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AVERTISSEMENT



Ce document est le fruit d’un long travail approuvé par le jury de
soutenance et mis à disposition de l’ensemble de la communauté
universitaire élargie.
Il est soumis à la propriété intellectuelle de l’auteur au même titre que sa
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INSTITUT NATIONAL POLYTECHNIQUE DE LORRAINE

ÉCOLE DOCTORALE
Sciences et Ingénierie des Ressources,
Procédés, Produits, Environnement

UMR INPL(ENSAIA)-INRA 1121 Agronomie et Environnement


THÈSE

Présentée et soutenue publiquement le 12/11/2009
pour l’obtention du titre de Docteur de l’INPL
(Spécialité : Sciences Agronomiques)


par

Majd SAYEGH


La résistance du cotonnier Gossypium
hirsutum à la bactériose causée par
Xanthomonas camprestris
pathovar malvacearum

Rôle du gène GhLOX1 dans la réaction hypersensible





Directeur de thèse : Michel NICOLE, Directeur de Recherches (IRD, Montpellier)
Co-directeur : Alain CLERIVET, Maître de Conférences (Université de Montpellier 2)

Composition du jury :

Président du jury : Emile BENIZRI, Professeur (Université de Nancy)
Rapporteurs : Ismail EL HADRAMI, Professeur (Faculté des Sciences Semlalia, Marrakech)
Patrick SAINDRENAN, Chargé de Recherche, CNRS
Membre invité : Jean-Luc MONTILLET, Directeur de Recherches (CEA, Cadarache)


REMERCIEMENTS

Mes remerciements s’adressent avant tout à mon très cher pays, la « Syrie », ainsi que la
GCSAR « General Commission For Scientific Agricultural Research » pour m’avoir octroyé une
bourse tout au long des années d’étude passées en France. Je tiens également à remercier l’INPL
(Institut National Polytechnique de Lorraine) où je me suis inscrite pour obtenir le diplôme de
docteur d’Université.
Merci à l’IRD (Institut de Recherche pour le Développement) où ce travail a été effectué
au sein de l’UMR RPB à Montpellier, sous la direction de Michel Nicole, Directeur de recherche.
Je tiens à lui exprimer toute ma reconnaissance pour m’avoir accueillie dans son équipe au cours
de mon cursus universitaire, pour son aide, pour ses conseils scientifiques, pour les discussions
que nous avons eues tout au long de la thèse et, enfin, pour son investissement dans les
corrections de ce manuscrit. Ce passage au sein de ton équipe sous ta direction restera en
mémoire toute ma vie. Mille mercis !

Je tiens à remercier sincèrement les membres du jury, Jean-Luc Montillet, Patrick
Saindrenan, Ismaïl El-Hadrami, Emile Benizri, Mahmoud Abou Ghorra, Alain Clérivet et Michel
Nicole pour avoir accepté de juger mon travail de thèse et de participer au jury. Reconnaissance
toute particulière à Alain Clérivet, co-directeur de thèse, pour son implication dans mon travail et
pour sa gentillesse. J’exprime aussi ma gratitude à Armand Gückert, professeur, pour m’avoir fait
confiance en me choisissant afin d’effectuer mon DEA et ma thèse en France.

Je remercie particulièrement Philippe Marmey pour son implication dans l’encadrement
de mon DEA et de la première partie de thèse. Merci pour ses conseils et sa grande disponibilité.
J’adresse également ma gratitude à Antony Champion qui m’a faite profiter de ses connaissances
et pour ses conseils lors de la deuxième partie de cette thèse.
Je tiens à remercier l’ensemble des membres de l’UMR RPB qui m’ont permis de passer
ces années agréables au sein du laboratoire. J‘exprime toute ma reconnaissance à Jamel Aribi pour
toutes les graines du cotonnier qu’il a semées pour moi. Merci aussi à tout le personnel des serres
1

pour leur aide et leur gentillesse. J'adresse des remerciements sincères aux étudiants du
laboratoire, passés et présents, et particulièrement, à Erika, Naoual, Alessandra, Daniel (déjà loin)
pour leur amitiés, leur soutien et leur bonne humeur de tous les jours. Je remercie aussi Diana
Fernandez, Anne-Sophie Petitot, Agnès Galzi, pour leur amitié et leurs encouragements.
Du point de vue enthousiasme et optimisme, ce sont Sylvie Pounhet et Éveline Déchamp
que je remercie très sincèrement de leur soutien, leurs encouragements et des bons moments
passés ensemble. Une mention spéciale pour Aida Jalloul, je crois que l’aboutissement de cette
thèse te doit beaucoup …….. Je t’en remercie infiniment.

