N˚ d'ordre: Annee

Clement Calenge

Description

Niveau: Supérieur, Doctorat, Bac+8

• redaction - matière potentielle : articles


• fiche - matière potentielle : aides

N˚ d'ordre: 2005-264 Annee 2005 THESE presente devant l'UNIVERSITE CLAUDE BERNARD - LYON I pour l'obtention du DIPLOME DE DOCTORAT (arrêté du 25 avril 2002) Soutenue le 14 décembre 2005 par Clément CALENGE Des outils statistiques pour l'analyse des semis de points dans l'espace écologique Composition du jury Directeurs : Mme Anne-Béatrice DUFOUR M. Daniel MAILLARD Rapporteurs : M. Antoine GUISAN M. Patrick DUNCAN Examinateurs : M. Christian GAUTIER M. Francis LALOE UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biometrie et Biologie Evolutive Universite Claude Bernard LYON I - Bat G. Mendel 43, boulevard du 11 novembre 1918 69622 Villeurbanne

• membres de fau- nalia


• distribution de points


• théorie de l'analyse factorielle


• qualité des outils de la programmathèque adehabitat


• exploration des données dans l'espace géographique et dans l'espace


• outil d'analyse spatiale


• points dans l'espace écologique

Sujets

• Châtelain
• Darmon
• Dufour
• Guisan
• Maillard

Informations

• Publié par: mijec
• Nombre de lectures: 45
• Langue: Français
• Poids de l'ouvrage: 4 Mo

