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Etude structurale et fonctionnelle de la reconnaissance et de la métabolisation de lésions puriques et pyrimidiques dans l'ADN par la Formamidopyrimidine-ADN glycosylase, Structural and functional study of the recognition and metabolization of puric and pyrimidic DNA lesions by the Formamidopyrimidine-DNA glycosylase

De
275 pages
Sous la direction de Bertrand Castaing
Thèse soutenue le 11 mai 2009: Orléans
Les oxydations sur les bases nucléiques constituent l’une des sources principale d’apparition de lésions sur l’ADN, qui peuvent être mutagènes ou létales pour les cellules en l’absence de réparation de l’ADN. La Formamidopyrimidine-ADN glycosylase (Fpg), une enzyme procaryote du système de réparation de l’ADN par excision de base (BER), initie la réparation d’un large panel de lésions de ce type via ses activités ADN glycosylase (excision de la base oxydée) et AP lyase (clivage du site abasique par ß,d-élimination). Nous avons réalisé des études fonctionnelles par des techniques biochimiques et structurales par cristallographie des rayons X afin de préciser la spécificité de substrat et le mécanisme catalytique de Fpg. Ainsi, nous avons pu mettre en évidence des déterminants structuraux permettant à cette enzyme d’accommoder des lésions de tailles très différentes dans son site actif, en l’occurrence des résidus 2,6-diamino-4-hydroxy-5-formamidopyrimidine (FapyG) substitués ou non en N7 par des adduits encombrants. D’autre part, nous avons caractérisé structuralement et fonctionnellement la reconnaissance et l’excision par Fpg d’une lésion pyrimidique, la 5-hydroxy-5-méthyle-hydantoïne (Hyd). Ainsi, nous avons montré que cette lésion appariée à une cytosine était un bon substrat pour l’enzyme, et nous avons précisé structuralement le mode de reconnaissance de l’Hyd par Fpg. D’autre part, nous avons mis en évidence un comportement inattendu de l’enzyme sur ce substrat. En l’occurrence, nous avons montré biochimiquement et structuralement qu’un pontage covalent se formait en quantités non négligeables entre Fpg et l’Hyd dans des conditions physiologiques.
-Formamidopyrimidine-ADN glycosylase
-26-diamino-4-hydroxy-5-formamidopyrimidine
-78-dihydro-8-oxo-guanine
-5-hydroxy-5-méthyle-hydantoïne
Oxidations on nucleic bases constitute one of the major sources of DNA lesions appearance, which can be mutagenic or lethal for cells in the absence of DNA repair. The prokaryotic Formamidopyrimidine-DNA glycosylase (Fpg), a base excision DNA repair (BER) enzyme, initiate the repair of a wide range of such lesions via its DNA glycosylase (excision of the oxidized base) and AP lyase (cleavage of the AP site by ß,d-elimination) activities. We carried out functional studies by biochemical techniques and structural studies by X-ray crystallography so as to state Fpg’s substrate specificity and catalytic mechanism. Thus, we have been able to underline the structural determinants enabling this enzyme to accommodate lesions of very different sizes in its active site, in this case 2,6-diamino-4-hydroxy-5-formamidopyrimidine (FapyG) residues N7-substituted or not by bulky adducts. On the other hand, we structurally and functionally characterized the recognition and excision by Fpg of a pyrimidic lesion, the 5-hydroxy-5-methyl-hydantoin (Hyd). Thus, we have shown that this lesion paired with a cytosine was a good substrate for the enzyme, and stated structurally the recognition mode of Hyd by Fpg. On the other hand, we have underlined an unexpected behaviour of the enzyme on this substrate. In this case, we have biochemically and structurally shown that a covalent link was formed in sizeable quantities between Fpg and Hyd in physiological conditions.
-Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
-26-diamino-4-hydroxy-5-formamidopyrimidine
-78-dihydro-8-oxo-guanine
-5-hydroxy-5-méthyl-hydantoïne
Source: http://www.theses.fr/2009ORLE2004/document
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UNIVERSITÉ D’ORLÉANS


