Relations entre l organisation des sites de fixation des facteurs de transcription, la fonction des gènes et l expression des gènes : vers une annotation des sites de fixation chez Arabidopsis thaliana, Relationship between regulatory element organization, gene function and gene expression in Arabidopsis thaliana : toward the regulatory element annotation
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Relations entre l'organisation des sites de fixation des facteurs de transcription, la fonction des gènes et l'expression des gènes : vers une annotation des sites de fixation chez Arabidopsis thaliana, Relationship between regulatory element organization, gene function and gene expression in Arabidopsis thaliana : toward the regulatory element annotation

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Description

Sous la direction de Alain Lecharny
Thèse soutenue le 11 décembre 2009: Evry-Val d'Essonne
Les sites de fixation des facteurs de transcription ou éléments régulateurs sont impliqués dans la régulation de l'expression des gènes. Une meilleure connaissance de l'architecture des promoteurs est aujourd'hui accessible via l’annotation des génomes et les données transcriptomiques. Certains éléments régulateurs sont conservés à une position préférentielle dans les promoteurs. Chez A. thaliana, nous avons mis au point une approche pour caractériser de tels motifs. Ce travail a permis de proposer une cartographie des promoteurs en identifiant 5105 motifs caractérisés par une sur-représentation locale dans les promoteurs proximaux. L’étude du promoteur central où est observée la boîte TATA, élément régulateur conservé entre eucaryotes, a été approfondie. Une liste de 15 variants fonctionnels de la boîte TATA a été identifiée, ainsi qu’une nouvelle classe d’éléments régulateurs qui sont caractérisés par des mêmes contraintes topologiques que la boîte TATA : les motifs-TC. Ils sont conservés chez A. thaliana et O. sativa, mais absents chez les mammifères. Les 18% de gènes d’A. thaliana contenant un motif-TC ont tendance à être exprimés dans des conditions expérimentales spécifiques. Ces éléments pourraient participer à la régulation de l’expression des gènes. L’étude de l’élément initiateur YR chez A. thaliana a mis en évidence une extension de ces 4 dinucléotides dans l’UTR 5’. Des associations entre ces éléments régulateurs peuvent montrer une collaboration fonctionnelle. La recherche de caractéristiques fonctionnelles communes aux gènes possédant une même organisation d'éléments régulateurs pourra permettre de contribuer à l’annotation fonctionnelle de ces éléments.
-Élément régulateur
Transcription factor binding sites are regulatory elements involved in gene expression regulation. The knowledge of promoter architecture is now possible due to genome annotation and transcriptomic data. Some regulatory elements are conserved at a precise location in promoters. We developed an approach to characterize such motifs in A. thaliana. This work led to the promoter cartography by the identification of 5105 over-represented motifs in proximal promoters. The TATA-box is a regulatory element conserved within eukaryotes. The core-promoter where this element is expected has been thoroughly analysed. We identified a list of 15 functional variants of the TATA-box and a new class of regulatory elements that shares the TATA-box topological constraints: the TC-motifs. They are conserved in both A. thaliana and O. sativa and have not been observed in mammalian genomes. The A. thaliana genes containing a TC-motif are 18%. They are mainly expressed in specific experimental conditions. The TC-motifs might be involved in gene expression regulation. We observed that the 4 dinucleotides of the initiator element YR in A. thaliana are extended in 5’ UTR. Associations between these regulatory elements may highlight a functional collaboration. The study of the functional characteristics of genes with a same regulatory elements organization might help in these elements functional annotation.
-Regulatory element
Source: http://www.theses.fr/2009EVRY0020/document

Informations

Publié par
Nombre de lectures 24
Langue English
Poids de l'ouvrage 2 Mo

Extrait

Université d’Evry-Val d’Essonne
Ecole Doctorale des Génomes Aux Organismes


Thèse

Présentée pour obtenir le grade de Docteur en sciences
de l’université d’Evry-Val d’Essonne

Spécialité Bioinformatique

par
Virginie Bernard


Relations entre l'organisation des sites de fixation des
facteurs de transcription, la fonction des gènes et
l'expression des gènes : vers une annotation des sites
de fixation chez Arabidopsis thaliana




