PPS avec le logiciel

Description

Niveau: Supérieur, Master, Bac+5
PPS avec le logiciel Arbres genomiques Anamaria Necsuela (M2 - EEB - 2005) 24 mai 2005 La presence ou l'absence de 3307 familles de genes proteiques ho- mologues est compilee dans le genomes de 33 organismes dont 27 bacteries. Sur la marge espece de ce tableau, on possede des mesures de dimensions et un arbre phylogenetique. Des questions ouvertes sur la comparaison entre especes par leur contenu en genes. Table des matieres 1 Description du probleme 2 2 Donnees 2 3 Questions 5 4 References 6 5 Liens 6 1

• differences entre les taux devolution des sequences sur la topologie de l'arbre phylogenetique


• contenu en genes


• arbre des especes


• similarites observees entre les sequences


• ge- nealogie des especes etudiees


• innovation impor- tante dans la phylogenie moleculaire


• analyses statistiques


• donnees

Sujets

• Kingdom
• Donnée

Informations

• Publié par: rasum
• Nombre de lectures: 15
• Langue: Français

Extrait

 pps065 Probl`emepratiquedestatistiquen Arbresg´enomiques

AnamariaNecs¸ulea(M2-EEB-2005) 10mai2008

Lapre´senceoul’absencede3307famillesdege`nesprot´eiquesho- mologuesestcompile´edansleg´enomesde33organismesdont27 bacte´ries.Surlamargeespe`cedecetableau,onposse`dedesmesures dedimensionsetunarbrephylog´en´etique.Desdonne´esoriginaleset desquestionsouvertespropos´eesparAnamariaNecs¸ulea(M2-EEB - 2005)..

Tabledesmatie`res 1Descriptionduprobl`eme 2Donne´es 3 Questions 4Re´fe´rences 5 Liens

1

2 2 5 6 6

AnamariaNec¸sulea(M2-EEB-2005)

1Descriptionduproble`me Leprincipalobjectifdelaphylog´eniemol´eculaireestdereconstituerlage´- ne´alogiedesespe`cese´tudie´es,ensebasantsurlessimilarite´sobserv´eesentreles s´equences(nucle´iquesouprot´eiques)dumarqueurmole´culairechoisi.Toutefois, l’interventiondesphe´nome`nescommeletransferthorizontal,laduplicationdes ge`nesoulapre´sencedesvitessesd’´evolutiondiff´erentesentrelesse´quencespeut rendrecetobjectifintangible.Ler´esultatestalorsplutoˆtun“arbredesge`nes” quel’arbredesespe`cesquel’onrecherche. Enpartantdecetteobservation,certainsauteursontpropos´edesapproches phylog´enetiquesbase´essurlacomparaisondesg´enomesentiers([1],[2]).Ace jour,plusde200g´enomescomple`tementsequence´setannote´sonte´te´publi´es, d’o`ulafaisabilite´decetteme´thode. Pourdonnerunedistanceentredeuxg´enomes,ilfautd’abordd´eterminer lesgroupesdeg`enesorthologues(c’esta`direlesg`enesquisontd´eriv´esd’un mˆemeancˆetrecommunparspe´ciation)pre´sentschezlesorganismesquel’on souhaitee´tudier.Larecherched’orthologuessefaitsurlabasedelasimilarit´e desse´quences.Ilexisteplusieursbanquesdedonn´eesdege`neshomologues(qui proviennentd’unmeˆmeancˆetrecommun),quipeuventsimplifiercetterecherche 1 23 (HOBACGEN,HOGENOM,COG).Ensuite,unemesuredesimilarite´entre deuxesp`ecespeuteˆtred´efinie`apartirdunombredege`nesorthologuesqu’elles ont en commun.

Ilparaˆıtvraisemblablequel’impactdes´eve´nementsdeduplicationoudes diff´erencesentrelestauxd´evolutiondesse´quencessurlatopologiedel’arbre phylog´ene´tiquesoitdiminue´aveccetteapproche.Unefoislesorthologuesde´fi- nis,lam´ethoden’utilisepluslessimilarite´sentrelesse´quencespourde´finirles distancesentrelesdiffe´rentsorganismes.Onpeuttoutefoissedemanderjusqu’a` quelpointonpeutreconstituerl’histoiree´volutivedesorganismesenanalysant lecontenueng`enesdeleurge´nomes.Est-cequecetteapprochepermetdediscri- minerdesorganismesquisonttr`esproches,aussibienquelefontlesme´thodes classiquesdephylog´eniemol´eculaire?Est-cequ’elleestsensiblea`latailledes ge´nomes?