ÉCOLE DOCTORALE SCIENCES ET TECHNOLOGIES
LABORATOIRE CENTRE DE BIOPHYSIQUE MOLÉCULAIRE

THÈSE présentée par :
Yann-Vaï LE BIHAN

soutenue le : 11 Mai 2009


pour obtenir le grade de : Docteur de l’université d’Orléans
Discipline/ Spécialité : Biophysique Moléculaire


Étude structurale et fonctionnelle de la
reconnaissance et de la métabolisation de lésions
puriques et pyrimidiques dans l’ADN par la
Formamidopyrimidine-ADN glycosylase




THÈSE dirigée par :
M. Bertrand CASTAING Directeur de Recherche, CNRS Orléans

RAPPORTEURS :
M. Serge BOITEUX Directeur de Recherche, CEA Fontenay-aux-Roses
Mme. Marie-Hélène LEDU Chercheur CEA, CEA Saclay
_____________________________________________________________________________________
JURY :
M. Daniel LOCKER Professeur, Université d’Orléans Président du jury
M. Serge BOITEUX Directeur de Recherche, CEA Fontenay-aux-Roses
Mme. Marie-Hélène LE DU Chercheur CEA, CEA Saclay
M. Didier GASPARUTTO Ingénieur de Recherche, CEA Grenoble
Mme. Evelyne SAGE Directeur de Recherche, CNRS Orsay
M. Bertrand CASTAING Directeur de Recherche, CNRS Orléans
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Table des matières


Abréviations


Index des Tableaux et
Figures













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tel-00488816, version 1 - 3 Jun 2010Table des matières

4 Abréviations……………………………………………………………………………………

6 Index des Tableaux et Figures………………………………………………………………...

I. Introduction…………………………………………………………... 11

I.1. L’ADN………………………………………………………………………………... 11

I.2. Les agressions sur les acides nucléiques et les dommages générés……………….. 13
I.2.1. Généralités……………………………………………………………………………. 13
15 I.2.1.1. Les hydrolyses……………………………………………………………….
I.2.1.2. Les alkylations……………………………………………………………… 16
I.2.1.3. Les oxydations……………………………………………………………… 18

19 I.3. Les conséquences des dommages sur l’ADN en l’absence de réparation………...
I.3.1. Les conséquences sur les cellules…………………………………………………… 19
I.3.2. Les conséquences sur les organismes pluricellulaires…………………………….. 20

I.4. Les systèmes de réparation de l’ADN……………………………………………… 25
26 I.4.1. La réparation par réversion directe…………………………………………………
I.4.2. La réparation par excision et resynthèse…………………………………………… 26
I.4.3. La réparation des coupures double-brins…………………………………………... 27

I.5. Le système BER……………………………………………………………………… 28
28 I.5.1. Généralités…………………………………………………………………………….
I.5.2. Les ADN glycosylases………………………………………………………………... 34
34 I.5.2.1. Les caractéristiques conservées chez toutes les ADN glycosylases…………
I.5.2.2. Les deux grandes familles mono- et bi-fonctionnelles……………………… 35
37 I.5.2.3. Les superfamilles structurales d’ADN glycosylases…………………………
I.5.2.4. Spécificité de substrat et redondance des ADN glycosylases………………. 39
I.5.2.5. Les stratégies permettant des études structurales sur les ADN
glycosylases……………………………………………………………………. 40
43 I.5.2.6. Les ADN glycosylases et la variabilité des immunoglobulines……………..
I.5.3. Les protéines métabolisant les sites AP et extrémités modifiées de l’ADN………. 46
I.5.4. Les ADN polymérases et leur implication dans la mutagénèse induite par les
lésions…………………………………………………………………………………. 48
48 I.5.4.1. Caractéristiques générales et familles des ADN polymérases……………
I.5.4.2. Les ADN polymérases, la réparation de l’ADN, et la voie BER………… 50
52 I.5.4.3. Les ADN polymérases de réplication de l’ADN endommagé…………….
I.5.4.4. Les ADN polymérases réplicatives et leur implication dans la
53 mutagénèse associée aux lésions……………………………………………
I.5.5. Les ADN ligases………………………………………………………………………. 57

