Biologie de la conservation du corail rouge, Corallium rubrum (Linnaeus, 1758) : impact du changement global sur l'évolution des populations infralittorales en Méditerranée Nord-Occidentale, Conservation biology of the red coral, Corallium rubrum (Linnaeus, 1758) : impacts of the global change on the evolution of the shallow populations in the North Western Mediterranean Sea

Jean-Baptiste Ledoux

Description

Sous la direction de Jean-Pierre Féral, Joaquim Garrabou, Didier Aurelle
Thèse soutenue le 26 octobre 2010: Aix Marseille 2
Les pressions anthropiques agissent en synergie du gène à l’écosystème, des régions polaires aux régions tropicales et induisent une érosion biologique telle, qu'elle est qualifiée de sixième extinction de masse.Ce constat pose la question de l’évolution de la biodiversité face aux changements environnementaux en cours. C’est dans ce contexte que s’inscrit ce travail de thèse focalisé sur les populations de surface (5 -60 m) de corail rouge, Corallium rubrum (Linnaeus, 1758), en Méditerranée Nord-Occidentale.Le corail rouge (Octocorallia, Coralliidae) est une espèce sessile à phase larvaire caractérisée par sa longévité importante, sa dynamique de population lente et son rôle structurant au sein des communautés de substrats durs de Méditerranée. Soumis à une importante pression de récolte, Corallium rubruma récemment subi deux évènements de mortalité massive concordant avec des anomalies thermiques positives, potentiellement liées au réchauffement climatique. La combinaison de ces deux pressions environnementales est donc susceptible d’affecter fortement l’évolution des populations de surface de cette espèce. Basé sur une approche intégrant génétique des populations et écologie de terrain, ce travail a pour objectif principal d’étudier les processus microévolutifs en jeu chez le corail rouge, de l’inter- à l’intra- populationel, afin de contribuer à l'amélioration de nos connaissances sur la biologie de cette espèce dans le contexte environnemental actuel.Ce travail de thèse élargit le champ de connaissances relatif à l’écologie de Corallium rubrum et fournit un ensemble d’outils et de données pour sa conservation face aux perturbations environnementales en cours.Il contribue, par la même occasion, à une avancée significative dans la compréhension de la biologie des organismes marins sessiles à phase larvaire.Il illustre notamment la pertinence d'approches mises place à des échelles spatiales réduites, pour répondre à des questions fondamentales sur l’évolution de ces organismes, souvent clés au sein de communautés sous pression
-Corallium rubrum
-Biologie de la conservation
-Microsatellites
-Équilibre migration-dérive
-Diversité génétique
-Structure génétique spatiale
-Dynamique éco-évolutive
-Plasticité phénotypique
Anthropic pressures act synergistically from gene to ecosystems and from polar to tropical regions, inducing a strong biological loss, which is considered by many as the sixth mass extinction. The evolution of biodiversity facing the ongoing global change is thus an open question.The present study is focused on the shallow populations (5 - 60 m) of Corallium rubrum (Octocorallia,Coralliidae) in the North Western Mediterranean Sea. The red coral is a sessile and long-lived species with a larval phase, a slow population dynamics and an important structuring role in the Mediterranean hard substrates communities. This species faces a strong harvesting pressure, and recently underwent two massmortality events linked to positive thermal anomalies putatively due to ongoing climate change. These two pressures may have deep implications on the evolution of the shallow populations of this species. Using population genetics and field ecology, the main objective of this study was to define microevolutionary processes acting between and within red coral populations, to enhance our knowledge on the biology of this species facing the environmental changes. This work extends our knowledge concerning the ecology of Corallium rubrum, and provides new toolsand data for its conservation in the context of the ongoing global change. Moreover, this work improves our understanding in the biology of sessile marine organisms with a larval phase, illustrating for example the relevance of approaches conducted at fine geographical scales to address questions regarding the evolution of these organisms.
-Conservation biology
-Migration-drift balance
-Genetic diversity
-Spatial genetic structure
-Reciprocal transplant
-Local adaptation
-Phenotypic plasticity
-Eco-evolutionary dynamics
Source: http://www.theses.fr/2010AIX22096/document

Sujets

• Corail rouge
• Biologie de la conservation
• Diversité génétique
• Plasticité phénotypique

Informations

• Publié par: Thesee
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• Langue: Français
• Poids de l'ouvrage: 9 Mo

