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Publié par | ruprecht-karls-universitat_heidelberg |
Publié le | 01 janvier 2006 |
Nombre de lectures | 11 |
Langue | English |
Poids de l'ouvrage | 4 Mo |
Extrait
Dissertation
submitted to the
combined Faculties for the Natural Sciences and for Mathematics
of the
Ruperto-Carola University of Heidelberg
for the degree of
Doctor of Natural Sciences
presented by
Diplom-Chemiker Andreas Schleifenbaum
born in Munich, Germany
Oral-examination: ________________
Title:
Novel Fluorescent Sensors for Dynamic
Intracellular Signalling
Referees:
Prof. Dr. Nils Metzler-Nolte, University of Heidelberg
PD Dr. Carsten Schultz, University of Dortmund/EMBL Heidelberg
Inaugural-Dissertation
zur
Erlangung der Doktorwürde
der Naturwissenschaftlich-Mathematischen Gesamtfakultät der
Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg
vorgelegt von
Diplom-Chemiker Andreas Schleifenbaum
aus München
Tag der mündlichen Prüfung: ________________
Titel der Arbeit:
Neue Fluoreszenzsonden für intrazelluläre
Signalwege
Gutachter:
Prof. Dr. Nils Metzler-Nolte, Universität Heidelberg
PD Dr. Carsten Schultz, Universität Dortmund/EMBL Heidelberg
Hiermit bestätige ich, dass ich die Arbeit selbständig verfasst und keine anderen als
die angegebenen Quellen und Hilfsmittel benutzt habe.
Heidelberg, im September 2005
______________________________________
Andreas Schleifenbaum
Wenn man’s nur probiert so geht’s,
das heißt mitunter – doch nicht steht’s.
Wilhelm Busch
Table of contents Table of contents
Table of contents _____________________________________________ VII
Abstract _____________________________________________________ X
Zusammenfassung____________________________________________XIII
Abbreviations ________________________________________________XVI
1 Introduction_______________________________________________ 1
1.1 Phosphate esters regulate cells____________________________ 2
1.2 Protein kinase C _______________________________________ 2
1.3 Pleckstrin _____________________________________________ 8
1.4 Fluorescent proteins ____________________________________ 9
1.5 FRET _______________________________________________ 11
1.6 Fluorescent probes in live cell imaging _____________________ 13
2 Aim of the project _________________________________________ 18
3 Results _________________________________________________ 20
3.1 Design and cloning of KCP-1_____________________________ 21
3.2 In vitro Experiments____________________________________ 22
3.3 Characterization of KCP-1 in live cell experiments ____________ 25
3.4 Technical aspects _____________________________________ 29
3.5 Difficulties with live cell imaging___________________________ 35
3.6 Engineering the probe __________________________________ 35
3.7 Applications of KCP-1 52
4 Discussion ______________________________________________ 62
4.1 Introduction __________________________________________ 63
4.2 Design of the probe ____________________________________ 63
4.3 Fluorimeter experiments ________________________________ 63
4.4 Characterization of KCP-1 _______________________________ 64
4.5 Comparison of KCP-1 and CKAR _________________________ 65
4.6 KCP-1 mutants _______________________________________ 67
4.7 Drug screening possibilities ______________________________ 73
4.8 Multiparameter imaging _________________________________ 74
5 Outlook _________________________________________________ 78
6 Experimental part _________________________________________ 81
6.1 Material and assets ____________________________________ 82
6.2 Cloning and cell culture 87
6.3 DNA spotting 98
VIII Table of contents
6.4 In vitro experiments ____________________________________ 99
6.5 Microscopy__________________________________________ 100
6.6 Image processing 102
7 References _____________________________________________ 104
8 Appendix_______________________________________________ 114
8.1 Plugin and macro scripts _______________________________ 115
8.2 Publications _________________________________________ 128
Acknowledgements __________________________________________ 129
IX Abstract