I.6. Le système GO……………………………………………………………………….. 58
I.6.1. Le système GO procaryote et la 8-oxo-guanine……………………………………. 58
61 I.6.2. Le système GO étendu, ou « traitement antimutagène bipartite de la 8oxoG »….
I.6.3. Seconde extension du système GO pour le traitement des paires 8-oxo-G/G……. 62
64 I.6.4. Le système GO chez l’Homme……………………………………………………….
I.6.5. Le système GO procaryote et le FapyG…………………………………………….. 66

I.7. La protéine bactérienne Fpg………………………………………………………... 67
I.7.1. Généralités……………………………………………………………………………. 67
I.7.2. Spécificités de substrat de Fpg………………………………………………………. 73
I.7.3. Le mécanisme d’action de Fpg et les structures correspondantes………………... 80

I.8. L’objectif du travail de thèse et les stratégies utilisées……………………………. 85
I.8.1. Stratégies pour l’étude de complexes Fpg/ADN…………………………………… 85
I.8.2. Objectif du travail de thèse………………………………………………………….. 86


- 1 -
tel-00488816, version 1 - 3 Jun 2010II. Résultats………………………………………………………………. 87

II.1. Nouveaux éléments structuraux et fonctionnels sur la reconnaissance et la
métabolisation des purines oxydées par la Fpg de Lactococcus lactis
(LlFpg)………………………………………………………………………………... 87
II.1.1. Reconnaissance d’une lésion encombrante par LlFpg…………………………….. 87
II.1.1.1. Publication “L’enzyme bactérienne Fpg du système BER reconnait le
FapydG substitué en N7 par un gros adduit via un mode de fixation
non-productif” (Coste et al., 2008)………………………………………… 89
II.1.1.2. Effet de la base opposée aux FapyGs sur la reconnaissance de ces
lésions par LlFpg…………………………………………………………… 102
II.1.1.3. Conclusion et discussion…………………………………………………… 105
II.1.2. Eléments fonctionnels relatifs à la reconnaissance et à l’excision de la 8-
oxoguanine par la protéine Fpg de L. lactis………………………………………… 112
II.1.2.1. Analyse fonctionnelle des mutants de LlFpg dans un contexte d’extraits
cellulaires bruts…………………………………………………………….. 114
II.1.2.2. Validation des résultats obtenus avec les extraits cellulaires bruts via
l’analyse fonctionnelle de mutants de LlFpg purifiés……………………. 118
II.1.2.3. Conclusion et discussion…………………………………………………… 120

