UNIVERSITE LOUIS PASTEUR STRASBOURG I

Aurélie Fender

Description

Niveau: Supérieur, Doctorat, Bac+8

• mémoire

UNIVERSITE LOUIS PASTEUR STRASBOURG I ECOLE DOCTORALE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA SANTE THESE Présentée pour l'obtention du grade de DOCTEUR DE L'UNIVERSITE LOUIS PASTEUR Discipline : Sciences du Vivant Spécialité : Aspects Moléculaires et Cellulaires de la Biologie Par Aurélie FENDER Etude comparative de couples ARNt/aminoacyl- ARNt synthétases chez la levure et la mitochondrie humaine Soutenue le 18 novembre 2005 devant la Commission d'examen Prof Catherine Florentz Directeur de thèse Dr Anne-Catherine Dock-Bregeon Rapporteur interne Dr Marc Mirande Rapporteur externe Prof Mario Mörl Rapporteur externe Dr Richard Giegé Examinateur

• ribonucléique méssager


• arnt acide


• électrophorèse sur gel de polyacrylamide pm


• externe prof


• science du vivant spécialité


• merci


• poids moléculaire


• ecole doctorale de sciences de la vie et de la sante


• ton


• edta tca acide

Sujets

• Mémoire
• Louis Pasteur University
• Michel
• Rapporteur
• Mirande
• Université de Leipzig
• Fender

Informations

• Publié par: profil-feym-2012
• Publié le: 01 novembre 2005
• Nombre de lectures: 48
• Langue: Français
• Poids de l'ouvrage: 3 Mo

Extrait

UNIVERSITE LOUIS PASTEUR
STRASBOURG I

ECOLE DOCTORALE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA SANTE


THESE

Présentée pour l’obtention du grade de

DOCTEUR DE L’UNIVERSITE LOUIS PASTEUR

Discipline : Sciences du Vivant
Spécialité : Aspects Moléculaires et Cellulaires de la Biologie

Par
Aurélie FENDER



Etude comparative de couples ARNt/aminoacyl-
ARNt synthétases chez la levure et
la mitochondrie humaine





Soutenue le 18 novembre 2005 devant la Commission d’examen


Prof Catherine Florentz Directeur de thèse
Dr Anne-Catherine Dock-Bregeon Rapporteur interne Marc Mirande Rapporteur externe
Prof Mario Mörl
Dr Richard Giegé Examinateur
C’est avec plaisir que je tiens à remercier toutes les personnes qui ont permis
l’accomplissement de cette thèse.
Tout d’abord, je remercie Madame A.-C. Dock-Bregeon, Chargée de recherche à
l’Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (Strasbourg), Messieurs M.
Mirande, Directeur de recherche au Laboratoire d’Enzymologie et Biochimie Structurales
(UPR 9063-CNRS)(Gif-sur-Yvette), M. Mörl, Professeur à l’Université de Leipzig, pour
l’honneur qu’ils me font en jugeant mon travail.
Je remercie aussi Eric Westhof, Professeur à l’Université Louis Pasteur et Directeur de
notre UPR, pour l’intérêt qu’il a porté à mon travail et pour les conseils dont il m’a fait
profiter au cours de ma thèse (choix de post-doc…)
J’aimerais également remercier Richard Giegé, Directeur de recherche au CNRS, pour
l’intérêt qu’il a porté à mon travail tout au long de ma thèse et maintenant en acceptant de le
juger. Je tiens à vous dire que j’admire votre passion et votre dévouement pour la science.
Merci aussi pour les discussions sur l’« évolution ».
J’exprime toute ma gratitude à Catherine Florentz, directrice de ma thèse et Professeur
à l’Université Louis Pasteur, pour m’avoir donné l’opportunité de faire une thèse dans son
équipe. Merci pour tous les « Brainstorming » que nous avons eus ensemble, pour ton
investissement, ton soutien et surtout ton énergie.
Je tiens à remercier Pascale Romby, Directeur de recherche au CNRS, pour son aide et
son soutien dans la recherche de post-doc.
Un énorme merci à Marie, mon coach personnel. Tu auras été présente jusqu’au bout,
et je t’en suis extrêmement reconnaissante. Merci pour ton soutien, ta disponibilité sans
limite, et ton investissement. Ton aide aura été précieuse à mes yeux et je crois que je
n’arriverais pas à dire combien tu m’as apporté.
Merci à Joern pour m’avoir fait choisir ce laboratoire. Je tiens à te remercier pour ton
soutien et toutes les discussions que nous avons eu ensemble. Ton anniversaire à l’Oktober
Fest restera longtemps gravé dans ma mémoire.
Merci à toutes les personnes des labos 443-447, pour leur bonne humeur, les astuces
de manips, les conseils, les pots… Merci également à l’ensemble des personnes de l’UPR qui
m’ont apporté leurs connaissances, leurs conseils, merci pour votre amabilité.
Un merci tout particulier aux joyeux compagnons du midi : Frénégondine, Sir Michel,
Borice et « le concombre de mer masqué ». Merci pour toutes les grandes discussions
philosophiques et récréatives, et surtout les fous rires… N’oubliez pas que nous sommes tous
liés dans notre entreprise…
Merci à ma famille pour leur soutien et pour tout le reste…
Et pour finir merci à Jean, le plus méritant dans l’histoire… Merci de partager ta vie à
la mienne et merci pour tout le bien que tu m’apportes…
Abréviations