Soutenue le 11 décembre 2009, devant le jury composé de :
Dr. Jacques van Helden, Directeur du laboratoire de Bioinformatique des Génomes et des Réseaux, Bruxelles Rapporteur
Pr. Alain Denise, Professeur à l’Université Paris-Sud 11 Rapporteur
Pr. Bernard Prum, Professeur à l’Université d'Evry-Val d’Essonne Examinateur
Dr. Thierry Lagrange, Directeur de Recherche CNRS, Perpignan Examinateur
Dr. Alain Lecharny, Directeur de Recherche CNRS, Evry et Orsay Directeur de thèse
Université d’Evry-Val d’Essonne
Ecole Doctorale des Génomes Aux Organismes


Thèse

Présentée pour obtenir le grade de Docteur en sciences
de l’université d’Evry-Val d’Essonne

Spécialité Bioinformatique

par
Virginie Bernard


Relations entre l'organisation des sites de fixation des
facteurs de transcription, la fonction des gènes et
l'expression des gènes : vers une annotation des sites
de fixation chez Arabidopsis thaliana




Soutenue le 11 décembre 2009, devant le jury composé de :
Dr. Jacques van Helden, Directeur du laboratoire de Bioinformatique des Génomes et des Réseaux, Bruxelles Rapporteur
Pr. Alain Denise, Professeur à l’Université Paris-Sud 11 Rapporteur
Pr. Bernard Prum, Professeur à l’Université d'Evry-Val d’Essonne Examinateur
Dr. Thierry Lagrange, Directeur de Recherche CNRS, Perpignan Examinateur
Dr. Alain Lecharny, Directeur de Recherche CNRS, Evry et Orsay Directeur de thèse

