Oxygen dynamics of marine sediments on differentspatial scalesJan P. FischerDissertationzur Erlangung des Doktorgrades der Naturwissenschaften- Dr. rer. nat. -Fachbereich Biologie / Chemieder Universität BremenBremen, September 2009Die vorliegende Arbeit wurde in der Zeit von September 2004 bis September 2009 amMax-Planck-Institut für marine Mikrobiologie in Bremen angefertigt.Gutachter:Prof. Dieter Wolf-GladrowProf. Antje BoetiusPrüfer:Prof. Dr. Ulrich FischerDr. Frank WenzhöferWeitere Mitglieder des Prüfungsausschusses:Christina BienholdKatrin SchmidtDatum des Promotionskolloquiums: 15. Oktober 2009All phenomena are like a dream,an illusion, a bubble and a shadowLike dew and lightning.Diamond Sutra,¯ ca. 100 A.D.ContentsZusammenfassung XIThesis Abstract XIII1. General Introduction 11.1. Pelagic carbon cycle .................................. 11.2. Early diagenesis..................................... 31.3. Coastal sediments.................................... 71.4. Sediment oxygen dynamics on different spatial scales ................ 81.5. Measuring benthic oxygen dynamics ......................... 91.6. Objectives and outline of the thesis .......................... 15References........................................... 192. Insight into benthic photosynthesis: A novel planar optode setup for concurrentoxygen and light field imaging 272.1. Abstract ......................................... 282.2. Introduction..........................