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Université Louis Pasteur, Strasbourg I
2006
THESE
présentée à
la Faculté des Sciences de la Vie
pour obtenir le titre de
Docteur de l’Université Louis Pasteur
Domaine : Aspect Moléculaire et Cellulaire de la Biologie
par
Frédéric LINCKER
Rôle du facteur de transcription E2F dans la régulation de
l’expression des gènes codant pour la
Ribonucléotide Réductase
erSoutenue le 1 décembre 2006 devant la Commission d’Examen
M. François-Yves BOUGET Rapporteur externe
M. Philippe CARBON Rapporteur interne
M. Michel CASTROVIEJO Examinateur
Mme. Marie-Edith CHABOUTÉ Directrice de thèse
M. Charles WHITE Rapporteur externe
Institut de Biologie Moléculaire des Plantes (IBMP)
UPR-CNRS 2357À mon Papa…Tout d’abord, je tiens à remercier les membres du jury, Messieurs Bouget, Carbon,
Castroviejo et White, pour avoir accepté de lire et juger ce travail.
Je tiens également à remercier ma sacrée chef Marie-Édith Chabouté de m’avoir
accueilli dans son laboratoire qui ne ressemblait pas tout à fait à ce qu’il est devenu
aujourd’hui...
Merci aux membres et ex-membres du labo 512. Merci à Guy pour ses nombreux
conseils et notamment au cours de la rédaction de ce manuscrit, Hélène, Sarah et Valérie pour
leur bonne humeur quotidienne, Julien pour sa loquacité (…), Roxana pour son aide dans mon
travail, Bernadette et Céline. Merci également aux nombreux stagiaires d’avoir permis de
faire progresser ce travail plus rapidement. Merci également aux petits nouveaux, Lenin et
Ondrej, à qui je souhaite beaucoup de réussite.
Merci également à nos voisins du 509. Merci à Anne-Catherine, Etienne, Jean, Jean-
Luc Evrard, Natacha et Virginie.
Merci à ceux qui ont permis de faire progresser ce travail, Herrade pour les hectolitres
de milieu BY-2 que j’ai pu utiliser, Michèle pour les tonnes de vaisselle nettoyées et
stérilisées et Philippe pour son aide précieuse dans la réalisation des gels 2D.
Je remercie aussi Martine Devic, Valérie Delorme et Arnaud Ronceret pour nos
collaborations fructueuses.
Bien sûr je n’oublie pas de remercier tous ceux et celles qui m’ont permis de rendre
ces années à l’IBMP bien plus agréables… Un grand Merci à Alban, Aurélia, Ben et Cécile,
Clarisse et son meilleur ami Fred H, Elodie et Delphine, Etienne, Gabrielle, Hélène, Pierre
« le Pounk », Sarah et Valérie, sans vous tous ces cinq années n’auraient pas été aussi
extraordinaires.
Je remercie également François Paulus qui, un jour de fin de maîtrise, a su me
conseiller de faire un stage à l’IBMP, me permettant ainsi de me retrouver aujourd’hui entrain
d’écrire les remerciements de ma thèse.
Merci également à mes amis non scientifiques et basketteurs pour tous les bons
moments passés ensemble et particulièrement pour m’avoir soutenu dans les moments
difficiles au début de la thèse. Mille mercis à Dom et Sabou, Shavo, Malain, Julius, Clarence
(bon courage pour la rédaction), Joe et Wally, Frelon et Christiane.
Je remercie infiniment mes parents pour m’avoir permis de faire ces longues études et
pour m’avoir soutenu, encouragé et avoir cru en moi pendant ces nombreuses années. Merci
également à mon frère Mich, à ma belle-sœur Mayon et à leur petite Laulau pour leur soutien
et leur encouragement ainsi qu’à ma belle-famille, les PapMam Meyer, Etienne et Jacques.
Enfin, je te remercie énormément Odile pour ta patience et ton aide pendant ces mois
difficiles de rédaction…merci simplement pour être comme tu es…ABREVIATIONS
2,4 D : acide 2,4-dichloro-phenoxyacétique
ADN : acide désoxyribonucléique
ADNc : ADN complémentaire
ADN-T : ADN de transfert
APS : persulfate d'ammonium
ARN : acide ribonucléique
At : Arabidopsis thaliana
bp, kb : paire de bases, kilo paire de bases
BisTris : Bis(2-hydroxyéthyl)imino-tris(hydroxyméthyl)méthane
BSA : sérum-albumine bovine
CHAPS : 3-[(3-cholamidopropyl)diméthylammonio]-1-propanesulfonate
kDa : kiloDalton
cpm : coups par minute
DAPI : 4,6-Diamidino-2-phenylindole
dNDP : désoxyribonucléoside-5'-diphosphate
dNMP : désoxyribonucléoside-5'-monophosphate
dNTP : désoxyribonucléoside-5'-triphosphate
DOx : Densité optique à x nm
DTT : dithiothréitol
EDTA : Acide éthylène diamine tétraacétique
GFP : "green fluorescent protein"
GUS : β-glucuronidase
HEPES : N-(2-hydroxyéthyl)piperazine-N'-( 2-éthanesulfonate) de sodium; 4-(2-
hydroxyéthyl)piperazine-1-( 2-éthanesulfonate) de sodium
LB : Luria broth
LB : "left border" (bordure gauche d'un ADN-T)
LUC : luciférase
MS : Murashige et Skoog
NP40 : Nonidet P-40
Nt : Nicotiana tabacum
(p/v) : poids/volume
PCR : réaction de polymérisation en chaîne
PM : poids moléculaire
PMSF : phényl méthyl sulfonyl fluoride
PNK : polynucléotide kinase
PVDF : difluorure de polyvinylidène
qsp : quantité suffisante pour
RB : "right border" (bordure droite d'un ADN-T)
RLU : unité relative
RT-PCR : Transcription inverse puis PCR
RNR : Ribonucléotide Réductase
SDS : dodécylsulfate de sodiumTaq : Thermus aquaticus
TAE : Tris Acétate EDTA
TBE : Tris Borate EDTA
TCA : acide trichloroacétique
TE : Tris EDTA
TEMED : N, N, N',N'-tétraméthyléthylène diamine
Triton X100 : polyéthylène glycol tert-orthophényl éther; t-octylphénoxypolyéthoxyéthanol;
4-(1,1,3,3-tétraméthylbutyl)phényl-polyéthylène glycol
Tween-20 : polyéthylène glycol sorbitane monolaurate
Tris : N-tris(hydroxyméthyl)aminométhane
U : unité enzymatique
UV : ultraviolet
(v/v) : volume/volume
X-gal : 5-bromo 4-chloro 3-indole 1-D-galactopyranoside
Abréviations des acides aminés
A : alanine C : cystéine
D : acide aspartique E : acide glutamique
F : phénylalanine G : glutamine
H : histidine I : isoleucine
K : lysine L : leucine
M : méthionine N : asparagine
P : proline Q : glutamine
R : arginine S : sérine
T : thréonine V : valine
W : tryptophane Y : tyrosine
Abréviations des acides nucléiques
A : dATP : désoxyadénosine triphosphate
C : dCTP : désoxycytidine triphosphate
G : dGTP : désoxyguanosine triphosphate
T : dTTP : désoxythymidine triphosphate