TD-bioanalyse 2009-2010

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TD-bioanalyse 2009-2010

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• Publié par: ikuracoq
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• Langue: Français

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MODULE BIOANALYSE Travaux Dirigés de Metabolome Les TD de métabolome ont pour objectif de vous faire manipuler les bases de données métaboliques, notamment les banques KEGG, BioCyc, Brenda et UM-BBD. Au cours d’une première séance, les principales bases de données (MetaCyc, KEGG, Brenda et UM-BBD) seront présentées, puis un travail personnel (par groupe de 2) sera initié pendant le second TD, sur la base d’un exercice au choix (voir ci-dessous). Ce travail fera l’objet d’un compte- rendu qui doit être absolument rendu avant les congès de Noël. Le compte rendu doit faire nécessairement 12 pages au maximum dont 7 pages de texte maximum (le reste en figures). Attention : l’évaluation de la partie « Analyse du métabolome » du module se fera exclusivement sur la base de ce travail pour ce qui concerne la première session (pas de questions sur cette partie du cours lors de l’examen de janvier). Par contre, cette partie du cours fait l’objet de questions spécifiques lors de l’examen de la deuxième session (septembre). Les questions portent alors sur l’ensemble de ce qui aura été vu en cours et en TD. 1. Adresse des sites visités : Enzymes BRENDA http://www.brenda.uni-koeln.de/ ENZYME http://us.expasy.org/enzyme/ Métabolisme, voies métaboliques KEGG http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html EcoCyc http://BioCyc.org:1555/ECOLI/server.html BioCyc http://biocyc.org/ UMBBD http://umbbd.ahc.umn.edu/ Transport TC-DB http://tcdb.ucsd.edu/tcdb/ TransportDB http://www.membranetransport.org 2. Format du compte rendu: sous forme d’un projet (dossier) Présentation  7pages maximum de texte pour la présentation des différentes parties du projet (cf points indiqués ci- dessus)  5pages de figures. 3. Exercices Vous avez le choix entre deux exercices différents (voir ci-dessous). Pour chaque exercice, vous devez exploiter les différentes ressources vues en cours et en TD pour rassembler des informations autour d’une question spécifique. Vous pouvez élargir votre recherche à d’autres sites, d’autres sources d’information. Quelque soit le sujet choisi, votre travail consiste à rechercher puis à regrouper les informations qui vous semblent pertinentes par rapport au sujet traité, puis à utiliser cette information pour répondre à la question posée dans l’exercice que vous aurez choisi. (Attention, il ne s’agit pas de faire des catalogues d’informations, un travail de synthèse sera nécessaire après avoir recensé l’information disponible). Votre travail consiste à regrouper un certain sera jugé sur votre capacité : ·extraire de l’information pertinente sur le sujet traité à partir des bases de données et des autres sources à d’informations (en les citant). ·représenter cette information sous forme synthétique mais complète (cf. format du compte-rendu). à ·exploiter cette information de manière pertinente par rapport la question que vous aurez choisie de traiter à (voir exercices au choix) ; Il sera nécessaire à certains niveaux de justifier ou d’argumenter sur la base des informations que vous aurez Le travail se fait par groupes de deux étudiants. Exercice 1. Recherche d’informations autour d’une question ciblée : la dépollution de xénobiotiques Contexte : On suppose que vous venez d’être recruté(e) par la start-up de biotechnologies DEPOLUTOR qui propose des solutions de dépollution par voie biologique (utilisation d’organismes vivants capables d’assimiler les polluants) et qui souhaite développer une stratégie de dépollution d’un polluant chimique, avec comme marché la dépollution de sites (anciennes usines de production, etc.), mais aussi la dépollution de l’habitat (individuel ou collectif). Vous êtes chargé de monter un dossier complet présentant une stratégie de dépollution adaptée. Pour cela, vous disposez des différentes ressources qui vous ont été présentées en cours/TD et que vous pouvez compléter par toutes les autres sources d’information (internet ou autres).

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