7 jours d'essai offerts
Cet ouvrage et des milliers d'autres sont disponibles en abonnement pour 8,99€/mois
Surquelquesmod`elesde´volutiondes´equencesde nucleotidesavecde´pendanceduvoisinage ´
JeanB´erard(1)n-ea,JteisptBae´re´uoG(2)et Didier Piau(3)
(1)IsnilleJordtitutCaminU8srevMUna025R1´eitonLy (2)MU6RPAOMriMearot´edrsitnive628Usnae´lrOboLa (3)elbo1ni2Ursve´eitenGritsnI58R5UMerrioutFtu
1
Leproble`me
S´equences(spatiales)denucle´otidesA,C,GetT,delongueurnie ou infinie. ´ Evolution (temporelle) par substitutions (pas d’insertions ni de suppressions).
Danslesmod`elesclassiques,lestauxdesubstitutionnede´pendent quedunucl´eotideausiteconsid´er´e.
Parcons´equent,
chaquesiteevolueind´ependammentdetouslesautres, ´ leshistoriquesdessitesre´alisentdescopiesinde´pendantesdun processus markovien, – chaque copie converge en loi vers la mesure stationnaire, etlase´quenceconvergeenloiversleproduitdesmesures stationnaires.
2
Mais on sait bien que s o erv (a)lesfr´equencebs´eesnesontpasdesproduits, (b)etdailleurs,lestauxdesubstitutionenunsited´ependentaussi des voisins du site.
Unexempleconnuetmassif:lesıˆlotsCpG.
CmuteversT[jusqua`]10foisplussouventquandCfait partie de CG. (Donc)GmuteversA[jusqu`a]10foisplussouvent quand G fait partie de CG.
3
Formeg´ene´raledumode`le
Tauxdesubstitutiondunucle´o
Tauxdesubstitutiondunucle´o tidexversx0en chaque site :
Coˆnedinuence
τ(x x0|yxz)
Lesfre´quencesstationnairesF(xfresqu´eceense´d)dnepdtneF(yxz). Lesfr´equencesF(yxzs-selletnedsemeˆm)d´ependeF(uyxzv). Und so weiter. . .
4
...donconestcoinc´e.