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Reconstruction Phylogenetique par Analyse Bayesienne des Sequences

De
32 pages
Reconstruction Phylogenetique par Analyse Bayesienne des Sequences Samuel Blanquart Projet Methodes et Algorithmes pour la Bioinformatique LIRMM CNRS January 13, 2005

  • distribution de probabilites

  • echantillonner des distributions de probabilites inconnues

  • relations phylogenetiques entre les especes representees par les sequences

  • chaine de markov

  • reconstruction phylogenetique par analyse bayesienne des sequences

  • probabilite des donnees


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ReconstructionPhylogenetiqueparAnalyse BayesiennedesSequences
Samuel Blanquart
Projet Methodes et Algorithmes pour la Bioinformatique LIRMM CNRS
January 13, 2005
Resume
La technique des “Chaines de Markov Monte Carlo” (MCMC) permetdechantillonnerdesdistributionsdeprobabilites inconnues a priori. Le programme PhyloBayes (Nicolas Lartillot,2004)implementeuneMCMCechantillonnantla distribution de probabilite a posteriori induite sur les parametresdunmodeledevolutionparlesdonnees (alignementsdesequences).Cettemethodepermetdestimer lesrelationsphylogenetiquesentrelesespecesrepresenteespar lessequences.Lorsduseminaire,onpresentera:
I,CMCMrapegannollircneLpsantiechdelipes IL’algorithme de Metropolis-Hastings, Icnoiaruovetulosli,esenmmtituodelesdLesm Ie,delnnudseyomuaevuotouajLbalohyaP ILes premiers resultats obtenus pour ce modele.
LetheoremedeBayes
Ou :
P(|D) =P(D|P)(D)P()
IDees,eddsnonneesbmelelst Itrlamenesterembledesepsael,dsmudoe IP(|DemstPoes)omtnoire,r IP(D|sembVraimetnomlpniSmaeuoalcn,gse) IP(momtnes),roirPe IP(Dltpaorabibiltdeesdonnees.se)
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