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Conservation of Combinatorial Structures in Evolution Scenarios

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57 pages
Conservation of Combinatorial Structures in Evolution Scenarios Sèverine Bérard (INRA, Toulouse), Anne Bergeron et Cedric Chauve (UQAM, Montréal) Ecole Jeunes Chercheurs en Algorithmique et Calcul Formel Session Bio-Informatique - 7 avril 2005 Belle marquise, vos beaux yeux me font mourir d'amour. Vos yeux beaux d'amour me font, belle marquise, mourir. Me font vos beaux yeux mourir, belle marquise, d'amour.

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Belle marquise,vos beaux yeux me font mourir d'amour.
Vos  yeux beaux d'amourme font,belle marquise, mourir.
Conservation of Combinatorial Structures in Evolution Scenarios
Sèverine Bérard (INRA, Toulouse), Anne Bergeron et Cedric Chauve (UQAM, Montréal)
Me fontvos beaux yeuxmourir,belle marquise, d'amour.
Wahti s an Ev
1. An evolution tree.
oluiton Sc
2. Genomes of existing species labeling the leaves of the tree, here blocks from the Mouse, Rat and Human chromosomes X.
3. Sequences of genomes on each branch of the tree.
4. Each successive genome differs from the next one by one inversion.
(Art work by Guillaume Bourque, scientific work by Guillaume Bourque, Pavel Pevzner and Glenn Tesler, 2004)
eanrio? ”
Waht isa n Evoluitno
Human
For each pair of species, the tree induces a rearrangement scenario between the two chromosomes X of the two species.
Rat
 Sceanrio ”?
otiribanrtculaS ” ?turetahW si Ca seonedrvom C
1. Adjacencies
Letaandbbe two consecutive genes (or blocks) in one genome.
The adjacency a.bis conservedif either a.bor-b.-ais present in the other genome.
(Blanchette, Kunisawa, Sankoff, 1999)
-b. a -
a.b
Rat
Human
a.b
a.b
Structuratorial ”e?   aist haWnibmoC devresnoC
1. Adjacencies
Note that each of these adjacency isconserved in each of the intermediate genome proposed by the scenario.
Rat
(Blanchette, Kunisawa, Sankoff, 1999)
Human
Un pour Un
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