Merci aussi à mes amis en Syrie qui sont toujours près de moi. Merci encore à toutes
celles et ceux qui, de près ou de loin, m’ont soutenue.

Je voudrais remercier plus particulièrement ma belle famille pour le soutien moral et pour
leurs encouragements.
Et à vous, mes parents, à qui je pense tous les jours et que j’aime profondément, je vous
remercie énormément de m’avoir conduite jusqu’ici avec amour, confiance, soutien, tendresse et
force. Un grand merci à vous, surtout pour tout le reste. Il me tient à cœur de remercier mes
frères et sœurs pour m'avoir supportée et soutenue et la famille de ma sœur. Merci de me donner
jour après jour autant d’amour.
Mes pensées les plus chères vont à celui avec qui j’ai la chance de partager ma vie, qui m'a
accompagnée toutes ces années. Il a été pour moi un soutien constant. Merci à toi Majed pour
ton soutien, ton amour, ta patience et tes encouragements dans un pays étranger.

Et enfin, je reconnais qu’il n’est pas facile d’être maman et doctorante à la fois. Mais avec
mes trois fleurs, Joëlle, Naya et Laure, si calmes et si patientes, les choses ont été plus faciles.
Pour vous qui avez supporté quelques moments d'angoisse, je vous adresse d'immenses
remerciements. Vous êtes les plus belles et les plus réussies de toutes mes expériences !







2

Sommaire
INTRODUCTION GENERALE ........................................................................................... 5
A. Les mécanismes de la résistance spécifique des plantes aux parasites 7
1. Le phénomène de reconnaissance ....................... 8
1.1. La reconnaissance par les éliciteurs généraux ............................ 8
1.2. La reconnaissance spécifique repose sur le modèle « gène pour gène » ................ 11
1.2.1. Les gènes d’avirulence (Avr) .................................................................................... 12
1.2.2. Les gènes de résistance ............................. 15
2. La mort cellulaire hypersensible ........................ 17
3. Transduction du signal intracellulaire ............. 20
3. 1. Les formes réactives de l’oxygène .............................................................................. 21
3.2. La réduction séquentielle de l’oxygène et les systèmes impliqués dans la
production des ROS............................................ 22
4. Transduction du signal intercellulaire .............. 25
4.1. L’acide jasmonique ...................................................................... 27
4.2. Interconnexion des différentes voies de signalisation .............. 30
4.2.1. Phénomène de potentialisation ........... 31
4.2.2. Relations entre l’acide salicylique, l’acide jasmonique, l’éthylène et l’acide
abscissique ...................................................................................................................... 31
B. Les phénomènes de peroxydation des lipides dans la mort cellulaire. .......................... 33
1. Auto-oxydation des lipides ................................. 37
1.1 L’initiation ...................... 38
1.2 La propagation .............................................................................................................. 38
1.3 La terminaison ............... 40
2. L’oxydation enzymatique des acides gras polyinsaturés ................. 40
2.1 Rôle du métabolisme des oxylipines dans la mort cellulaire hypersensible 40
2.1.1 Métabolisme d’alpha-dioxygénation ......................................................................... 40
2.1.2 Peroxydation dépendante des lipoxygénases ........................... 41
2.1.3 Le rôle des lipasees ..................................... 45
2.1.4 Métabolisation enzymatique des hydroperoxydes d’acides gras ............................ 47
2.1.5 La voie des octadécanoïdes ou voie des 13-LOX ..................................................... 47
2.1.6 La voie des 9-LOX ...................................... 49
2.2 Hypothèse sur le rôle des oxylipines électrophiles dans la mort cellulaire
hypersensible ........................................................................................... 51
C. Les interactions cotonnier - Xanthomonas campestris pathovar malvacearum ........... 51
1. Les maladies du cotonnier .................................................................. 52
2. Xcm : agent de la bactériose du cotonnier ........ 54
2.1. Taxonomie, morphologie et physiologie .... 54
2.2. Le cycle de la bactérie .................................. 54
2.3 Variabilité de l’agent pathogène .................................................................................. 55
3. La bactériose du cotonnier ................................. 55
3.1. Historique et répartition de la maladie ....... 55
3.2. Les symptômes aux champs causés par Xcm............................................................ 56
3.3. L'incidence de la bactériose sur la culture cotonnière .............. 57
3.4 Les moyens de lutte connus contre la bactériose ....................... 57
4. Nature et mécanismes de la résistance du cotonnier à Xcm : état de l’art ..................... 59
D. Objectifs de la thèse .......................................................................................................... 62
CHAPITRE 1 .......................................................................................................................... 64
3

