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ReconstructionPhylogenetiqueparAnalyse BayesiennedesSequences
Samuel Blanquart
Projet Methodes et Algorithmes pour la Bioinformatique LIRMM CNRS
January 13, 2005
Resume
La technique des “Chaines de Markov Monte Carlo” (MCMC) permetdechantillonnerdesdistributionsdeprobabilites inconnues a priori. Le programme PhyloBayes (Nicolas Lartillot,2004)implementeuneMCMCechantillonnantla distribution de probabilite a posteriori induite sur les parametresdunmodeledevolutionparlesdonnees (alignementsdesequences).Cettemethodepermetdestimer lesrelationsphylogenetiquesentrelesespecesrepresenteespar lessequences.Lorsduseminaire,onpresentera:
I,CMCMrapegannollircneLpsantiechdelipes IL’algorithme de Metropolis-Hastings, Icnoiaruovetulosli,esenmmtituodelesdLesm Ie,delnnudseyomuaevuotouajLbalohyaP ILes premiers resultats obtenus pour ce modele.
LetheoremedeBayes
Ou :
P(|D) =P(D|P)(D)P()
IDees,eddsnonneesbmelelst Itrlamenesterembledesepsael,dsmudoe IP(|DemstPoes)omtnoire,r IP(D|sembVraimetnomlpniSmaeuoalcn,gse) IP(momtnes),roirPe IP(Dltpaorabibiltdeesdonnees.se)
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