A adénine
aa acide aminé
aaRS aminoacyl-ARNt synthétase
ADN désoxyribonucléique
Arg arginine
ArgRS Arginyl-ARNt synthétase
ARN ribonucléique
ARNm méssager
ARNt acide de transfert
Asp aspartate
AspRS Aspartyl-ARNt synthétase
ATP adénosine triphosphate
BET bromure d’éthidium
BSA albumine de sérumbovin
C cytid
Cam chloramphénicol
CIP phosphatase intestinale de veau
Ci Curie
Da Dalton
DO densité optique
DTE dithioérythritol
DTT dithiothréitol
EDTA ethylène diamine tétraacétate
G guanine
g gramme multiple de la gravitation naturelle de la terre
h heure
Hepes acide N-2 hydroxy éthyl pipérazine N’-2 éthane sulfonique
IPTG Isopropyl-b-D-1-thiogalactopyranoside
Kan kanamycine
kb kilo bases
k constante catalytique cat
Ktde Michaelis-Menten M
µ micro
M molaire
mA illiampère
min minute
mtitochondrial/mitochondriaux
nm nanomètre
PAGE électrophorèse sur gel de polyacrylamide
PM poids moléculaire
SDS dodécyl sulfate de sodium
TBE tris borate EDTA
TCA acide trichloroacétique
Tris tris(hydroxyméthyl)aminométhane
U unité UV ultra-violet
V volt
p/v poids à volume
v/v volume volume INTRODUCTION................................................................................................................................................. 6
Préambule ........................................................................................................................................................ 6
A. L’AMINOACYLATION : ETAPE CLE DE LA TRADUCTION .............................................................................. 8
1. Les ARNt .............................................................................................................................................. 9
1.1. Biosynthèse et maturation........................................................................................................................... 9
1.2. Structures.................................................................................................................................................. 10
1.3. Rôles alternatifs ........................................................................................................................................ 12
1.4. Pseudo-ARNt............................................................................................................................................ 13
2. Les aminoacyl-ARNt synthétases ....................................................................................................... 17
2.1. Enzymes de classe I.................................................................................................................................. 18
2.2. Enzymes de classe II........................................................................................................... 19
2.3. Organisation modulaire et motifs structuraux........................................................................................... 20
2.4. Aminoacyl-ARNt synthétases particulières .............................................................................................. 21
2.5. Complexe multisynthétasique................................................................................................................... 22
2.6. Mécanisme d’édition.................... 24
2.7. Fonctions alternatives ............................................................................................................................... 24
2.8. Paralogues d’aminoacyl-ARNt synthétases .............................................................................................. 26
2.9. Les aminoacyl-ARNt synthétases comme cibles thérapeutiques .............................................................. 27
3. Le second code génétique .................................................................................................................. 28
3.1. Identité des ARNt ..................................................................................................................................... 29
Approches expérimentales........................... 30
Transplantation.................................................................................................................................................... 31
Localisation des éléments d’identité ................................................................................................................... 32
Identité ambiguë et antidéterminants 33
Subtilité de l’identité........................................................................................................................................... 34
3.2. Identité des aminoacyl-ARNt synthétases........ 34
3.3. Interaction des ARNt/aaRS....................................................................................................................