Propriétés électrostatiques et structurales des protéines diffractant à haute résolution, Electrostatic and structural properties of proteins diffracting at high resolution

Dorothée Liebschner

Description

Sous la direction de Claude Lecomte, Benoît Guillot
Thèse soutenue le 10 novembre 2010: Nancy 1
Cette étude est consacrée à l'analyse des propriétés électrostatiques et structurales des protéines diffractant à haute résolution. Les travaux se déclinent en deux aspects principaux qui sont, d'une part, l'analyse d'un point de vue fondamental des propriétés dérivées de leur distribution de charge des structures des protéines, et, d'autre part, l'application pratique des méthodes de la cristallographie haute résolution des macromolécules à deux enzymes.Grâce à une analyse structurale et électrostatique de la protéine PfluDING, le mode de fixation du phosphate a été mis en évidence à deux pH différents. En particulier, cette étude a permis de démontrer la présence d'une liaison hydrogène diffuse assurant un mode de fixation identique quelque soit le pH. La seconde enzyme étudiée est la protéine DFPase, capable de dégrader les organophosphorés. La structure de la DFPase obtenue par diffraction X haute résolution et la structure affinée contre des données neutroniques ont été comparées. L'analyse pointe les différences d'interprétation des deux modèles, et permet de proposer un nouveau mécanisme d'action.Les aspects plus fondamentaux de cette étude portent sur les éléments de structure secondaire des protéines : leurs propriétés électrostatiques en termes de moments électriques (moments dipolaires et quadripolaires des hélices et des feuillets), et le réseau des interactions (dont les liaisons H) assurant la cohésion des hélices ont été analysés. Il a été démontré comment certaines interactions entre liaisons peptidiques au sein d'hélices, classiquement représentées comme des liaisons hydrogène, devaient être considérés comme des contacts purement électrostatiques
-Cristallographie
-Protéines analyse
-Protéines conformation
-Moments dipolaires
-Moments quadrupolaires
This study is about the electrostatic and structural properties of proteins diffracting at high X-ray resolution. Two different aspects are tackled which are 1) the analysis of properties derived from their charge distribution, parting from a fundamental point of view and 2) the application of methods used in high resolution macromolecular crystallography to two enzymes of major interest.After the analysis of the structure and electrostatic properties of PfluDING protein, the binding mode of a phosphate ion, located in the active site, was elucidated at two different pH values. Particularly, this study demonstrates that a diffuse hydrogen bond assures the protonation state of the phosphate ion, which is thus identical at each pH value. The second enzyme studied is the proteine DFPase which is capable of hydrolysing nerve agents. A high resolution X-ray structure and a medium resolution neutron structure where compared. The analysis points out the differences between the two models and a new catalytic mechanism could be proposed.The more fundamental aspects of this study are about the secondary structural elements of proteins: their electrostatic properties in terms of electrostatic moments (dipole and quadrupole moments of helices and sheets) as well as the hydrogen bond network assuring the cohesion of helices have been analyzed. It has been shown that certain interactions between peptide units within helices, represented usually as hydrogen bonds, should actually be considered as pure electrostatic contacts
Source: http://www.theses.fr/2010NAN10085/document

Sujets

• Cristallographie

Informations

• Publié par: Thesee
• Nombre de lectures: 55
• Langue: Français
• Poids de l'ouvrage: 5 Mo

Extrait

AVERTISSEMENT

Ce document est le fruit d'un long travail approuvé par le
jury de soutenance et mis à disposition de l'ensemble de la
communauté universitaire élargie.

Il est soumis à la propriété intellectuelle de l'auteur. Ceci
implique une obligation de citation et de référencement lors
de l’utilisation de ce document.

D’autre part, toute contrefaçon, plagiat, reproduction
illicite encourt une poursuite pénale.


➢ Contact SCD Nancy 1 : [e-mail]




