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1/16ContexteetojbceitDfsercpiitdeonm´lahoetApdecilpoitaa`sngsedesteraphpplistsAnoa`acitarhpedgsteindesnsioctraorpertneCsenie´tnnolcsuoi
Journ´eesurlepartitionnementdegraphes,27mars2009
(1) Orange Labs FT R&D (2)T´el´ecomParisTech
LucileBelgacem-Denœud(1),Ir`eneCharon,OlivierHudry(2)
Applicationdupartitionnementdegraphesa` l´etudedesgraphesdinteractionsentre prot´eines
t´eieproonclnesCnsuoi
5
Conclusion
4
Application`adesgraphesdinteractionsentreprot´eines
3
Applications`adesgraphestests
Descriptiondelame´thode
2
Contexte et objectif
1
Plan
toeeecbjon6Cxtte1/2deAppliclam´ethopiitnoeditDfsercticalippsAstteeshpargseda`snoitaentrionsractintesedarhpedgsnoa`
Mod´elisation ´ Modelisation:Onconsid`ereungrapheG= (X,E)ononirne´teet nonpond´er´e. Objectif :nerasnsedsnaeˆetstemeertve´neniddeceonszdees Glass:ctionicaate´ipmenonteetnetl`mpcoe.
Proble´matiquebiologique Objectif :comprendre les processus cellulaires par lannotationdesprote´inesdefonctionsinconnues. Hypothe`se:reonto´mberienuesqudieounxtpdetrusixtnreca communsparticipent`aunemeˆmefonctioncellulaire.
Contexte et objectif
jbotitceetnoeetxontiladeesfDipcr3/16Cgsara`eddnihpsesApptesttionlicaeda`snoisehpargsdehoetm´aticplApion´torenienoCssulcrateioctennseptr
cejboteetxetnoC6/14lpciedpAteohal´mondeiptiescrtifDniousie´torpelcnoCsenteessAstlippticaoitaa`sngsedhparinteractionsentrnoa`edgsarhpsed
3:Extensionempi´etantedesclasses suivantuncrite`resurlaqualit´edesclassesobtenues.
Descriptiondelam´ethode
2:Am´eliorationdesnoyauxdesclasses paruneme´thodedetypenue´esdynamiques.
Lesnoyauxfournisparles´etapes1et2sontdisjoints.
1:De´terminationdesnoyauxinitiauxdesclasses aumoyendunefonctiondedensite´localede´niesurlessommets du graphe.
Lame´thodesed´erouleentroise´tapes:
es(De2)Tisinagedadsnelov´rmeyoneaginesedlensisvolgnaadsedxuairteslevsdanˆetedarategcrneP)uoD(3esplengiatrdeuxTa)4eD(sedeganisiosedfitalgeD)1eD(re´egrDes(eDte)0eD,s)s(uDo`´eed(sDeDe)neis´tleisngledaennesurtocalemoynseL.ehpargeltuompcoestlonxsauoyexdsnoenetcssonainduaphes-grusoud´on´eerrlpaegedre´rtaleD(fiD=5ee1×De3)Cr´eationednsyouaixinituaels´Onx:neontiecemmossel´viuqsstent:eritoutpourtesosmmniedovsi
des noyaux initiaux ladensit´eauvoisinagedun
´ Etape 1 Onde´nit sommets
:D´etermination unefonctione´valuant du graphe :
me´thode
Applicationsa`des graphes tests
Conclusion
Contexte et objectif
tcoie´el.s
Applicationa`des graphes d’interactions entreprot´eines
nne´rlesitpaetsssomm51/6ladeontipircseD
tlesxsonosancomphp.egearyouaeLnsheapgrs-paitduinennocsetuosudsex)Deo`uDed´esigns()eDs()0teeDs(oyemneenrtsutloudaleisnele´tlacoreiiu´vstqsmoemlessonneectis´eleD,sednisiovstemmsouttourpot:enuaitnO:xuayoinixontisndeCear´ssetle´eesrlmmso
´ Etape1:D´eterminationdesnoyauxinitiaux Ond´enitunefonctione´valuantladensit´eauvoisinagedun sommetsdu graphe :
.s
Degr´erelatifdes(De1) Degr´emoyendanslevoisinagedes(De2) Taux de triangles dans le voisinage des(De3) Pourcentagedarˆetesdanslevoisinagedes(De4) Tauxdetrianglespond´er´eparledegr´erelatif (De5=De1×De3)
oitce´nncalippsAstteesphargseda`snoitaciApplhodem´etdelaitnorcpiDfseceitusclnioenienoCspert´torctionsendinteragsarhpseitnoa`edC61/etnoeetxjbot5
lednoitpdohte´macalippeAads`ontipaehsergstpAtsseatioplicesgrn`ad/561oCtnxeet
Cre´ationdesnoyauxinitiaux: Onse´lectionnelessommetssviuqnteri´e:
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Degr´erelatifdes(De1) Degr´emoyendanslevoisinagedes(De2) Taux de triangles dans le voisinage des(De3) Pourcentagedareˆtesdanslevoisinagedes(De4) Tauxdetrianglesponde´re´parledegr´erelatif (De5=De1×De3)
j
ou`Deolacelomeynnserutoutlegraphe.´digeslanensde´eit
e
Les noyaux sont les composantes connexes du sous-graphe induit parlessommetss´electionne´s.
c
pour tout sommet s’ voisin de s,De(s)De(s0)etDe(s)De
tifDescriaphedugr:deunigaemstsnmouae´siovedaltisnalevntuactonn´iontinufeuaOxdne´auxinitiondesnoyitanimrete´D:1epta´EonsiluncCoese´nirptotnernoesactintersdiaphe