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ThèseprésentéepourobtenirletitredeDocteurdel’UniversitéLouisPasteurStrasbourgIDiscipline:SciencesduVivantSpécialité:BioinformatiqueparAurélieLARDENOISDevelopmentandapplicationsofanintegratedbioinformaticsapproachforpromoteranalysis.er Soutenuepubliquementle1décembre2006devantlejury:RapporteurexterneDonaldJ.ZACKRapporteurexterneUweSTRAHLERapporteurinterneClaudeKEDINGERExaminateurDinoMORASExaminateurThierryLEVEILLARDDirecteurdethèseOliverPOCH
àmesparents,
Remerciements
Avanttout,jetienstoutparticulièrementàremercierlesProfesseursDonaldJ.Zack,UweStrahle,ClaudeKedinger,DinoMorasetThierryLéveillardpouravoiracceptédejugercetravaildethèse.JeremercieégalementDinoMoras(doublementdonc)pourm’avoiraccueillidanssonlaboratoire.MerciégalementàJeanClaudeetAnnetteThierrypourleursympathieetpourlaqualitéirréprochabledeleurcuisinebourguignonne.
JeremerciechaleureusementOlivierPochpourm’avoirdonnécesujetpassionnantetm’avoirfaitconfiancetoutaulongdecettethèse.Mêmes’ilresteunHimalayaàescaladeravantl’excellence,jenesuisdéjàpluslamêmequ’ilyaquatreansetc’estengrandepartiegrâceàvous.MerciaussiàClaudinepoursabonnehumeur,sesencouragementsetsesvisitestoujourssympathiques.Merciàtousmescollaborateurspourcettesynergie,pourleurefficacitéetleuraide.ToutparticulièrementàNicolas,David,PascaletEmmanueldel’équipedeJeanMarcEgly,àSophieetSachadel’équipedeThierryLéveillard,àl’équipedeDanielBoujard,àMichaelPrimig,àValeriaRoni,àKatiaetJérômedel’équipedeBrigitteKieffer,àGrettaetYvonTrottier.
Gretta,c’étaitunvraiplaisirdetravailleravectoi.JetesouhaitebonnechancepourlasuiteetespèreterevoirbientôtauLiban.
Valéria,àquandunenouvellevisitedeBigAppleetuncongrèsentrefilles!Merciàtoutel’équipedebioinfoauseindelaquelleilfaitsibontravailler!
UngrandmerciàRaymond,l’hommeauxmilleetunefacettes,programmeurlejouretréparateurdecitröenAXlanuit.Isabelle,FrançoisetSophie,merciégalementpourvotresympathie,pournousavoirfaitdécouvrirlescoursderocketpournossoiréeschaleureusesenchansonjusqu’àpasd’heure!MerciM’sieurLucpourtoutesnosconversationsdetravailettoncôtéfraterneltoujoursappréciabledanslesmomentsdedoute.J’oubliais,merciégalementpourcesbeuglantes
soiréescheztoiaugranddésarroidetesvoisins.Ah,aufait,iln’yapasdedouteleroiLouis….c’esttoi!
MerciJuliepourtonaideaucoursdemathèse.Millemercispourtouteslescorrectionsd’anglaisetl’investissementquetuasfaitsurcemanuscrit,aveclesourire,sansjamaisteplaindreetentrouvanttoujourslesbonsmotspourmesoutenir!
MerciOdilepourtagentillesseetpourm’avoirréconfortéàchaquefoisquej’enaieubesoinaucoursdecettethèse.Beaucoupdebonheuràlapetitenouvelledulabo:Maëlle!
MerciàYannpourlesbonsmomentspassésaucoursderocketdelindy!Boncouragepourtathèse,maisfaisattentionànepaspassertoutestesnuitsaulabo…
MerciVéropourtajoiedevivreettapêchenaturelle.J’aiétévraimentheureusedepouvoirmontreraugarsdulaboqu’enpingpongnousn’étionspasdesfillettes;)(commeeux!).
MerciAnnaïckpourtagentillesse,tonsoutienetnosdiscussionspendantlespausesthé.MerciAnnepourtabonnehumeuretcouragepourtouslesarticlesetbouquinsqueturédigesenanglaisbiensûretaussipourlasuitedetathèse!MerciNicolaspourtongoûtinvétérépourlesfilmsexotiquesquicontribueàlabonnehumeurdulabo.Merciauxtravailleursducouloirinfernalpourleursympathieetleurbonnehumeur:Guillaume,ManuetLaetitia.