II.2. Nouveaux éléments structuraux et fonctionnels sur le comportement de la Fpg
de Lactococcus lactis (LlFpg) vis-à-vis d’une pyrimidine oxydée, la 5-Hydroxy-
5-Méthyle-Hydantoïne (Hyd)……………………………………………………….. 130
II.2.1. Etude structure-fonction de la reconnaissance et de la métabolisation de l’Hyd
par LlFpg……………………………………………………………………………... 130
II.2.1.1. Excision de l’Hyd par LlFpg et comparaison avec l’endonucléase III de
E. coli (EcNth)………………………………………………………………. 131
II.2.1.2. L’analogue carbocyclique de l’Hyd (cHyd), un bon modèle pour l’étude
de l’interaction de LlFpg et EcNth avec la lésion………………………… 134
II.2.1.3. Bases structurales de la reconnaissance de l’Hyd par LlFpg……………. 137
II.2.1.3.1. Résolution et validation de la structure cristallographique du
complexe abortif entre LlFpg et un duplexe d’ADN contenant
l’analogue de substrat cHyd opposé à une cytosine…………………….. 137
II.2.1.3.2. Description et analyse de la structure du complexe non-covalent formé
entre LlFpg et le duplexe d’ADN cHyd/C……………………………… 140
II.2.1.4. Conclusion et discussion…………………………………………………… 147
II.2.2. Formation d’un complexe covalent abortif entre l’Hyd et LlFpg………………… 159
II.2.2.1. Mise en évidence et caractérisation préliminaire du complexe covalent.. 159
II.2.2.2. Analyse comparative de la spécificité de la réaction de pontage et de
l’activité Hyd-ADN glycosylase de LlFpg…………………………………. 163
II.2.2.3. La proline N-terminale de LlFpg est le nucléophile impliqué dans la
réaction suicide avec le cHyd………………………………………………. 167
II.2.2.3.1. Évidence structurale…………………………………………………….. 167
II.2.2.3.2. Bases fonctionnelles et sélectivité de la réaction suicide entre LlFpg et
le cHyd………………………………………………………………….. 174
II.2.2.4. Conclusion et discussion…………………………………………………… 177

III. Conclusion générale et perspectives…….……………………….. 183

III.1. Conclusion générale…………………………………….………………………….. 183
III.2. Perspectives…………………………….……..…………….………………………. 192

IV. Matériel et méthodes……………………………………………… 199

IV.1. Matériel biologique utilisé…………………………………………………………. 199
IV.1.1. Mutagénèse dirigée sur LlFpg………………………………………………………. 199
IV.1.2. Production de protéines recombinantes LlFpg WT et mutantes…………………. 201
IV.1.2.1. Cultures de 250 mL pour les extraits cellulaires…………………………. 201
IV.1.2.2. Cultures de 1L pour les purifications protéiques………………………… 202
IV.1.3. Lyse des cellules et obtention d’extraits cellulaires………………………………... 202
IV.1.4. Détermination de la quantité de protéine dans les extraits cellulaires…………… 202

- 2 -
tel-00488816, version 1 - 3 Jun 2010IV.1.5. Purification de LlFpg WT et mutantes……………………………………………... 204
IV.1.5.1. Chromatographie Accell QMA (Waters)…………………………………. 204
IV.1.5.2. Chromatographie Sulphopropyl Sepharose Fast Flow (SPFF,
Pharmacia)………………………………………………………………….. 205
IV.1.5.3. Chromatographie Sulphopropyl Sepharose High Performance
(SPHP, Pharmacia)………………………………………………………… 205
IV.1.5.4. Chromatographie Ultrogel AcA54 (LKB)………………………………… 205
IV.1.5.5. Chromatographie HS20 (POROS)………………………………………... 206
IV.1.5.6. Récapitulatif du suivi de purification……………………………………... 206
IV.1.5.7. Dosage et stockage de LlFpg WT et mutantes……………………………. 207
IV.1.6. Source des autres protéines utilisées………………………………………………... 208
IV.1.7. Production des oligonucléotides utilisés…………………………………………….. 208
IV.1.8. Purification des oligonucléotides utilisés…………………………………………… 209
32IV.1.9. Marquage au P d’oligonucléotides………………………………………………... 210
IV.1.10. Hybridation d’oligonucléotides……………………………………………………... 211

IV.2. Etudes structurales de complexes Fpg/ADN contenant une lésion……… 212
IV.2.1. Cristallogenèse sur les complexes Fpg/ADN contenant une lésion……………….. 212
IV.2.2. Vérification de la qualité des cristaux sur générateur de rayons X à anode
tournante……………………………………………………………………………... 214
IV.2.3. Collection et traitement des données de diffraction, affinement des
modèles moléculaires et vérification de leur qualité……………………………….. 214
IV.2.3.1. Caractéristiques des lignes de lumière utilisées à l’ESRF……………….. 214
IV.2.3.2. Collection et traitement des données de diffraction……………………… 215
IV.2.4. Vérification de la qualité et analyse des modèles moléculaires…………………… 218
IV.2.4.1. Vérification de la qualité stéréochimique des modèles protéiques……… 218
IV.2.4.2. Analyse des structures des complexes Fpg/ADN…………………………. 219

