Sujet thèse ED 227 Froment Friess Amerique UMR7206-3

Abada

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• Publié par: Thyam
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• Langue: Français

Extrait

Appel à propositions de sujets de thèse pour l’obtention d’un contrat doctoral

à soumettre au

Conseil de l’Ecole doctorale 227 « Sciences de la Nature et de l’Homme »

Intitulé du sujet

Le premier peuplement des Amériques: Une reconstruction phénotypique/génotypique des

migrations

Intitulé de l’équipe d’accueil

USM 104 Anthropobiologie et écologie humaine

Numéro, intitulé

in extenso

et nom du directeur de l’unité de recherche

UMR7206 Eco-anthropologie et Ethnobiologie, Serge Bahuchet

Encadrement

HDR directeur de thèse, rattaché à l’ED 227. (Rappel : le sujet sera refusé si l’HDR encadre

déjà 2,5 thèses à la date d’examen du sujet.)

Alain Froment

Co-directeur éventuel

Co-encadrant(s) éventuel(s) non HDR

Martin Friess

Philipp Endicott

Sujet (problématique, objectifs, déroulement du travail)

L'arrivée des premiers hommes en Amérique fait débat sur le plan archéologique,

morphologique et génétique. Si les données génétiques pointent vers une seule population

fondatrice ayant migré il y a environ 15000 ans, certains anthropologues prônent, depuis

longtemps, un modèle à au moins deux vagues distinctes, ayant laissé des traces phénétiques.

Selon ce deuxième modèle on observe une morphologie crânienne très différente entre les

populations amérindiennes contemporaines et les plus anciens restes humains découverts en

Amérique. Certaines populations actuelles auraient maintenu cette morphologie

"paléoaméricaine" qui les distinguerait ainsi de la plupart des Amérindiens actuels, et les

rapprocherait davantage des populations polynésiennes et australiennes. Le but de ce travail

est de réétudier, grâce aux collections du Musée de l'Homme, la variabilité morphométrique

des populations amérindiennes, asiatiques et océaniques actuelles et fossiles, afin de tester ces

affinités supposées ainsi que l'existence présumée de différences morphologiques indicatrices

de plusieurs vagues de migrations. L'élément novateur de ce travail pluridisciplinaire réside

non seulement dans l'application de nouvelles méthodes morphométriques (scan 3D,

morphométrie géométrique), mais aussi dans la jonction avec la génétique des populations

(actuelles et anciennes), ce qui permettra d'établir l'effet sur le phénotype des flux génétiques,

des goulots d'étranglement et de l'adaptation.

Contexte national et international

(importance du sujet pour l’avancement des

connaissances, équipes éventuellement en compétition, situation nationale et internationale de

l’unité sur cette problématique, caractère innovant)

Les études sur la covariation phénétique/génétique sont actuellement en plein essor, et on

assiste à une multiplication de travaux anthropologiques, entre autre grâce à la publication des

données génétiques, et des avancées analytiques en génétique des populations. Cependant,

peu d'études sur les populations amérindiennes font appel à la morphométrie géométrique, et

elles ne le font qu'en 2D. De plus, il n'existe actuellement aucune étude qui utilise des données

génétiques et phénétiques obtenues sur les mêmes individus, ce que cherche à réaliser cette

étude pour la première fois. Sur le plan national, on peut noter le caractère exceptionnel de

l'USM 104 qui réunit des spécialistes de la génétique des populations et de la morphométrie

géométrique (par ailleurs représentée dans d'autres départements du MNHN), et qui bénéficie

d'un accès directe à une collection anthropologique inégalée en France. Par conséquent, il n'y

a pas d'autre équipe à même de réaliser un tel projet.

Possibilité de réorientation

, notamment si le sujet comporte une grosse part de risque ou

d’imprévu (caractère très innovant, dépendance à l’obtention de matériels particuliers,…)

Risques et imprévus possibles: données génétiques non disponibles dans tous les cas. On

substituera alors par des données génétiques déjà publiées, et scannera ces individus. Scan de

fossiles: On substituera par des moulages en cas de non-accès.