Remerciements
La page des remerciements, la page la plus lue d’une thèse… Je n’ai pas eu la fameuse
«angoisse de la page blanche» en écrivant cette thèse. Mais c’est en écrivant mes remerciements,
que j’ai le plus hésité. Cette partie doit en quelques lignes pages présenter toute ma reconnaissance à
mon entourage. Un challenge qui n’est pas si simple, tout thésard et tout docteur sera d’accord je
pense. Pendant la rédaction de cette thèse, je me suis constituée une liste des personnes à remercier.
Des personnes qui m’ont aidée à faire avancer le projet de ma thèse bien sûr, mais aussi toutes les
personnes qui m’ont permis de décompresser, de prendre un peu de recul par rapport à mon travail!
Les personnes qui m’ont soutenue, qui m’ont encouragée… qui étaient là en cas de besoin. J’espère
n’avoir oublié personne dans ces pages… Je présente mes excuses si c’est le cas.
Tout d’abord, je remercie Michel Caboche, ancien directeur de l’Unité de Recherche en
Génomique Végétale ainsi que Héribert Hirt, directeur, et Anne-Françoise Adam-Blondon, vice-
directrice de l’unité depuis le milieu de ma thèse qui m’ont tous les trois accueillie depuis mon Master
2. Je remercie également l’Ecole Doctorale «des Génomes Aux Organismes» de l’université d’Evry,
qui a financé ces trois années de thèse.
Je remercie Alain Lecharny, mon directeur de thèse, alias mon «grand chef» de m’avoir accueillie
au sein de l’équipe de Bioinformatique de l’URGV pour ces quelques années. Merci Alain d’avoir cru
en moi pour commencer une thèse après mon Master professionnel. Merci aussi de m’avoir laissée
me «dissiper» à mes activités associatives, à mes recherches de postdoc tout en me faisant confiance
pour la progression du travail de thèse. Merci enfin d’avoir guidé mes premiers pas de chercheuse
tout en me laissant des libertés qui m’ont permis d’explorer mes propres pistes et d’apprendre aussi
par moi-même. Un grand merci aussi pour le temps passé à me lire et me relire en particulier ces
derniers temps… pour les articles, pour la thèse, pour les résumés divers que j’ai rédigés… Et merci
pour ta patience quand ta thésarde spammeuse te demandait beaucoup ☺. Merci Alain !!
Je remercie Véronique Brunaud, qui a co-encadré ce travail et a été ma «petite chef» pendant
mes années de thèse, après avoir été ma responsable de stage pendant mon Master2. L’adjectif
«petite» devant chef n’est pas du tout proportionnel à la reconnaissance que j’ai pour toi Véro. Tu as
été là dès mes débuts à l’URGV. Tu m’as toujours fait confiance pour cette thèse. Un grand grand
merci pour ton écoute et tes encouragements pendant certains moments plus difficiles. Tu as aussi
été disponible pour participer avec moi à une formation encadrant/doctorant, pour témoigner à la
journée satellite de JOBIM que j’ai co-organisée, pour assister à ma présentation du Nouveau
Chapitre de la Thèse. Merci pour tout ça, ce sont des choses qui ont compté et je suis heureuse que
tu aies été là ! Je n’aurais jamais été jusqu’au bout sans toi, j’en suis convaincue, donc un grand
merci, encore ! Un grand merci aussi pour les lectures et les corrections de la thèse et des articles !
Toi aussi je t’ai mené la vie dure … Merci d’avoir comme Alain toujours répondu à mes demandes
fréquentes ces derniers temps. J’espère très sincèrement te revoir après cette thèse. A Vancouver,
février 2011 c’est ça ☺ ?!? Je réserve les pistes de ski ☺ !
Je remercie Eric Ruelland et Philippe Bessières d’avoir été membres de mon comité de thèse.
Vous avez contribué à l’amélioration de cette thèse en donnant votre avis sur les publications et en
m’aidant à corriger mes présentations orales, en soulevant que je faisais quelques simplifications de
langage mal choisies. J’espère ne plus (trop) les faire, j’y travaille !
Je remercie les membres de mon jury, mes rapporteurs, Alain Denise et Jacques van Helden,
ainsi que mes examinateurs, Bernard Prum et Thierry Lagrange, d’avoir accepté d’évaluer mon travail.
Je vous remercie tous de m’avoir fait l'honneur d'assister à ma soutenance, je vous remercie aussi
sincèrement pour le travail que vous avez fait préparer notre discussion.
2
Je tiens également à remercier mes collègues de bureau, qui ont été nombreux au cours de ces
trois années de thèse ! C’est vous qui m’avez le plus supportée, moi et mes «désagréments au
quotidien». Je pense notamment à ma musique, la variété française, qui n’est pas du goût de tout le
monde, à ma grande frilosité, chauffage en hiver et pas trop de climatisation en été, et aussi à mes
sursauts au moindre bruit (certains diront mes cris de terreur, il ne faut pas trop les écouter). Je
remercie mes collègues qui ont souffert de tout cela (enfin pas trop j’espère !): Cécile, David, Magali,
Yang et Romain pour mon bureau de début de thèse, mais aussi Séverine, Marie Laure et Alain,
collègues de bureau à mi-temps pour mon bureau de fin de thèse.
Je remercie sincèrement certains anciens collègues partis il y a un an et qui m’ont manqué. Je
pense au Dr. David Armisén ☺, parti en postdoc en Irlande après sa soutenance il y a un an. Moi
aussi j’ai beaucoup apprécié nos «chat» comme tu disais. Aujourd’hui, un an après toi, c’est à moi
d’écrire mes remerciements en début du manuscrit de thèse. Tu avais raison, ça fait plaisir d’en être à
ce stade. Je remercie également du fond du cœur Séverine pour sa spontanéité, son respect, sa très
grande gentillesse et sa disponibilité. Merci de m’avoir encouragée dans cette aventure de la thèse
lors de mes moments de doutes ! Je te remercie aussi pour ta patience lorsqu’une sonnerie de
portable t’a un peu (beaucoup) dérangé pendant une nuit du brainstorming et pour ton courage
lorsque ta voisine de bureau a failli te faire avoir une attaque cardiaque. Enfin un grand merci pour tes
corrections des fautes de cette thèse, même entre deux sorties escalades. Tu as été une collègue,
voisine et tu es devenue une amie. L’an prochain, à JOBIM, je mangerai peut-être encore avec ton
chef, mais aussi avec toi j’espère ☺.
Je remercie l’ensemble de mes collègues de l’équipe bioinformatique. Cécile, petite dédicace…
je vais faire les remerciements dans le m&#

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