Biochimie - Licence 1 / 2 / PACES

Biochimie - Licence 1 / 2 / PACES

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Français
224 pages

Description

L'ensemble des notions de biochimie utiles aux étudiants en L1/L2 sont ici présentées en fiches pédagogiques de 4 à 8 pages. Chaque fiche comprend un rappel de cours, concis et illustré, avec les idées clés à connaître et la méthode à mettre en oeuvre, suivi d'un ou deux exercices d'application dont la résolution détaillée est appuyée par des conseils méthodologiques. Au sein des fiches, des encarts font le lien entre notions théoriques et applications pratiques.
 

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Date de parution 02 mai 2018
Nombre de lectures 1
EAN13 9782100783014
Licence : Tous droits réservés
Langue Français
Poids de l'ouvrage 1 Mo

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L’ESSENTIEL DE BIOCHIMIE
TOUT EN FICHES
L’ESSENTIEL DE BIOCHIMIE
Émilie GUILLAUME Professeure en biochimie, biologie cellulaire et endocrinologie au département de Biologie de l’ENS ParisSaclay. Pierre LE MARÉCHAL Professeur émérite de Biochimie à l’Université ParisSud (Orsay). Catherine BARATTIELBAZ Professeure agrégée à l’ENS ParisSaclay.
e © Dunod, Paris, 2008, 2018 pour la 3 édition 11 rue Paul Bert 92240 Malakoff ISBN 9782100777099 www.dunod.com
Table des matières
Fiche 1 Fiche 2 Fiche 3 Fiche 4 Fiche 5 Fiche 6 Fiche 7 Fiche 8 Fiche 9 Fiche 10 Fiche 11 Fiche 12 Fiche 13 Fiche 14 Fiche 15 Fiche 16 Fiche 17 Fiche 18 Fiche 19 Fiche 20 Fiche 21
Appeler chaque molécule par son nom7 Les acides aminés des protéines11 Structure 3D des protéines20 Applications de l’action des protéases27 Séparation et dosage des protéines34 Interactions protéineligand46 Catalyse enzymatique50 Enzymologie michaelienne :KetV53 M M Inhibitions des enzymes michaeliennes65 Allostérie71 Modifications posttraductionnelles des protéines78 Vitamines et coenzymes86 ATP91 Mono et disaccharides98 Polyosides106 Glycoprotéines112 Structure des acides gras et des lipides116 Lipides membranaires124 Structure des membranes biologiques134 Échanges membranaires142 Fermentations152
5
6
Table des matières
Fiche 22 Fiche 23 Fiche 24 Fiche 25 Fiche 26 Fiche 27 Fiche 28 AnnexeIndex
AcétylCoA et cycle de Krebs
Catabolisme des acides gras
Métabolisme de l’azote
Néosynthèse des sucres
Les oxydations phosphorylantes Ligands extracellulaires et transduction du signal Les protéines du cytosquelette
162 171 179 184 191 198 207 217 219
Fiche 1
Appeler chaque molécule par son nom
1. L’ordre de priorité des principales fonctions chimiques
Fonction
R––CO––OH R––CO––OR’ R––CO––SR’ R––CO––NHR’ R––CHO R––CO––R’
R––OH R––SH R––NH2
Nom
Acide carboxylique
Ester Thioester Amide Aldéhyde Cétone
Alcool Thiol Amine primaire
Préfixe
Carboxy Carboalkoxy Carboalkothioxy Carboxamide Oxo, aldo, formyl Oxo, céto Hydroxy Mercapto Amino
Fonctions particulières
Suffixe
Acide… – oïque
– oate d’alkyle
– thioate d’alkyle
– amide – al – one
– ol – thiol – amine
R – CO – O – CO – R' Entre 2 acides organiquesO O Phosphoanhydride : Anhydride d’acide entre 2 fonctions acideHO P O P OH phosphorique OH OH RSSR'Disulfure R—S—S—R’
2. Représenter les molécules sur un plan
Les conventions d’écriture dans le cas d’un carbone asymétrique
Exemple du 2,3dihydroxypropanal (glycéraldéhyde)
7
8
Fiche 1
Appeler chaque molécule par son nom
HOH C 2
CHO
C
OH
H
(2R) 2,3dihydroxypropanal
(Dglycéraldéhyde)
HO miroir H
CHO
C
CH OH 2
(2S) 2,3dihydroxypropanal
(Lglycéraldéhyde)
Projections de Fischer (utilisées en Biologie)
Dans le plan de la feuille
CHO
Derrière le plan de la feuille
CHO
CHO
OH H OH H OH C C HOH C 2 H CH OH 2 CH OH 2 Devant le plan de la feuille (2R) 2,3dihydroxypropanal (Dglycéraldéhyde)
Cas de 2 acides aminés : COOH
C
H
H N 2