IV.3. Etudes biochimiques de complexes Fpg/ADN contenant une lésion…….. 222
IV.3.1. Etudes biochimiques dans des extraits bruts………………………………………. 222
IV.3.1.1. Etude de la capacité de fixation de Fpg sur l’ADN lésé dans des
extraits bruts………………………………………………………………... 222
IV.3.1.2. Etude de l’activité ADN glycosylase de Fpg sur l’ADN lésé dans des
extraits bruts………………………………………………………………... 223
IV.3.2. Etudes biochimiques avec des protéines purifiées…………………………………. 226
IV.3.2.1. Etude de la capacité de fixation de Fpg pure sur l’ADN lésé……………. 226
IV.3.2.2. Etude de l’activité d’ADN glycosylases pures sur l’ADN lésé…………… 230
IV.3.2.3. Etude de l’inhibition de l’activité ADN glycosylase de Fpg pure sur
le nHyd par son analogue cHyd…………………………………………… 234
IV.3.2.4. Etude de la formation d’un complexe covalent entre Fpg et la 5-OH-5-
Me-Hydantoïne……………………………………………………………... 235
IV.3.2.4.1. Test SDS-PAGE-TRAP pour la mise en évidence de pontages
covalents entre LlFpg et l’Hyd ou le cHyd……………………………... 235
IV.3.2.4.2. Mise en évidence et caractérisation préliminaire du complexe
covalent…………………………………………………………………. 236
IV.3.2.4.3. Analyse comparative de la spécificité de la réaction de pontage et de
l’activité Hyd-ADN glycosylase de LlFpg……………………………… 239
IV.3.2.4.4. Bases fonctionnelles et sélectivité de la réaction suicide entre LlFpg
et le cHyd……………………………………………………………….. 243