THE LIPOXYGENASE RESPONSE IS ASSOCIATED WITH RESISTANCEOF
VARIOUS COTTON GENOTYPES TO THE BACTERIAL BLIGHT DISEASE ....... 64
CHAPITRE 2 .......................................................................................................................... 70
CONTRIBUTION A L’ANALYSE FONCTIONNELLE D’UNE LIPOXYGENASE
DE COTONNIER : ROLE DU GENE GhLOX 1 DANS LA RESISTANCE
AXANTHOMONAS CAMPESTRIS PV MALVACEARUM ............................................. 70
I. INTRODUCTION ................................................................ 71
I. MATERIELS ET METHODES ....................... 75
A. Matériel végétal .................. 75
B. Souches bactériennes et préparation des solutions bactériennes................................... 75
1. Les souches virulentes et avirulentes de la bactérie Xcm races 18, 20 ........................ 75
2. Les souches d’Agrobacterium tumefaciens .................................. 75
3. Les cellules compétentes Escherichia coli 10 TOPO (Invitrogen). ............................. 75
4. Conditions d’inoculations et de prélèvements ................................. 76
C. Transformation transitoire du cotonnier ......... 76
1. Test histochimique GUS ................................................................ 76
2. Dosage fluorimétrique de l’activité GUS ...... 77
D. L’effet d’Agrobacterium sur certaines réponses de défense ........................................... 77
E. La compatibilité entre Agrobacterium et Xcm in vitro. .................. 78
F. La fonction biologique du gène GhLOX1 ........................................ 78
1. Technologie Gateway: principe ..................................................... 78
2. Obtention des différentes constructions et souches bactériennes .............................. 78
3. Transformation des cotylédons du cotonnier ............................... 79
4. Évaluation des activités transcriptionnelles du gène GhLOX1 ................................... 79
5. Évan divités totale de lipoxygénase ........................................................... 81
G. Microscopie à fluorescence ................................ 81
II. RESULTATS ..................................................... 81
A. Mesure de l’activité GUS .................................. 81
B. Compatibilité entre Agrobacterium ssp. et Xcm in vitro. .............. 82
C. Effet d’Agrobacterium sur certaines réponses de défense de la plante agrotransformée. ........... 83
D. Analyse fonctionnelle du gène GhLOX1 .......................................................................... 84
1. Les constructions générées ............................................................ 84
2. Effet de la surexpression du gène GhLOX1 . 84
3. Etude de la localisation intracellulaire de la protéine GhLOX1 dans les cotylédons
transformés .......................................................................................... 87
IV. DISCUSSION ................................................... 90
CONCLUSION GENERALE ET PERSPECTIVES ....................... 121
REFERENCES .................... 130
BIBLIOGRAPHIQUES ....................................................................................................... 130
ANNEXES ............................................................ 151
Annexe 1 : Gènes de résistance chez les plantes 152
PRODUCTION SCIENTIFIQUE ..................................................................................... 154
LISTE DES ABREVIATIONS ........................... 155
Article sur les patatines ..............................................





