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Publié par | Thesee |
Nombre de lectures | 95 |
Langue | Français |
Poids de l'ouvrage | 49 Mo |
Extrait
N° d’ordre : 4046
THÈSE
PRÉSENTÉE A
L’UNIVERSITÉ de BORDEAUX
ÉCOLE DOCTORALE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA SANTÉ
Par Chloé MAUGÉ
POUR OBTENIR LE GRADE DE
DOCTEUR
SPÉCIALITÉ : Biochimie
Biosynthèse des flavan-3-ols chez Vitis vinifera : structure,
mécanisme catalytique et première approche cinétique de la
leucoanthocyanidine réductase
Directeur de recherche : B. GALLOIS
Soutenue le : 1 juillet 2010
Devant la commission d’examen formée de :
M. MOUREY Lionel Directeur de recherche, CNRS Toulouse Rapporteur
M. DANGLES Olivier Professeur, Université d’Avignon Rapporteur
M. SCHMITTER Jean-Marie Professeur, Université Bordeaux 1 Examinateur
M. GALLOIS Bernard Directeur de recherche, CNRS Bordeaux Directeur de thèse
M. CHAUDIÈRE Jean Professeur, Université Bordeaux 1 Invité
M. CHARLIER Laurent Chargé d’études, CIVB Bordeaux Invité
Université Bordeaux 1
Les Sciences et les Technologies au service de l’Homme et de l’environnement
REMERCIEMENTS
Je tiens tout d’abord à remercier les rapporteurs, L. MOUREY et O. DANGLES, et les
membres du jury, J.M. SCHMITTER J. CHAUDIERE et L. CHARLIER, pour avoir accepté
d’évaluer mes travaux.
Ma thèse ayant été réalisée dans le laboratoire « Chimie et Biologie des Membranes et des
Nanoobjets », je tiens à remercier son directeur, E. DUFOURC, pour m’avoir accueillie.
J’adresse également toute ma gratitude à B. GALLOIS pour avoir dirigé ces recherches et
m’avoir fait confiance pour les réaliser. Je remercie aussi tous les membres de son équipe
pour leur aide et leur soutien, en particulier B. LANGLOIS D’ESTAINTOT pour m’avoir
initiée à la cristallogénèse et pour le travail accompli, T. GRANIER pour m’avoir formée à la
détermination de structure et C. MANIGAND pour ses conseils sur la technique HPLC. Je
remercie aussi J. CHAUDIERE pour son aide et nos discussions prolifiques sur la cinétique et
la chimie organique.
Ce travail pluridisciplinaire m’a permis de mettre en œuvre plusieurs collaborations. Je
remercie donc S. DELROT ainsi que son équipe (ISVV), en particulier C. TROSSAT et C.
LE HENAFF, pour leur aide en biologie moléculaire et pour m’avoir ouvert leurs laboratoires.
Je remercie également J.M. SCHMITTER et son équipe pour les expériences de spectrométrie
de masse. Merci à K. BATHANY pour tout le temps qu’elle m’a accordé.
Au début de mes travaux, j’ai eu la chance de participer à un « Practical Course » à l’EMBL
(PEPC5) lors duquel G. STIER (EMBL) m’a généreusement donné le vecteur pETGB_1a. Je
tiens tout particulièrement à lui exprimer ma gratitude.
Je tiens aussi à remercier le Conseil Interprofessionnel du Vin de Bordeaux pour avoir financé
mes travaux de thèse.
Un grand merci à J. MERIAS et à toute l’équipe secrétariat gestion du laboratoire, en
particulier à P. DULOR et E. DUPOUYET, pour le café du matin qui m’a aidée à bien
commencer les journées. Je remercie aussi tous ceux que j’ai pu croiser et qui ont rendu mon
quotidien plus joyeux : Olivier, Benoît B., Nadia, Nicolas, Benoît F., Caroline, Cassandre et
tous les autres.
Enfin, un remerciement particulier va à ma famille et à mes proches qui ont toujours cru en
moi et m’ont soutenue pendant toute la durée de mes études. Merci à Nirina pour sa patience,
sa compréhension et son soutien de tous les jours.