Extrait

N˚ d’ordre: 2005-264 Anne´e 2005
pre´sente´ devant l’UNIVERSITE CLAUDE BERNARD - LYON I
arrêté du 25 avril 2002)
UMR CNRS 5558
Laboratoire de Biome´trie et Biologie Evolutive
Universite´ Claude Bernard LYON I - Baˆt G. Mendel
43, boulevard du 11 novembre 1918
69622 Villeurbanne
rancis
F
M.
UTIER
Des
our
de
GA
14
Christian
dans
M.
our
:
par
Examinateurs
DIPLOME
DUNCAN
?cologique
k
oin
atric
des
P
statistiques
M.
t
LALOE
bre
(
ue
toine
DOCTORA
An
tion
M.
THESE
:
l'espace
orteurs
ts
app
p
R
semis
MAILLARD
l'analyse
Daniel
p
M.
outils
OUR
CALENGE
DUF
Cl?men
Anne-B?atrice
2005
Mme
d?cem
:
le
cteurs
Souten
e
T
Dir
DE
jury
du
du
l'obten
osition
p
Comp
GUISANRemerciements
Je voudrais tout d’abord remercier tous les membres du jury, qui ont accepté de juger ce
travail, et qui m’ont fait part de leurs remarques pertinentes lors de la soutenance.
Je remercie également l’Office national de la chasse et de la faune sauvage qui a financé ce
travail.
Je voudrais exprimer toute ma gratitude à Anne-Béatrice Dufour, qui m’a souvent prodigué
ses conseils dans de nombreux domaines (collaborations, rédaction d’articles, etc.), qui a
souvent su apporter une structure à un esprit pas toujours très organisé, et qui m’a toujours soutenu
lors de ces trois années. Merci pour ces nombreux conseils.
Je suis également extrêmement reconnaissant à Daniel Maillard qui m’a suivi et soutenu
dans ma formation en tant que biométricien depuis 1998. Il m’a toujours encouragé à suivre
cette voie, et c’est lui qui m’a convaincu de me lancer dans cette aventure.
Je remercie aussi Daniel Chessel pour m’avoir fait profiter de sa grande expérience et de ses
connaissances en biométrie, lors des nombreuses discussions que nous avons pu avoir.
Je voudrais également exprimer toute ma gratitude aux membres des Conservatoires et
Jardins Botaniques de Genève. Ils m’ont permis de prendre du recul vis-à-vis de ma position de
biométricien. Je voudrais remercier en particulier Rodolphe Spichiger, Bastian Bise et Cyrille
Chatelain, avec qui j’ai étroitement collaboré.
Je remercie également Gaëlle Darmon pour sa gentillesse et surtout sa patience lors de notre
collaboration. Merci aussi pour m’avoir accueilli en Bauges et m’avoir montré que les chamois
et les mouflons n’étaient pas que des points sur des cartes.
Je tiens également à remercier les nombreuses personnes qui m’ont permis d’améliorer
directement ou indirectement la qualité des outils de la programmathèque adehabitat, et
notamment Mathieu Basille, qui y a non seulement implémenté l’ENFA, mais qui a aussi relu toutes
les fiches d’aides une à une, en m’indiquant plusieurs incohérences et erreurs dans les fonctions.
Je voudrais également remercier Paolo Cavallini, Sander Oom, et tous les membres de
Faunalia (Italie), qui ont effectué un travail considérable pour la création et l’entretien du groupe de
travail Animove.
Un grand merci à tous les membres du laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive pour
m’avoir accueilli pendant ces trois années.
Je voudrais enfin exprimer toute ma gratitude à ma famille qui m’a soutenu au cours de mes
études et m’a permis d’arriver jusque-là.
IA Sandrine...
IIRe´sume´
La mise en relation d’un ou de plusieurs semis de points avec des cartes de variables
environnementales est centrale en Ecologie. Les points représentent en général des localisations
d’individus d’une ou de plusieurs espèces. Cette thèse présente une démarche pour identifier
les variables environnementales qui sont le plus structurantes de la distribution des points. Elle
repose sur l’exploration des données dans l’espace géographique et dans l’espace défini par les
variables environnementales (espace écologique). L’analyse d’un seul semis et celle de plusieurs
semis de points sont considérées. Des collaborations ont permis de développer ou d’améliorer
des outils d’analyse spatiale (analyse discriminante sur vecteurs propres du graphe de
voisinage) ou écologique (ENFA, analyse K-select, analyse factorielle des rapports de sélection),
reposant sur la théorie de l’analyse factorielle. Une bibliothèque de fonctions pour le logiciel R,
adehabitat, a été programmée pour faciliter cette démarche d’analyse.
Mots-clés: adehabitat, autocorrélation, analyse discriminante, Biométrie, distribution spatiale,
espace écologique, espace géographique, logiciel R, marginalité, niche écologique, processus
de points, schéma de dualité, sélection de l’habitat, semis de points, spécialisation
IIIAbstract
Relating one or several point patterns with maps of environmental variables is at the very
core of Ecology. The points are generally the locations of individuals belonging to one or several
species. This thesis describes an analysis approach to identify the variables that most strongly
affect the point distribution. We stress the importance of data exploration in the geographical
space and in the space defined by the environmental variables (ecological space). The analysis
of one pattern and that of several point patterns are considered. Collaborations have allowed the
development or the improvement of tools for spatial (discriminant analysis of the eigenvectors
of neighbourhood operator) or ecological analysis (ENFA, K-select analysis, factorial analysis
of selection ratios). These methods rely on the theory of factorial analysis. A package of
functions for the R software, adehabitat, has been programmed to facilitate this analysis approach.
Keywords: adehabitat, autocorrelation, discriminant analysis, biometry, spatial distribution,
ecological space, geographical space, R software, marginality, ecological niche, point process,
duality diagram, habitat selection, point pattern, specialisation
IVTable des matières
Résumé II
Abstract III
Introduction 1
Chapitre 1 Problématique 4
1.1 Problématique écologique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
1.1.1 Importance de l’étude de la sélection de l’habitat en gestion de la faune
sauvage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
1.1.2 Problématiques similaires dans d’autres domaines de l’Ecologie . . . . . 6
1.2 Les données . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
1.2.1 Echantillonnage spatial d’un ou plusieurs semis de points . . . . . . . . . 7
1.2.2 Mesure de leur environnement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
1.3 Un semis de points . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
1.3.1 Distribution des points dans l’espace géographique . . . . . . . . . . . . 9
1.3.2 Le modèle de la niche écologique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
1.4 Plusieurs semis de points . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
1.5 Le logiciel R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
1.5.1 Plan du mémoire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
La démarche biométrique
VChapitre 2 L’étude de la sélection de l’habitat du point de vue du biologiste 14
2.1 Définition des concepts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.1.1 les concepts d’habitat et de niche . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.1.1.1 le concept d’habitat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.1.1.2 Le concept de niche écologique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
2.1.1.3 Notre position dans ces débats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.1.2 La sélection de l’habitat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
2.2 Les mesures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
2.2.1 La mesure de l’utilisation de l’habitat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
2.2.2 La mesure de la préférence/qualité de l’habitat . . . . . . . . . . . . . . . 19
2.2.3 La mesure de la disponibilité de l’habitat . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
2.3 Les analyses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
2.3.1 Les protocoles de type I . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
2.3.1.1 Les prémisses : une seule variable qualitative d’habitat . . . . . . . . 22
2.3.1.2 Plusieurs variables d’habitat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
2.3.2 Les suivis d’individus par balises radios (types II et III) . . . . . . . . . . 26
2.4 Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.4.1 Le problème de l’inférence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
2.4.2 La modélisation “a