Laconstructiond’arbres“g´enomiques”sembleeˆtre tantedanslaphyloge´niemole´culaire,maislavalidite´ resteencore`aeˆtreconfirm´ee.

une innovation impor- de ce type d’approche

2Donn´ees Latotalite´desdonne´esseretrouventdanslefichierpps065.rda.

1 http 2 http 3 http

://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hobacgen.html ://pbil.univ-lyon1.fr/databases/hogenom.html ://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/

Logiciel R version Maintenance :

2.7.0(2008-04-22)–pps065.rnw–Page2/6–Compile´le2008-05-10 S. Penel, URL :http://pbil.univ-lyon1.fr/R/pps/pps065.pdf

AnamariaNecs¸ulea(M2-EEB-2005)

load(url("http://pbil.univ-lyon1.fr/R/donnees/pps065.rda")) names(pps065) [1] "COGs""descr" "orga""tree"

Lesdonne´esonte´t´eacquises`apartirdelaversioninitiale,datantde2003, de la banqueCOG(Clusters of Orthologous Groups) [3]. Cette banque contient 3307famillesdeg`enesprote´iqueshomologues. La composantedescrcontient pour chacune de ces familles la description desprote´inesqu’ellesencodent.

length(pps065$descr) [1] 3307 pps065$descr[1:10] [1] "[H]_COG0001_Glutamate-1-semialdehyde_aminotransferase" [2] "[E]_COG0002_Acetylglutamate_semialdehyde_dehydrogenase" [3] "[D]_COG0003_Predicted_ATPase_involved_in_chromosome_partitioning" [4] "[P]_COG0004_Ammonia_permeases" [5] "[F]_COG0005_Purine_nucleoside_phosphorylase" [6] "[E]_COG0006_Xaa-Pro_aminopeptidase" [7] "[H]_COG0007_Uroporphyrinogen-III_methylase" [8] "[J]_COG0008_Glutamyl-_and_glutaminyl-tRNA_synthetases" [9] "[J]_COG0009_Putative_translation_factor_(SUA5)" [10] "[E]_COG0010_Arginase/agmatinase/formimionoglutamate_hydrolase,_arginase_family"

Nousavonsd´ecid´ed’e´tudierici33organismes,dont25bacte´ries,1eucaryote et7arch´ees.Pourchacund’entrecesorganismesetpourchaquefamilledeCOG, nousavonsnot´elapr´esenceoul’absence(cod´eeen0et1)desg`enesappartenant a`cettefamilledanslege´nome´etudi´e.Ici,nousavonsignor´elefaitqueplusieurs copiesdumˆemeg`enepeuventeˆtrepre´sentesdanslemˆemeg´enome.Cesdonn´es sontpre´sent´eesdanslacomposanteCOGs, sous la forme d’un tableau de 33 lignes et 3307 colonnes (avec des noms des lignes et des colonnes).

dim(pps065$COGs) [1] 333307 pps065$COGs[1:10, 1:8] COG0001 COG0002 COG0003 Vch 1 1 0 Eco 1 1 0 Buc 0 1 0 Hin 0 0 0 Pae 1 1 0 Nme 1 1 0 Xfa 1 1 0 Rpr 0 0 0 Cje 1 1 0 Hpy 1 0 0

COG0004 0 1 0 0 1 1 1 0 0 0

COG0005 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0

COG0006 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1

COG0007 1 1 1 0 1 1 1 0 0 0

COG0008 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1

On dispose aussi dans la composanteorgad’un tableau contenant, pour chaque organisme : –l’abbre´viationutilise´epourlede´signer; –l’esp`ece; pps065$orga[, 1:2] Abbr. Species 1 VchVibrio cholerae 2 EcoEscherichia coli 3 BucBuchnera_sp 4 HinHaemophilus influenzae 5 PaePseudomonas aeruginosa 6 NmeNeisseria meningitidis 7 XfaXylella fastidiosa 8 RprRickettsia prowazekii 9 CjeCampylobacter jejuni 10 HpyHelicobacter pylori

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2.7.0(2008-04-22)–pps065.rnw–Page3/6–Compile´le2008-05-10 S. Penel, URL :http://pbil.univ-lyon1.fr/R/pps/pps065.pdf