Extrait

2010 Biologie de la conservation du corail rouge Jean-Baptiste Ledoux
THÈSE DE DOCTORAT DE L’UNIVERSITÉ DE LA MÉDITERRANÉE
Centre d’Oc!anologie de Marseille
École doctorale Sciences de l’Environnement
pr!sent!e par
Jean-Baptiste Ledoux
pour obtenir le grade de
Docteur de l’Universit! de la M!diterran!e
Biologie de la conservation du corail
rouge, Corallium rubrum (Linnaeus, 1758):
Impact du changement global
sur l’!volution des populations infralittorales
en M!diterran!e Nord-Occidentale
Devant le jury compos! de:
Fr!d!rique Viard, Directrice de recherche, CNRS Rapporteur
Marco Abbiati, Professeur, Universita di Bologna Rapporteur
Oph!lie Ronce, Charg!e de recherche, CNRS Examinateur
Jean-Christophe Poggiale, Professeur, Universit! de la M!diterran!e Examinateur
Didier Aurelle, Maître de conf!rences, Universit! de la M!diterran!e co-Directeur
Joaquim Garrabou, Directeur de recherche, CSIC co-Directeur
Jean-Pierre F!ral, Directeur de recherche, CNRS Directeur“Il s’enveloppa les épaules dans le sac et bloqua le gouvernail dans la direction voulue. La
barque était bien légère maintenant, et le vieux n’avait plus ni sentiments ni pensées. Il
était au-delà de tout; il ne songeait plus qu’à ramener sa barque au port, aussi bien, aussi
intelligemment que possible”
Ernest Hemingway, 1952, Le vieil homme et la mer.
“As a complement to Dobzhansky’s famous quote “nothing in biology makes sense except
in the light of evolution” (Dobzhansky 1964), we therefore suggest that nothing in evolu-
tion or ecology makes sense except in the light of the other.”
Pelletier F. Farant D. et Hendry AP, 2009, Phil. Trans. R. Soc. B.
A Camille, Alain et CatherineRemerciements
1h24 du matin, jeudi 2 septembre 2010… ça y est tout seul face à la page blanche avec
pour mission de n’oublier personne et pour envie de ne pas sombrer dans une simple
liste de noms.
Au commencement était Jean Pierre Féral, jeune (dans le sens de nouveau) directeur
de l’UMR DIMAR en plein cœur de Marseille. Jean Pierre, tu m’as accueilli lors de
mon stage de DEA en 2003 après avoir bien véri é, auprès de mon responsable de
formation, que je ne serai pas désavantagé par le parfum iodé qui ottait autour du
sujet de recherche que tu proposais. Je t’en remercie, je te remercie aussi d’avoir su
pendant ces premiers mois insu er un peu d’oxygène à l’insulaire en exil que j’étais
(et suis toujours) et qui se retrouvait au milieu de cette grande ville. Je te remercie
d’avoir pensé à moi lorsque cette bourse de thèse s’est débloquée. Je te remercie de
m’avoir autorisé à postuler sur ce cours de génétique de la conservation à Oahu, île qui
me trottait en tête depuis l’enfance et de m’avoir embarqué dans la délégation pour
Venise. Merci d’avoir su prendre certaines décisions lors de moments clés et de m’avoir
fait con ance lorsque je venais te voir pour dépenser de l’argent en PCR. Je te remercie
en n de ces anecdotes polaires que tu m’as faites partager, je n’ai jamais vu Kerguelen
et pourtant j’ai l’impression d’y avoir posé le pied. Et surtout, merci de m’avoir permis
d’être ici ce soir, face à mon ordi, à écrire ces remerciements.
Dans l’ordre des directeurs de thèse, vient ensuite Didier Aurelle. Didier, je te remercie
d’avoir su mettre à l’épreuve, et nalement renforcer ma motivation.
Pour nir last but not least, Joaquim Garrabou… Quim, pas facile d’exprimer ce que je
ressens après toutes ces années. Ce qui me vient à l’esprit en premier, c’est la con ance
que tu as eu dans mon travail à partir d’une certaine période et qui n’a jamais faibli
depuis. Ce fut un moteur puissant lors des moments de doute. Ensuite, le gamin que
j’étais et qui s’extasiait devant Cousteau te remercie de l’avoir emmené en mission ici
ou là et de lui avoir fait vivre un rêve éveillé notamment lors de certaines plongées
dans la réserve intégrale de Scandola. Ce fut un privilège immense et encore plus avec
