des rØsistances associØes chez 2006] au travers du rØseau Resapath (RØseau E. coli par l utilisation de mØthodes statistiques de surveillance de l antibiorØsistance des descriptives appropriØes, mais aussi la bactØries pathogŁnes). Les rØsultats du rØseau dØtermination de l Øvolution dans le temps des sont prØsentØs pour la plupart sous la forme de associations ainsi mises en Øvidence. Cette proportions de rØsistances par couple bactØrie- Øtude participe la