4











INTRODUCTION GENERALE













5







Dans leur lutte permanente pour la survie, les plantes ont développé un système de
défense diversifié qui leur permet de résister à la plupart des agressions de nature biotique
(champignons, bactéries, virus, plantes parasites, nématodes ou ravageurs) ou de nature abiotique
(stress hydrique, thermique, ionisant, ou pollution, etc…). Généralement, La maladie est
l’exception, la plante répond aux stress d’origine biotique ou abiotique par la mise en place de
réactions de défense variées lui permet de résister aux agents pathogènes. Ces défenses consistent
en premier lieu en des barrières physiques -cuticule et la paroi cellulaire- qui empêchent la
pénétration de la plupart des microbes. Si l’agent pathogène pénétre la plante et que la maladie se
développe, la plante est dite sensible et l’interaction est compatible. Dans le cas contraire, si le
parasite parvient à franchir les premières lignes de défense, la plante va déclencher des réactions
de défense inhibant le développement de la maladi e: la plante est résistante et l'interaction est
incompatible ce qui se traduit, dans la plupart des cas, par la mort rapide des cellules infectées et
la formation de lésions nécrotiques localisées autour des sites de pénétration du parasite. Il s’agit
de la réaction d’hypersensibilité, ou RH, qui s’accompagne de modifications métaboliques
importantes permettant de confiner l’agresseur à son site de pénétration (Goodman et Novacky,
1994). La RH est une forme de mort cellulaire programmée ; son déroulement nécessite d’abord
la reconnaissance par la cellule hôte d’un éliciteur suivie par des événements de signalisation, de
transcription d’un grand nombre de gènes de défense et de production de molécules de défense.
Des facteurs spécifiques de la plante et de l’agent pathogène déterminent la nature des
interactions physiques, chimiques ou biologiques qui, s’établissant dans les tous premiers
moments de leur rencontre, conditionnent l’évolution vers la résistance (incompatibilité) ou la
sensibilité (compatibilité), autrement dit vers l’expression rapide ou non des mécanismes de
défense. Cependant, dans la littérature, le terme RH au sens large qualifie un mécanisme de
défense des plantes qui englobe la mort cellulaire et les réponses de défense associées au niveau
local (Pontier et al., 1998). A cette résistance s’associent deux résistances acquises : l’une locale
(LAR), sur une zone de quelques millimètres autour de la zone infectée qui a été proposé comme
zone de production des signaux nécessaires à l’établissement de la seconde, la résistance
6

systémique acquise (SAR), plus tardive et moins intense, qui met la plante dans un état de veille et
la maintient prête à réagir à une attaque ultérieure (Maleck et Dietrich, 1999).

A. Les mécanismes de la résistance spécifique des plantes aux parasites
La nature exacte des événements qui conduit à la mort cellulaire est largement étudiée. Ces
études concernent le contrôle génétique des phénomènes de reconnaissance intervenant entre la
plante et le microorganisme pathogène, les signaux requis pour sa mise en œuvre, la régulation et
l’exécution du programme de mort cellulaire et l’activation de gènes de défense (Figure 1).

Figure 1. Événements de reconnaissance, de
signalisation et réactions de défense conduisant à
la mise en place d'un état de résistance. (D’après
Heitz et al., 2002).

7

1. Le phénomène de reconnaissance
Deux types de reconnaissance peuvent être proposés : la reconnaissance spécifique qui
fait intervenir le produit du gène de résistance de la plante et le produit du gène d’avirulence du
pathogène correspondant et la reconnaissance non spécifique qui implique des éliciteurs
généraux.
1.1. La reconnaissance par les éliciteurs généraux
Un éliciteur est une molécule capable d’induire au moins une des réponses typiques de
défense, comme la synthèse de phytoalexines, cela en l’absence de toute infection (Blumwald et
al., 1998 ; Dixon et al., 1994 ; Hahn, 1996). La caractéristique principale des éliciteurs généraux est
qu’ils ne reproduisent pas la spécificité de reconnaissance gène pour gène (Keen, 1990, 1992). Ils
sont produits soit par les agents pathogènes (éliciteurs exogènes) ou des plantes (éliciteurs
endogènes) (Figure 2). Ils sont de nature polysaccharidique, lipidique, ou (glyco) protéique
(Benhamou, 1996 ; Boller, 1995 ; Côté et Hahn, 1994 ; Ebel et Mithöfer, 1998 ; Hahn, 1996).

Figure 2 : La reconnaissance par les éliciteurs généraux
PG : phosphatidylglycérol ; PGPI : Plant Growth Promoting Bacteria ;
HRGPs : Hydroxyprolin-rich GlycoProtein.
8

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