Modélisation et vérification des réseaux de Petri hybrides temporisés : application à la métamorphose amphibienne, Modeling and verification of timed hybrid Petri nets : application to amphibian metamorphosis

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Sous la direction de Gilles Bernot
Thèse soutenue le 12 septembre 2008: Evry-Val d'Essonne
Le formalisme des réseaux de Petri hybrides fonctionnels, notés HFPN pour Hybrid Functional Petri Nets en anglais, a démontré sa capacité à simuler les systèmes biologiques. L’inconvénient d’un formalisme aussi expressif est la difficulté d’exécuter des vérifications de propriétés dynamiques. Dans cette thèse, nous proposons une procédure de model-checking pour les réseaux de Petri hybrides temporisés, notés THPN pour Timed Hybrid Petri Nets en anglais, une sous-classe des HFPN. Cette procédure est basée sur la traduction du modèle THPN et de la propriété étudiée en automates temps-réel. Ceci est alors appliqué pour modéliser les régulations responsables de la métamorphose amphibienne.
-Méthodes de model-checking
The formalism of Hybrid Functional Petri Nets (HFPN) has proved its convenience for simulating biological systems. The drawback of the noticeable expressiveness of HFPN is the difficulty to perform formal verifications of dynamical properties. In this thesis, we propose a model-checking procedure for Timed Hybrid Petri Nets (THPN), a sub-class of HFPN. This procedure is based on the translation of the THPN model and of the studied property into real-time automata. It is applied to model regulations responsible for amphibian metamorphosis.
-Model-checking methods
Source: http://www.theses.fr/2008EVRY0013/document
Publié le : mardi 25 octobre 2011
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.
.
.
.
.
.
104
.
Etude
.

.
de
91
nature
5.1.1
hormones
Le
yro?diennes
X?nop
.
e
.
:
.
mo
106
d?le
V
?tudi?
un
.
e
.
in
.
o
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
5.4
.
tation
.
mo
.
?
.
donn?es
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
91
5.4.1
5.1.2
texte
M?tamorphose
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
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.
.
.
.
.
.
.
5.4.2
.
des
.
d?les
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
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.
109
.
Analyse
92
des
5.1.3
d?les
Les
.
hormones
.
th
.
yro?diennes
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
6
.
param?trique
.
6.1
.
ation
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
92
.
5.1.4
.
Probl?matique
.
.
.
.
.
.
.
.
6.2
.
param?trique
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
118
.
Graphe
.
olution
.
b
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
96
.
5.2
.
Comp
.
?tition
.
enzymatique
.
.
.
.
120
.
Obten
.
des
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
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.
.
.
.
.
.
.
.
.
121
.
Obten
.
des
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
97
.
5.2.1
.
Rapp
.
els
.
.
124
.
Algorithme
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
126
.
T
.
t
.

.
tes
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
97
127
5.2.2
Exemples
Discussion
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
6.3.6
.
du
.
d'?v
.
sym
.
olique
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
132
.
Mo
.

.
param?trique
.
.
.
.
98
.
5.3
.
Mo
.
d?les
.
ap
.
optose
.
versus
.
prolif?ration
.
.
.
.
.
.
134
.
Automates
.
en
.

.
param?triques
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
6.4.2
.
v
.
du
.
d'?v
.
sym
.
olique
99
automate
5.3.1
.
Construction
.
des
137
mo
d?les.
T
153
able
.
des
6.5
ma
.
ti?res
.
6.4.3
.
T
.
ransformation
.
en
Bilan
un
.
sp-ECA
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
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.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
139
.
6.4.4
.
Construction
.
de
.
l'automate
148
asso
.

.
?
.
la
.
propri?t?
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
155
.
.
.
.
.
.
.
.
141
.
6.4.5
.
Pro
142
duit
Propri?t?s
des
.
deux
.
automates
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
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.
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.
.
.
.
.
.
.
.
6.6
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
141
.
6.4.6
.
D?termination
.
du
.
vide
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
Conclusion
.
9
.

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