ABREVIATIONS
3D tridimensionnel
3-GT 3-O glucosyltransférase
4CL p-coumarate CoA ligase
ACES acide N-(2-Acétamido)-2-aminoéthanesulfonique
ADA acide N-(2-Acétamido)iminodiacétique
ADN acide désoxyribonucléotide
ADNc acide désoxyribonucléotide complémentaire
ANR anthocyanidine réductase
ANS anthocyanidine synthase
ARN acide ribonucléotide
AVI anthocyanic vacuolar inclusion (inclusion vacuolaire anthocyanique)
Bis-Tris Bis(2-hydroxyéthyl)amino-tris(hydroxyméthyl)méthane
β-ME β-mercaptoéthanol
BSA sérum albumine bovine
C4H cinnamate 4-hydroxylase
CHI chalcone isomérase
CHS chalcone synthase
CIAP phosphatase alcaline de veau
CoA coenzyme A
dATP désoxyriboadénosine triphosphate
dCTP désoxyribocitosine triphosphate
DFR dihydroflavonol 4-réductase
dGTP désoxyriboguanine triphosphate
DHK dihydrokaempférol
DHM dihydromyricetine
DHQ dihydroquercétine
dNTP désoxyribonucléotide triphosphate
DTT dithiothréitol
dTTP désoxyribotymidine triphosphate
dUTP désoxyribouracyl triphosphate
EDTA acide diaminotétracarboxylique
EGS eugénol synthase
EMDF (7S,8S)-éthyl-(7,8-méthylène)-dihydroférulate
ESI electrospray ionisation (ionisation électrospray)
ESI-TOF electrospray ionisation - time of fly (ionisation électrospray - temps de vol)
ESRF european synchrotron radiation facility (Installation européenne de radiation
synchrotron)
EST expressed sequenced tagged (étiquette de séquence exprimée)
ESU estimated standard uncertainty (incertitude standard estimée)
F3'5'H flavonoïde 3',5'-hydroxylase
F3H flavanone 3-hydroxylase
F3'H flavonoïde 3'-hydroxylase
FLS flavonol synthase
FNS flavone synthase
FOM figure of metrit (figure de mérite)
G6P glucose-6-phosphate
G6PDH glucose-6-phosphate déshydrogénase GFP green fluorescent protein
GPC gel permeation chromatography (chromatographie d'exclusion stérique)
GST gluthation S-transférase
HEPES acide 4-(2-hydroxyéthyl)-1-pipérazine éthane sulfonique
HPLC hight performance liquid chromatography (chromatographie liquide haute
performance)
IFR isoflavone réductase
IMAC immobilised metal affinity chromatography (chromatographie d'affinité pour un
métal immobilisé)
IPTG Isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside
ISVV instut des sciences de la vigne et du vin
LAR leucoanthocyanidine réductase
LAXI milieu de culture LB additionné d'ampicilline, de X-Gal et d'IPTG
LB milieu de culture bactérienne Luria-Bertani
LC/MS couplage HPLC MS
LDL low density lipoprotéin (lipoprotéine de faible densité)
LDOX leucoanthocyanidine synthase
MAD multiple wavelengh anomalous diffraction (diffraction anomale à de multiple
longueurs d'onde)
MATE multidrug and toxic compounds extrusion (extrusion de multiple drogues et
composés toxiques)
MCS multiple cloning site (site de clonage multiple)
MES acide 2-(N-Morpholino)éthanesulfonique
MIR multiple isomorphous replacement (multiple remplacements isomorphes)
MIRAS multiple isomorphous replacement with anomalous scattering (multiple
remplacements isomorphes avec dispersion anomale
MOPS acide 3-(N-Morpholino)propanesulfonique
MS/MS spectromètre de masse fractionnant les molécule couplé à un spectromètre de
masse
+NAD nicotinamide adénine dinucléotide oxydé
NADH nicotinamide adénine dinucléotide réduit
+
NADP nicotinamide adénine dinucléotide phosphate oxydé
NADPD nicotinamide adénine dinucléotide phosphate réduit deutéré
NADPH nicotinamide adénine dinucléotide phosphate réduit
NiNTA matrice agarose - acide iminodiacétique saturée en nickel
NO monoxyde d’azote
PAL phénylalanine ammonia lyase
PCBER phénylcoumaran benzylique éther réductase
PCR polymerase chain reaction (réaction de polymérisation en chaîne)
PDB protein data bank (banque de données des protéines)
PEG polyéthylène glycol
PIP PLR,IFR,PCBER
PIPES acide 1,4-Pipérazinediéthanesulfonique
PLR pinorésinol laricirésinol; réductase
RE réticulum endoplasmique
RP-HPLC HPLC en phase inverse
RT-PCR retrotranscription-PCR (réaction de rétrotranscription en chaîne)
SAD