toi pour guide (te souviens tu de cette sortie du port encadrée par les rorquals ?). Tu
m’auras permis d’ouvrir un peu plus les yeux sous l’eau tout en me formant au travail
de terrain, de me recadrer lorsque mes raisonnements te semblaient trop tordus, et
tu m’auras toujours aiguillé e cacement lorsque j’étais dans le ou. Tu m’auras aussi
démontré que l’ouverture d’esprit et l’échange sont des forces majeures dans notre
métier. Merci aussi pour ces moments partagés dans ta famille à Marseille ou pour
cette matinée de balade à Barcelone avec tes enfants. Sois sûr que j’emporte avec
moi de nombreuses choses de ton enseignement en tant que scienti que et de ton
exemple en tant qu’homme.
Il est temps de passer aux collègues ! et y’a pas a dire mais quand je parle de mes années
à la station marine d’Endoume, le premier prénom qui vient c’est le tien Karin. Ouip
Karin Gérard (aka Mad’moizelle Géraaard) collègue de bureau, fournisseuse o cielle
d’Abatus cordatus, compagne de craquage de 17h et bien plus encore. Le quotidien n’était pas toujours facile pour toi comme pour moi, mais qu’est ce que c’était bon de
te savoir pas loin dans les moments creux. Ouaip je n’imagine pas vraiment toutes ces
années sans toi à côté. C’était chouette et c’était riche Karin… et quel bonheur de te
savoir maintenant dans un endroit qui te plait avec ton homme et ton bébé.
Merci à Emilie Egea à qui je dois beaucoup ces derniers temps, merci Emilie pour ton
soutien et pour ton énergie quoiqu’il arrive et ta disponibilité enthousiaste lorsque
j’en ai eu besoin. Je remercie aussi Eve Gazave, Pascal Lapébie, Gwilherm Pénant pour
ces années, les quelques sorties ici ou là et les nombreux déjeuners ici. Une pensée
particulière à Marie La Rivière, Julijana Ivanisevic, Pierre-Alexandre Rastorgue et
Kenza Mokhtar-Jamaï (à toi qui a essuyé les plâtres de mon premier encadrement
pendant ton M2.. et vive le pop corn !) derniers embarqués et aussi à Emilie Boissin (et
Thierry Hoarau), Christophe Lejeusne (encore l’impression que tu as oublié le chemin
de mon bureau) et Oriol Torrents déjà arrivés à bon port. Comment nir le tour des
thésards sans remercier Ferdinand Marlétaz pour avoir aidé à de nombreuses reprises
le non Geek que je suis avec une patience remarquable, mais aussi pour ces longues
discussions scienti ques (ou pas). Ferdi je te dis merci ! En n merci aux post-doctorants
croisés par ici et plus particulièrement Nuria Teixido et Jan Dierking, merci pour votre
amitié ; Jan merci de m’avoir aiguillé lors de mon séjour hawaiien et surtout de m’avoir
fait l’honneur de m’inviter à ton mariage avec Katia.
Pour poursuivre la déambulation dans les couloirs de la station, je tiens à remercier
Christian Marschal pour son e cacité sous l’eau et son coup de main précieux lors des
mesures de croissance des colonies, ainsi que Frédéric Zuberer, Bernard de Ligondes et
Roland Graille pour avoir encadré l’ensemble des plongées e ectuées au cours de cette
thèse. Merci aussi à Caroline Rocher pour sa gestion e cace de la biologie moléculaire.
Pendant que je suis sur la lancée des personnes ayant directement contribué à la
réalisation de ce travail, je n’oublie pas Pierre Drap et Olivier Bianchimani sans qui
le chapitre 4 de ce manuscrit ne serait pas, Charlotte Roby pour son coup de main
de début de thèse et Nathaniel Bensoussan pour son aide concernant notamment
l’analyse des séries de températures du chapitre 5!
Changement de bâtiment… et direction l’étage de Nicole Boury Esnault (tu m’avais
dit que tu serais là le jour de la soutenance, je l’espère toujours  !), Jean Vacelet
(«  chau eur  » occasionnel dans la descente de la rue d’Endoume  !), Jean Georges
et Mireille Harmelin (merci pour vos encouragements, merci plus particulièrement
Jo d’avoir partagé tes contacts et connaissances sur la biologie du corail rouge en
répondant avec précision à mes questions de néophyte), Pierre Chevaldonné et
Thierry Perez (merci entre aut