Solutions tampons et milieux utilisés………………………………………………………… 245

Références bibliographiques…………………………………………………………………. 251




- 3 -
tel-00488816, version 1 - 3 Jun 2010β
Abréviations

- 8-oxo-G : 7,8-dihydro-8-oxo-guanine, lésion oxydative sur une guanine.
- ADN : Acide Désoxyribo-Nucléique.
- APE : AP Endonuclease.
- BER : « Base Excision Repair », soit réparation par excision de base.
- BSA : « Bovine Serum Albumine », soit albumine de sérum bovin.
- BstFpg : Formamidopyrimidine-ADN glycosylase de Bacillus stearothermophilus.
- Bz-cFapyG : modèle de lésion FapyG substitué en N7 par un groupement benzyle (non métabolisable
car greffé sur un cyclopentane).
- Bz-FapyG : modèle de lésion FapyG substitué en N7 par un groupement benzyle (métabolisable car
greffé sur un désoxyribose).
- CCD : « Charge-Coupled Device », soit dispositif à transfert de charge (capteur photographique).
- cFapyG : analogue carbocyclique du FapyG, non métabolisable par les ADN glycosylases car greffé
sur un cyclopentane.
- cHyd : analogue carbocyclique de l’Hyd, non métabolisable par les ADN glycosylases car greffé sur
un cyclopentane.
- cps : coups par seconde (unité de mesure de radioactivité).
- dATP : désoxyAdénosine Tri Phosphate.
- dCTP : désoxyCytidine Tri Phosphate.
- dGTP : désoxyGuanosine Tri Phosphate.
- dNTP : désoxyNucléotide Tri Phosphate.
- dTTP : désoxyThymidine Tri Phosphate.
- DHU : DiHydroUracile, lésion oxydative pyrimidique.
- dRP : DésoxyRibose Phosphate.
- DO : Densité Optique.
- DSB : « Double Strand Break », soit coupure double brin de l’ADN.
- DTT : Di-Thio-Thréitol (agent réducteur fort).
- EcFpg : Formamidopyrimidine-ADN glycosylase de Escherichia coli.
- EcNth : Endonucléase III de Escherichia coli.
- EDTA : « Ethylene-Diamine-Tetraacetic-Acid », soit acide éthylène-diamine-téraacétique (chélateur
de cations divalents).
- ESRF : « European Synchrotron Ray Facility », soit installation européenne de rayonnement
synchrotron.
- FapyG : 2,6-diamino-4-hydroxy-5-Formamidopyrimidine, lésion oxydative sur une guanine.
- Fpg : Formamidopyrimidine-ADN glycosylase.
- HEPES : 4-(2-hydroxyéthyl)-1-pipérazine éthane sulfonique (bon tampon à pH physiologique).
- HPLC-GC/MS : couplage d’une chromatographie phase liquide haute pression à une chromatographie
phase gazeuse et une spectrométrie de masse.
- Hyd : 5-Hydroxy-5-Méthyle-Hydantoïne, lésion oxydative sur une thymine.
- IPTG : Isopropyl- -D-Thio-Galactopyranoside (analogue synthétique très stable du lactose).
- kDa : kilodalton (unité de mesure de masse moléculaire).
- K : Constante d’équilibre de dissociation apparente. D app
- LB : Luria-Bertani, milieu de culture bactérienne.
- LlFpg : Formamidopyrimidine-ADN glycosylase de Lactococcus lactis.
- LP-BER : « Long Patch-Base Excision Repair », soit réparation par excision de bases à longue
brèche.
- MMR : « MisMatch Repair », soit réparation des mésappariements.
- Nei : ADN glycosylase procaryote, aussi appelée Endonucléase VIII.
- NER : « Nucleotide Excision Repair », soit réparation par excision de nucléotide.
- NHEJ : « Non Homologous End Joining », soit ligation des extrémités non homologues.
- Nth : ADN glycosylase procaryote, aussi appelée Endonucléase III.
- NZY+ : milieu de culture bactérienne.
- Ogg1 : Oxo-guanine-glycosylase 1.
- 4 -
tel-00488816, version 1 - 3 Jun 2010- PCR : « Polymerase Chain Reaction », soit réaction en chaine par polymérase.
- PDB : « Protein Data Bank », fait référence à la banque de donnée de structures de macromolécules
biologiques (http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do.).
- pH : potentiel Hydrogène (unité de mesure de l’acidité).
- PMSF : Phényle Méthane Sulfonyle Fluoride (inhibiteur de protéases à sérines).
- RH : Recombinaison Homologue.
- RMN : Résonnance Magnétique Nucléaire.
- RMSD : « Root Mean Square Deviation », soit l’écart type sur la position des atomes.
- ROS : « Reactive Oxygen Species », soit espèces réactives de l’oxygène.
- rpm : rotation par minute.
- SAM : S-adénosyle-L-méthionine.
- SDS-PAGE : « Sodium Dodecyl Sulfate-PolyAcrylamide Gel Electrophoresis », soit électrophorèse
en gel de polyacrylamide en présence de sodium dodécyle sulfate.
- SHM : « Somatic HyperMutation », soit hypermutation somatique.
- SIDA : Syndrome d’ImmunoDéficience Acquise.
- Site AP : Site APurique ou APyrimidique, équivalent à un site abasique.
- SN1 et SN2 : Substitution Nucléophile de type 1 et 2.
- SP-BER : « Short Patch-Base Excision Repair », soit réparation par excision de bases à courte brèche.
- SSB : « Single Strand Break », soit coupure simple brin de l’ADN.
- TBE : Tris Borate EDTA.
- TCEP : Tris-CarboxyEthyle-Phosphine (agent réducteur fort).
- TE : Tris EDTA.
- TEMED : TEtra-Méthyle-Ethylène-Diamine (catalyseur pour la polymérisation des gels de
polyacrylamide).
- THF : Tetra-Hydro-Furane, analogue de site abasique non métabolisable par les ADN glycosylases.
- TLS : « TransLesion Synthesis », soit synthèse translésionnelle (par une ADN polymérase).
- Tm : « melting Temperature », soit température de fusion.
- Tris : Tris-(hydroxyméthyle)-aminométhane (bon tampon à pH physiologique).
- TtFpg : Formamidopyrimidine-ADN glycosylase de Thermus thermophilus.
- VIH : Virus d’Immunodéficience Humaine.
- WT : « Wild Type », fait référence à une enzyme de type sauvage.













