N VUE DE LOBTENTION DU

Anne Costard

Description

Niveau: Supérieur, Doctorat, Bac+8
? ?%N?VUE?DE?LOBTENTION?DU? ?%0$5035%&-6/*7&34*5?%&506-064& ? $ÏLIVRÏ?PAR? $ISCIPLINE?OU?SPÏCIALITÏ? ? ? ? ? 0RÏSENTÏE?ET?SOUTENUE?PAR?? ? ? ?4ITRE? ? ? ? ? ? ? *529? ? ? %COLE?DOCTORALE? 5NITÏ?DE?RECHERCHE? $IRECTEURS ?DE?4HÒSE? 2APPORTEURS? LE? Institut National Polytechnique de Toulouse (INP Toulouse) Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingénieries (SEVAB) Optimisation de modèles permettant de réduire l'incidence d'une maladie par l'introduction de nouveaux critères de sélection liés à de(s) gène(s) de résistance chez les animaux domestiques 10 novembre 2010 Anne Costard Pathologie, Toxicologie, Génétique et Nutrition Laurence Moreau (Examinatrice) Didier Concordet (Président du jury) Thomas Schiex (Examinateur) Florence Phocas (Rapporteur) Miguel Toro (Rapporteur) Florence Phocas Miguel Toro Jean-Michel Elsen Station d'Amélioration Génétique des Animaux -INRA

• porteuse des alleles de resistance au gene selectionne


• production farms


• gene


• maladie


• strategie complementaire aux strategies deja existantes


• station d'amelioration genetique des ani- maux de l'inra d'auzeville


• strategie de selection


• algorithme genetique

Sujets

• Costard
• Institut national polytechnique de Toulouse
• Moreau
• Phocas
• Condorcet (disambiguation)
• Dorian
• Robert
• Maladie

Informations

• Publié par: profil-zyak-2012
• Publié le: 01 novembre 2010
• Nombre de lectures: 83
• Langue: Français
• Poids de l'ouvrage: 1 Mo