Faisabilité en trois ans, échéancier

. (Rappels. Le doctorant est un collaborateur salarié, en

apprentissage de la recherche par la recherche ; il intègre une équipe pour la durée de son

contrat et seulement celle-ci. Il doit, à la fois, recevoir une formation et avoir une autonomie

favorisant créativité, inventivité et innovation. Aucune autre mission que celles qui sont

prévues dans son contrat et dans une éventuelle mission doctorale complémentaire ne peut lui

être confiée. Une quatrième inscription reste possible mais est dérogatoire. Il convient alors de

prendre contact avec la direction de l’ED au plus tard vers le milieu de la troisième année. S’il

s’agit d’un simple délai pour soutenance, cette dernière doit s’effectuer avant le premier

janvier de la quatrième année, sinon, la quatrième inscription est conditionnée à l’existence

d’un financement.)

Première année: bibliographie, préparation des missions (scans), formation du candidat en

analyses de données morphométriques et génétiques. Le candidat bénéficiera des spécialistes

dans ces deux domaines au sein du département HNS.

Fin de la première/deuxième année: Acquisition des données morphométriques dans nos

collections, puis en Amérique pour les pièces fossiles (au nombre limité). Des scans

supplémentaires de restes actuels, si besoin, seront réalisés au Mexique. Accord préalable

pour l'échantillonnage conclu. Les données génétiques, en partie déjà extraites, seront

obtenues durant ce temps dans le cadre d'un autre projet (en collaboration avec P. Endicott,

USM 104).

Troisième année: Analyses statistiques et rédaction du manuscrit.

Publications du (des) encadrant(s)

. Indiquer les références, comprenant le titre

in extenso

,

d’un maximum de trois publications récentes en rapport avec le sujet pour chacune des

personnes indiquées au § Encadrement

BRYC K., AUTON A., NELSON M.R., OKSENBERG J.R., HAUSER S.L., WILLIAMS S.,

FROMENT A., BODO J.M., WAMBEBE C., TISHKOFF S. & BUSTAMANTE C.D. 2010.

Genome-wide patterns of population structure and admixture in West Africans and African

Americans. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA, 107: 786-791.

TISHKOFF S.A., REED F.A., FRIEDLAENDER F.R., EHRET C., RANCIARO A.,

FROMENT A. et al. 2009. The genetic structure and history of Africans and African

Americans. Science 324: 1035-1044.

VERDU P., AUSTERLITZ F., ESTOUP A., VITALIS R., GEORGES M., THÉRY S.,

FROMENT A., LEBOMIN S., GESSAIN A., HOMBERT J.M., VAN DER VEEN L.,

QUINTANA-MURCI L., BAHUCHET S. & HEYER E. 2009. Origins and genetic diversity

of Pygmy Hunter-Gatherers from Western Central Africa. Current Biology 19: 312-319.

FRIESS M., 2009. Climate and craniofacial shape variation among major human populations:

a geometric morphometric approach. Am. J. Phys. Anthropol. Suppl 48 : p130.

FRIESS M., 2008. Geography, genes, and modern human skulls: Current approaches to

craniofacial variation. Bull. Mem. Soc. Anthropol. Paris, n.s., t20, p38-39.

FRIESS M., 2006. The study of craniofacial growth patterns using 3D laser scanning and

geometric morphometrics. In: Corner, BD; Li, P & Tocheri, M (eds): Three-Dimensional

Image Capture and Applications. Proceedings SPIE , Vol 6056.

ENDICOTT P., HO S.Y., METSPALU M. and STRINGER C. (2009). Evaluating the

mitochondrial timescale of human evolution. Trends in Ecology and Evolution 24: 515-521

ENDICOTT P., SANCHEZ J.J., PICHLER, I., BROTHERTON, P., BROOKS, J.,

EGARTER-VIGL, E., COOPER, A., PRAMSALLER, P (2009) Genotyping ancient human

mtDNA control and coding region polymorphisms with a multiplexed Single-Base-Extension

assay: the singular maternal history of the Tyrolean Iceman. BMC Genetics 10:29.

HO, S.Y.W. and ENDICOTT, P. (2008) The crucial role of calibration in molecular date

estimates for the peopling of the Americas. Am J of Hum Genet, 83: 142-146

Profil du candidat recherché

Formation en sciences avec une, orienté vers la biologie évolutive et la préhistoire. Des

connaissances en Préhistoire de l'Amérique, ostéologie humaine et statistiques seront

fortement souhaitables. Maîtrise de l'Anglais / Espagnol indispensable.

Avis du directeur d’unité

.

Ce sujet qui s'appuie sur les collections du MNHN est très important pour leur valorisation et

s'inscrit parfaitement dans les objectifs de l'UMR: Favoriser les études interdisciplinaires en

associant, histoire, génétique et morphologie.