lundi mars Pascal Hingamp biologie univ mrs fr

Pascal Hingamp

Description

lundi 20 mars Pascal Hingamp / biologie.univ-mrs.fr BLAST Recherche de domaines protéiques prise en main de l'Annotathon (TD)

• séquences dans genbank


• prise en main de l'annotathon


• banque de donnée hsp


• fréquence d'occurence par la chance


• séquence

Sujets

• Séquence

Informations

• Publié par: pefav
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• Poids de l'ouvrage: 2 Mo

Extrait

lundi 20 mars Pascal Hingamp / biologie.univ-mrs.fr

BLAST

Recherche de domaines protéiques

prise en main de l'Annotathon (TD)

BLAST

La “pipette de la bioinformatique”...

Objectif:

Rechercher parsimilarité de séquencedes homologuesà une séquence (requête) dans une banque de séquences (cibles)

Jargon

Exemples

Fonctionnement de BLAST

BLAST: jargon

BLAST=Basic Local Alignement Tool

Query= séquence requête

Subjects= séquences cibles de la banque de donnée

HSP= High Scoring Pairs

E-Value= Expect value (fréquence d'occurence par la chance)

Exemples

Here are some BLAST examples I prepared earlier...

Rapport BLAST:

-entête

-synopsis

-alignements

-paramètres