Extrait

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d’une maladie par l’introduction de nouveaux criteres de
selection lies a de(s) gene(s) de resistance chez les animaux
domestiques
Anne Costard
14 decembre 2010Remerciements
Une these est une aventure personnelle qui represente quatre annees de la vie, quatre
annees di ciles, jalonnees de deceptions, de satisfactions, de rencontres scienti ques, de
discussions, de debats, parfois de mauvaise humeur. Une these est donc aussi une aventure
collective, humaine. Si cette these a pu ^etre e ectuee dans de bonnes conditions, et deboucher
sur des resultats passionnants, c’est gr^ ace au concours de personnes que je souhaite remercier
ici.
Je remercie Christele Robert directrice de la Station d’Amelioration Genetique des
Animaux de l’Inra d’Auzeville ainsi que les anciens directeurs Eduardo Manfredi et Alain Ducos
pour les moyens qu’ils ont mis a ma disposition a n de realiser ce travail.
Je tiens a remercier les membres du jury ainsi que les rapporteurs pour l’inter^et qu’ils ont
eu pour mon travail.
Je remercie egalement Jean Michel Elsen pour son encadrement tout au long de ma these,
pour ses conseils et ses competences scienti ques qui m’ont beaucoup aides.
Mes remerciements vont egalement a tous les gens de la station qui m’ont accueilli
chaleureusement.
Je tiens a remercier egalement Carine Naudinat pour toute l’aide qu’elle m’a apportee
pendant ces quatres annees.
Un grand merci a Mylene, Ingrid et Kin-Anh pour m’avoir soutenue moralement dans les
bonnes et mauvaises periodes pendant ces quatre annees, doctorantes qui ont soutenu leur
these pour qui le pire est derriere et le meilleur est a venir,
Je tiens a remercier tout particulierement Berengere pour son soutien, pour la decoration
de mon bureau et de m’avoir motivee pour la n de ma these (partie la plus di cile...).
Je tiens egalement a remercier l’equipe des informaticiens et des electroniciens pour leurs
aperos et leurs bonnes humeurs ainsi que les calimeros (Hugues, Simon et Julien) pour les
petites pauses cafe et cigarettes ou la rigolade etait toujours de la partie.
J’adresse toute mon a ection et ma reconnaissance a ma maman ainsi qu’ a mon mari qui
m’ont soutenu tout au long de ces quatre annees et qui ont toujours cru en moi.
Je tiens a dedier ce travail a MARIA, ma grand mere paternelle qui m’avez inculque
des valeurs fondamentales de hargne, de volonte et d’humanite sans lesquelles je n’aurais
sans doute pas pu reussir ces etudes. Tu es malheureusement partie trop t^ot pour voir cet
aboutissement, mais j’espere queal ou tu es, tu es er de moi.
Je dedie egalement cette these a ma MAMAN pour m’avoir donne les capacites et les
armes necessaires pour a ronter cette experience et celles qui vont suivre. Tu m’as toujours
soutenu, aide, et tu m’as donne les moyens de faire des etudes et de les mener a bien, je t’en
serai toujours reconnaissante.
Je dedie egalement cette these a FREDO, mon mari. Toi qui partage ma vie, tu m’as
supporte pendant ces 4 annees et je le sais je n’ai pas toujours ete facile ! Mais ton soutien et
ton amour m’ont permis de faire face a toutes les dicultes. Alors cette these, c’est aussi la
tienne
En n je dedie cette these a DORIAN, mon ls. Ta merveilleuse arrivee lors de ce travail
m’a redonne la motivation necessaire pour le nir et surtout m’a permis de prouver qu’il etait
possible d’e ectuer une these tout en ayant eu un enfant. Tu es un rayon de soleil, celui qui
embelli mon coeur chaque jour que Dieu fait. Avec toi, le monde est une merveille, un monde
ou il n’existe que le bonheur.Resume
Les moyens mis en oeuvre chez les animaux domestiques pour lutter contre les maladies
dependent de leur vitesse de propagation, de leur virulence et surtout de leur capacite a
passer la barriere d’espece. Certaines maladies entra^ nent des pertes economiques importantes
chez l’animal(des centaines de milliers de vaches ont ete abattues pendant l’epidemie de
BSE). Bien plus, dans le cas des zoonoses, maladies transmissibles a l’homme, il convient
d’appliquer des mesures de lutte extr^emement onereuses s’organisant dans les elevages mais
aussi a l’echelle des populations. Plusieurs strategies de prevention et/ou de traitement des
maladies infectieuses sont possibles : les traitements chimiques, la vaccination, la desinfection
des b^ atiments d’elevage, la conduite des troupeaux, le contr^ ole sanitaire et la tra cabilite des
produits alimentaires,l’abattage partiel ou total des troupeaux infectes. Ces mesures peuvent
^etre tres onereuses et parfois peu e caces.
Ces maladies peuvent ^etre mono ou multifactorielles. Quand une maladie est en partie
regulee par une predisposition genetique, il est possible de choisir des reproducteurs les plus
resistants et diminuer ainsi l’incidence de la maladie. Si cette predisposition est monogenique,
ou pour le moins sous l’in uence d’un gene a e et majeur, comme par exemple dans la
tremblante ovine, la selection assistee par gene peut ^etre une strategie complementaire aux
strategies dej a existantes. Mais cette selection ne peut se faire independamment de celle des
caracteres traditionnels de production qui ont permis d’ameliorer par exemple la quantite
de lait en races laitieres ou le nombre et la croissance des animaux en races boucheres. La
question qui se pose alors est d’arriver le plus rapidement possible a une incidence quasi nulle
de la maladie en creant une population essentiellement porteuse des alleles de resistance
au gene selectionne tout en evitant de perdre le gain genetique acquis sur les caracteres
traditionnels de production.
L’objectif de cette these a ete de repondre a cette question en proposant une approche
parametrique permettant de modeliser et d’optimiser la strategie de selection. Le parametrage
du modele permet de decrire de maniere detaillee les caracteristiques du/des gene(s) de
resistance selectionne(s) et celles du schema de selection sur les caracteres de production,
souvent complexes chez les animaux domestiques. Les sorties du modele sont l’evolution
des distributions des caracteres de production (moyennes, variabilites) et des frequences des
alleles de resistance / sensibilite. A n de prendre en compte le processus de selection, une
modelisation dynamique a ete utilisee. Des approches deterministe et stochastique ont ete
developpees et ont ete optimisees a l’aide d’un algorithme genetique.
La strategie optimale di cile a promouvoir sur le terrain a ete alors consideree comme
reference pour la mise en place de strategies de selection acceptables et e caces. Il est possible
ainsi d’evaluer di erents scenarios concernant par exemple l’organisation du genotypage
(pour le gene de resistance) dans la population selectionnee, le choix des conjoints selon leur
genotype, ainsi que la methode de di usion des reproducteurs vers les elevages de production.
La methodologie developpee lors de ce travail a ete appliquee au cas de la tremblante du
mouton, un exemple possible parmi d’autres maladies. Di erentes strategies proches de
l’optimale ont ete combinees a un modele epidemiologique a n d’analyser l’impact de ces
dernieres sur l’evolution de la maladie.
MOTS CLEFS : gene(s) de resistance aux maladies, modelisation, optimisation,
selection, caracteres d’inter^et zootechnique, incidence, animaux domestiques.Summary
The resources to be used in domestic animals to ght against the diseases depend on
their di usion speed, their virulence and especially their ability to pass the species barrier.
Some diseases cause signi cant economic losses in animals (hundreds of thousands of cows
were culled during the BSE epidemic). Moreover, in the zoonotic case, diseases transmissible
to humans, measures to be implemented are generally extremely expensive both at the farm
and population levels. Several