FredetLaurent,mercipournosdiscussionsauRUetvotreaideprécieusepourlesinstallationsdebanques,deprogrammesetautresanalysesdepromoteurs.
Merciàmonpremiervoisindebureau,àsavoirlemaîtreJediDrFintonSirockinpoursasympathieetsonhumour.
MerciWolfgangpournosdiscussionsenrichissantesetd’avoirpartagécebureau.
Ravi,bonnechancepourcettedernièreannéedethèse!
MerciàChristiane,Anne,LaetitiaetOdilepourvotregentillesseetvotreefficacité.MerciàSergeetGuillaumepourvotreaideprécieuse.
Courageaussiàceuxquireprendrontleflambeaudelapromotologie;).N’oubliezsurtoutjamaisd’avoirunaimantsurvousafinderetrouverl’aiguille…
MerciàWiwi(BP)etMuriellepourvotresympathie,vosencouragementsetvosbonplansrestosetautres(jen’incluspaslesblaguestéléphoniques;))
MerciàAnneetRachelle(etCéline)pournosfollessoirées«poule»,tricotetcompagnie…Mercipourvotregentillesse,votrebonnehumeuretvotresoutien!Etmaintenantcélébronsl’arrivéed’unetoutenouvellepouletteAnna!
DianeetEmeric(leslapinsJoeBarretleurpanthère),MélindaetThierry,VivietOlive,tousbienloindugrandestetpourtanttoujoursaussiencourageants.Mercipourvotreamitié…
JeanetCéline,parquoicommencer…Mercipournosrepas«MadeinStrasbourg»,nossoiréesdejeuxendiablées,nosfranchesrigolades(SansrancuneJeansic’estsouventtoiquitrinque;)).Mercisurtoutpourvotreamitiéetcommediraitl’autre«Pourvuqueçadure!».Enfin,bienvenueàAnnaetbeaucoupdebonheuràvoustrois!euuuuh…,quedisje…àvousquatre,avecSullybiensûr!
Merciàma«joliefamille»:Marinette,Yvounet,Toto,PierrotlaLuneetNanoupourvotresoutiendepuistoutescesannées.
Unénormemerciàmesparentspourtout,votresoutiensansfailledepuistoujours.Mercid’avoiraccepté,soutenusansréservemesorientationsetdem’avoirpermisd’enarriverlà,…Jevousensuistrèsreconnaissanteetvousaimeprofondément.
Merciàmonfrèreadoré,Gastonpourtonsoutiendepuistoutessesannées,pourm’avoirdonnél’envied’allerplusloinetdemarchersurtestraces.MerciàtoietàAgnèspourvosencouragements.Ungrandmerciàmesgrandsparents,lesmomentspassésauprèsdevoussontraresmaistellementimportants!Merciàmoncœur…monamour!Monamour…,moncœur!...monclown,monprofesseur,montout.Tonsoutienettonaideontétéprimordiauxpourcetravail.Toutaulongdecettethèse,tuastoujourssumeredonnerlemoraletm’encourager.Anousmaintenantd’enprofiteretderenouvelerlesmomentsmerveilleuxquel’onapasséàl’autreboutdelaterre…
Enfin,merciàmonsieurRoycoquim’aaccompagnétoutaulongdecettethèseainsiqu’àMonsieurPicardetMlleC.Vitaminequinousontpermisdesurvivrecesderniersmois.
MespenséesvontaussiàJacquelineetJacquesquinousontquittésbeaucouptropviteaucoursdecettethèseetnousmanquentprofondément.
“Nothingmakessenseinbiologyexceptinthelightofevolution”
TheodosiusDobzhanskyȇsdictum
Listofabbreviations
5’/3’UTR:5‘/3’UnTranslatedRegion
bp:basepair
BRE:TFIIBRecognitionElement
CAGE:CapAnalysisofGeneExpression
CDS:Codingsequence
CNS:ConservedNoncodingSequences
CRM:CisRegulatoryModules
DBD:DNABindingDomain
DNA:DesoxyriboNucleicAcid
DPE:DownstreamPromoterElement
EST:ExpressedSequenceTags
Go:GigaOctets
GUI:GraphicalUserInterface
INR:initiatorelement
kb:kilobasepair
LBD:LigandBindingDomain
(m)RNA:(messanger)RiboNucleicAcid
miRNA:MicroRNA
MACS:MultipleAlignmentsofCompleteSequences
MTE:MotifTenElement
NCR:NonCodingRegion
NR:NuclearReceptor
ncRNA:nonproteincodingRNA
PFM:PositionFrequencyMatrix
PIC:PreInitiationComplex
PPR:PutativePromoterRegion