Caractérisation des sites d'insertion du transposon mariner Mos 1, Mariner Mos1 insertion sites characterisation

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Sous la direction de Yves Bigot
Thèse soutenue le 07 mai 2009: Tours
L’élément mariner Mos1 est un élément mobile de classe II, sans spécificité d’insertion évidente, hormis un dinucléotide TA dupliqué lors de l’insertion. Pourtant, des travaux antérieurs révèlent l’existence de deux sites préférentiels d’insertion : le gène bactérien cat, codant une chloramphénicol acétyl-transférase et le locus du rDNA chez Caenorhabditis elegans. Le premier objectif de ce travail a été d’évaluer l’attractivité du gène cat dans différents contextes plasmidiques et chromosomiques, par des tests in vitro et en bactéries. Le second objectif était de faire le point sur les sites d’insertions de l’élément Mos1 à partir des données disponibles in vitro et in vivo. Une analyse statistique a révélé que l’insertion de Mos1 était préférentiellement ciblée dans des TA regroupés en motifs TATA ou TAxTA, ou localisés dans des régions riches en AT. Pour finir, le gène cat a servi de modèle pour déterminer que, si la courbure et la flexibilité de l’ADN n’expliquaient pas l’attractivité des sites préférentiels, la sélection du site d’insertion de Mos1 était dépendante de l’hélicité de la cible et que l’intervention de facteurs protéiques codés par l’hôte n’est pas à exclure.
-Mos1
-Mariner Mos1
The mariner Mos1 element is a class-II transposable element with no obvious insertion specificity, without TA dinucléotide duplicated during transposition. However, two insertion hotspots were previously suspected: the bacterial cat gene, encoding a chloramphenicol acetyl-transferase, and rDNA locus in Caenorhabditis elegans. In a first time, this work aims at investigate the cat gene attractiveness in different plasmidic or chromosomic supports, using in vitro and in bacteria assays. Secondly, we aims at synthesize what is known about Mos1 insertion sites in vitro and in vivo. Statistical analyzes showed that Mos1 insertions preferentially occurred in TA dinucléotides clusterred in TATA or TAxTA, or located in AT-rich regions. Hotspots attractiveness could not be related with DNA curvature or bendability, but supercoiling is essential for the cat gene to be a hotspot. The cat gene was used as a model to determine that influence of host proteic factor in integration target selection could not be excluded.
Source: http://www.theses.fr/2009TOUR4036/document
Publié le : lundi 31 octobre 2011
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