Alternative splicing and protein structure evolution [Elektronische Ressource] / vorgelegt von Fabian Birzele

AlternativeSplicingandProteinStructureEvolutionFabianBirzeleMunchen¨ 2008AlternativeSplicingandProteinStructureEvolutionFabianBirzeleDissertationanderFakultat¨ fur¨ Mathematik,InformatikundStatistikderLudwig–Maximilians–Universitat¨Munchen¨vorgelegtvonFabianBirzeleausWurzb¨ urg¨Munchen,den09.12.2008Erstgutachter: Prof. Dr. RalfZimmerZweitgutachter: Prof. Dr. DimtrijFrishmanTagdermundlichen¨ Prufung:¨ 27.01.2009ContentsAbstract xiiiZusammenfassung xv1 Introduction 1I ProteinStructureComparison 72 IntroductiontoProteinStructureAnalysis 92.1 Goalsandopenquestionsinproteinstructureanalysis . . . . . . . . . . . . . . . 92.2 Existingapproachestoproteinstructurecomparison . . . . . . . . . . . . . . . . 102.2.1 SCOPandCATH-thestandardoftruth . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102.2.2 Automatedproteinstructurealignmentandcomparison . . . . . . . . . . 113 ASystematicComparisonofSCOPandCATH 133.1 Methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143.1.1 Mappingofdomainassignments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143.1.2innernodesofthehierarchies . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153.2 Results. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153.2.1 Datasets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153.2.2 DetailedComparisonofSCOPandCATH . . . . . . . . . . . . . . . . . 163.3 ApplicationsoftheSCOP CATHmapping . . . . . . . . . . . . . . . .