LIENS


Code de la Propriété Intellectuelle. articles L 122. 4
Code de la Propriété Intellectuelle. articles L 335.2- L 335.10
http://www.cfcopies.com/V2/leg/leg_droi.php
http://www.culture.gouv.fr/culture/infos-pratiques/droits/protection.htm Na ney-Un iversité 2.
'\ . C l '"l' tioo
Cristallographie, Résonance Magnétique et Mode 1S<l s
2
2
2
UnHenriDoPioincar?,GuillotNancyl'UnivUnivtitreersit?E.envsciencesUHPphdeysiquesd?lisationsparTh?seDorotheeAClaudiaB.LIEBSCHNERtePropri?t?sX?lectrostatiqueseetMa?trestructuralesUnivdesUnivprot?inesR?sonancediractand?lisationtp??caniquehauteSCIENCESr?solution:Th?seE.dirig?heeLecopPPB,arPDr.Professeur,Beno?tersit?GUILLM?diterran?eOTUnivetconf?rences,PrUHP.Professeur,CUHPlLabadeuetdeeL7036)El'obtenCOtMMat?riauxTEnergieETECHNOLOGIESsoutenTEuExaminateurseN.leGhermani10Chabri?renoBercvB.emC.brem2010Professeur,Pr?sidenUnitersit?duarisJuryI:AFMB,Piv.dGoudeaulaDirecteurProfesseur,deNancyRecersit?hercdeheCRMCNRS,,UnivNancyersit?ersit?deCRMP,oitiersNancyRappersit?orteursorato:reA.Cristallographie,PMagn?tiqueoModjarnGroupyMoersit?(CRM,D.UMRDodecteurdutionDirecteurourde?eRecpr?senherc(EMMA)he,etIGBMC,MStrasbctoraleourgEcoleProfesseur,ETPCI,DESNamCULurF(Belgique)Vercauteren2VincenA3matfamilleAc"oincar?Sciencneefran?aisisoffacts,e.justphasandhousesleariseessarilymadeHenriof912),stones,etsohouseisasciencolectionmadefactsofnotfactsc;sciencbut"aPpile(1824-1ofmath?maticien,stonesysicienisphilosophenot4a2
2
leursanNancyt-propctorospuCetteduth?secacteur?t?m'adirig?peL'Herbier,pothearcMonsieurquestions,ClaudelieLeteJecjeodiscussionsmemertedesquiBerm'aouracdecueildiplieetaurlabeorjuilatoiraveecierCRMexpvesdansourl'?nnequip?eChristian"M?tolermod?lisation".?tudiantsJeemertiensr?la,luidesexprimermatouted'int?maoutinesrquadrupedecPouronnaissanceeemercYvesarailourmc'juiladepchniquesermistiensl'opplaumeortuni?rdebiod?ciercatoirouvrirdiscussionslaarcristalemerloVgretaphieEspinosaettueuseslasonmood?lisationtrdesgalementpr?ot?ines.on?JeTDtiensJe?olrost-doemerChasan,ciergnieszka,pParthaprarticuli?roementessantesMonsieur?sencBeno?tarticulier,GuilEliaslotnotionsquilesaermettantencleadre?e,des?jourpravril?sdiscussionscpeourtrlaavailvivement.depuisciemondirMasterlab2.oiJ'aiBpuacapprsein?institutioncier2008ses2009.qualit?sga-p?rienc?lesdagopuricgiquesclonage.etrlagalementrdichesseealiserdeesses?cronnalesislabsanCRMconseils,esleurtoutEnaulierlong?deMadamecetesRtrleuroissympans.sieurIlourafrsu?orienterpmes?rgicielesoncherourchesMesauxvontbMonsieuronsliertmomentsdameetm'ontildeaourtoujoursinformatique?t?endispennoniblemespguesouroud'inancienstecnastien,sand,esIsabetu-FrSlavomir,a-ettionnelplesidiscussions.leurIlantem'ap?t?En?discussionsgalemedenpterd'unechimieaidechi-prsous-r?pcieusedepalculerourmomentlaolairret?olairalisationlorsdesonc?eenmanuscrit.2009.JelesluifructueusesexprsaimeatienciciptoutemesmajerreciecJeonnaiemersMonsieursancBourne,e.eJedusouhaiteorvivementtrremerAFMcierpMonsieurm'avoirEriccueilChabri?rauedequiettem'aenintrletoetduitlet?J'ailaycristalgnerlol'expgreaphiecdesteprdeot?inesationetduquiJem'a?encemeradr??GuileGottharpquiendaid?ant?mon?stagelesde?riencMasterde1chimieetl'AFMB.Mastersouhaite2.emerM?mestousaprmembr?sdusonord?peApartourdecNancy,lesiletm'aencguid?agement.epaveticuc,detiensnombrreuxciercAonseilsClausseetMadamediscusal?riesionichaletsour.aideJeleurrathie,emerMon-cieEnriquelesprdesascientiquesppucorteursetdeMonsieurcJelschetteourth?seaideMonsieurl'utilisationAlolbMoPrertoetPoint?rdjarnypetmonMon-avail.sieurrDanciementsiel?V?erGuilcMulauteretenMa-d'avoirBrigitteacquiccept?l'enseignementdeleursjugerpmondesmanuscritenetetpTPourphysique.l'int?rsouhaite?trqu'ilscierontcpl?ort?do?antsmonptrcs,avail.ouMer?cients,?S?bgalementMouts?,auxtrautrAesMariya,membrelesRduen,juryatim,:DorMon-asieurMaqsoNour-EddinedGhermaniouretdiscussionsMonsieurnt?rPhilippeteencGoudeageau.prJeesouhaiteendantrth?se.epmerlescieretMadameonseilsNouzhaMikaelBouhmaidam'ontquiermism'agraid?lesede?etrbio?5aliseronnesmiemilquientmeth?semanquaientrenainsitantcquedephysicienne.onditions,Pourcieleursncencmaour6agementsetteetdansleurbassistanccejemoremeraleVincquiAm'ontelpqueermisfa-dele.faire
310

.In.troeduction38112.4I2.5Rapp.els.th?oriques.15.1etLes.prot?inesT17.1.13.1Intrtrstructureo.duction..28.......La...?lectronique.36...M?tho...D?...2.3.......la.....d?le.t.mo..........17ELMAM1.2.La.structurelades.prot?ines..p.....ts.des.n.....des...43...facteur.............d?les17?l1.3.Motifs.de.structure.secondaireLe.l'atome.a...2.4.2.de.ens.......t.........32.de....19.1.3.1.H?35liceologiemati?rest.........Calcul.tiel.........I.39.de.ts.d'un.?lectrostatique.......43.i.ts.s......19.1.3.224H?Lelicededes.able....................26.Mo.de.densit?.ectronique.................2.4.1.mo.de21ind?p1.3.3ndFneuillet(IAM)T......28.Le.d?le.Hansen.Copp.............30.L'anemen.cristallographique...................2.6.banque22donn?es2.La.diraction.des.ra.y.ons.X.24.2.12.7Inoptrdeodensiduction?.................2.8.du.oten.?lectrostatique.................I.Momen.?lectrostatiques.3.des.calcul.momen.4324Calcul2.2momePrincipte.de.l'exp.?rience..........3.1.1.n.tion.momen.?lec.ostatique...........7.