COOH
H
H C 3 NH 2CH 3 Acide (2S) 2aminopropionique (Lalanine)
COOH
C
H
NH
H
miroir HN
COOH
C
CHO
CH OH 2
 Lproline Dproline La proline possède un cycle pyrrole, c’est le seul acide aminé dans ce caslà.
Appeler chaque molécule par son nom
EXERCICE1Savoir dessiner à partir des mots
Fiche 1
Dessiner les structures des molécules biologiques suivantes (nom chimique et nom commun s’il existe) :
1.acide 2hydroxypropionique ou acide lactique
2.sel tétrasodique du 2,3bisphosphoDglycérate (l’acide glycérique est l’acide 2,3dihydroxypropionique)
3.acide 2phosphonooxyprop2énoique ou acide phosphoénolpyruvique
4.acide 2 oxobutanedioïque ou acide oxaloacétique
Solution
COOH 1.Acide lactique : CH ––CHOH––COOH 3 La molécule que l’on trouve dans les cellules HO C H est l’isomère L de l’acide lactique ou (2S)2 hydroxypropionique (représentation cicontre). CH 3 L’acide lactique existe sous forme de lactate au pH cellulaire. Il se forme au cours de la fermentation du même nom (voir glycolyse en condition anaérobie). Ne pas confondre le lactate avec le lactose, qui est le sucre du lait(voir fiche n° 11).
2.Cette molécule dont la structure de base est O l’acide 2,3dihydroxypropionique possède+ 2 1C O PO32Na en plus ici, 2 fonctions supplémentaires : une H C OH fonction anhydride mixte (entre un carboxyle2 et une acide phosphorique) sur le carbone 12 + CH O 2PO32Na 3 et une fonction phosphoester sur le carbone 3. C’est un intermédiaire important de la glycolyse. Il existe également le 2,3bisphosphoglycérate (voir affinité de l’hémoglobine pour l’oxygène).
3.L’acide phosphoénolpyruvique est présent sous forme de phosphoénolpyruvate (PEP) au pH cellulaire. L’hydrolyse de la fonction phos phoénol libère une énergie importante qui est couplée à la formation d’une fonction phosphoanhydride de l’ATP dans la glycolyse. La réaction est catalysée par la pyruvate kinase.
HOOC
O C
CH 2
O P OH OH
9
10
Fiche 1
Appeler chaque molécule par son nom
4.Acide oxaloacétique. Ce nom commun vient de l’acide oxalique (OHC––COOH) et de l’acide acétique (CH ––COOH). Cette molécule 3 est un intermédiaire du cycle de Krebs(voir fiche n° 18 ). Dans la cellule, il existe sous forme d’oxaloacétate du fait du pH intracel lulaire. C’est un diacide à 4 carbones qui possède une fonction 2oxo ou 2céto (ouαcéto).
EXERCICE2Et inversement…
Donner les noms des molécules biologiques suivantes :
1.HSCH ––CH(NH )––COOH 2 2
2.H N––CH ––CO––NH––CH ––COOH 2 2 2
3.CH ––(CH ) ––COOH 3 2 14 CH3––(CH2)4––CH=CH––CH2––CH=CH=(2 7–COOH 4.CH ) –
Solution
1.Cette première molécule est l’acide 2amino3mercap topropionique. Elle correspond à la cystéine, un acide aminé présent dans les protéines dans sa configuration 2R, c’estàdire la Lcystéine (représentation cicontre). La cystéine peut former des ponts disulfures dans les protéines(voir structure tertiaire des protéines fiche n° 3).
H N 2
COOH C O CH 2 COOH
COOH
C 2R
H
CH SH 2
2.Le nom chimique de cette seconde molécule est complexe, mais on peut noter qu’elle possède, de gauche à droite : une fonction amine primaire, une fonction amide et une fonction acide organique. Il s’agit de deux molécules de glycine, l’acide aminé naturel le plus simple, liées par la fonction amide pour former un dipeptide glycineglycine. La fonction amide est celle qui relie les acides aminés dans les protéines. Elle est appelée « liaison peptidique ».
3.Les formules 3 et 4 correspondent à des acides gras. On nomme ainsi les acides organiques qui possèdent de longues chaînes aliphatiques avec ou sans doubles liaisons. La molécule 3 est un acide nhexadécanoïque (16C) ou acide palmitique. La molécule 4 est l’acide 9,12octadécadiènoïque (18C) ou acide linolénique. Les doubles liaisons sont généralement de configuration Z (cis) dans les acides gras insaturés.