- 5 -
tel-00488816, version 1 - 3 Jun 2010Index des Tableaux et Figures

Tableaux

I. Introduction

- Tableau 1 : Défauts dans le système de réparation par excision de base et maladies humaines (p. 21).
- Tableau 2 : Comparaison des voies de réparation nucléaires et mitochondriales chez les mammifères
(p. 33).
- Tableau 3 : Principales ADN glycosylases humaines et bactériennes (p. 39).
- Tableau 4 : Protéines métabolisant les sites AP et extrémités de l’ADN (p. 47).
- Tableau 5 : Classification des ADN polymérases (p. 49).
- Tableau 6 : Activité de MutT de E. coli et de ses homologues fonctionnels humains (p. 65).
- Tableau 7 : Différences d’activité de EcFpg en fonction de la base opposée à la lésion pour
différentes lésions (p. 78).

II. Résultats

- Tableau 8 : Constantes de dissociations apparentes de Fpg pour les différents appariements
possibles du cFapyG et du Bz-cFapyG (p. 103).
- Tableau 9 : Récapitulatif des analyses fonctionnelles des mutants de LlFpg (p. 118).
- Tableau 10 : Constantes de dissociations apparentes des LlFpgs WT ou mutantes E2Q et E2D pour
le duplexe c8-oxo-G/C de 14 paires de bases (p. 119).
- Tableau 11 : Statistiques de collection des données de diffraction (complexe non-covalent) (p. 137).
- Tableau 12 : Statistiques sur l’affinement et sur le modèle moléculaire (complexe non-covalent) (p. 138).
- Tableau 13 : Différences d’activité de Nth en fonction de la base opposée à la lésion pour différentes
lésions (p. 156).
- Tableau 14 : Statistiques de collection des données de diffraction (complexe covalent) (p. 168).
- Tableau 15 : Statistiques sur l’affinement et sur le modèle moléculaire (complexe covalent) (p. 169).
- Tableau 16 : Angles de torsion du sucre et de la liaison N-glycosidique de la lésion cHyd dans les
complexes covalent ou non (p. 172).
- Tableau 17 : Angles de torsion du cycle de la Proline N-terminale de Fpg dans les complexes
covalent ou non (p. 173).

III. Conclusion générale et perspectives

- Tableau 18 : Différences d’activité de EcFpg en fonction de la base opposée à la lésion pour
différentes lésions (p. 190).

IV. Matériel et méthodes

- Tableau 19 : Tableau récapitulatif des quantifications de Fpg et des protéines totales dans les extraits bruts
(p. 203).
- Tableau 20 : Oligonucléotides utilisés pour nos études (p. 208).

Figures

I. Introduction

- Figure 1 : Représentation schématique de la composition chimique d’un nucléotide (p. 11).
- Figure 2 : Les bases nucléiques de l’ADN (p. 11).
- Figure 3 : Appariements canoniques de l’ADN (p. 12).
- Figure 4 : Conformations canoniques de l’ADN (p. 12).
- Figure 5 : Principaux sites de modifications sur l’ADN (p. 13).
- Figure 6 : Principales modifications de bases nucléiques (p. 14).
- Figure 7 : Site AP sous ses deux formes en équilibre (p. 15).
- 6 -
tel-00488816, version 1 - 3 Jun 2010

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