Biopython Tutorial and Cookbook
Je Chang, Brad Chapman, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck,
Michiel de Hoon, Peter Cock, Tiago Antao, Eric Talevich, Bartek Wilczynski
Last Update – 2 April 2011 (Biopython 1.57+)Contents
1 Introduction 7
1.1 What is Biopython? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
1.2 What can I nd in the Biopython package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
1.3 Installing Biopython . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
1.4 Frequently Asked Questions (FAQ) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8
2 Quick Start – What can you do with Biopython? 12
2.1 General overview of what Biopython provides . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
2.2 Working with sequences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
2.3 A usage example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.4 Parsing sequence le formats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.4.1 Simple FASTA parsing example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.4.2 Simple GenBank parsing example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
2.4.3 I love parsing – please don’t stop talking about it! . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
2.5 Connecting with biological databases . . . . . . . ...