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Au cours de ces deux dernières années, la plate-forme de protéo

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Pôle Protéome de MontpellierPlate-forme de Protéomique FonctionelleCharte des bonnes pratiques des utilisateurs de la Plate-forme de Protéomique Fonctionnelle1. Les missions de la plate-forme Au cours de ces dernières années, la plate-forme de protéomique fonctionnelle de l’IFR 3 s’estdonné pour mission de contribuer à la réalisation de grands programmes scientifiques dans lesdomaines de la biologie cellulaire et de la santé, en partenariat avec vous, acteurs régionaux de larecherche publique et des entreprises de biotechnologie.Cette ambition a nécessité le déploiement de moyens technologiques adaptés à la purific ationde protéines et leur identification, principalement par spectrométrie de masse. Cette plate-for me,reconnue et labellisée plate-forme IBiSA en association avec la Plate-forme SupAgro (UR 1199 INRA), a pour vocation d’accueillir des programmes en protéomique, au bénéfice de nom breuxpartenaires du secteur public comme du secteur privé, au plan régional et au delà pour desprogrammes nationaux et européens. Afin de pleinement souscrire aux critères d’assurance qualité des plates-formes IBiSlaA , Plate-forme de Protéomique Fonctionnelle est engagée dans un processus de certification ISO9001-2000 pour lequel nous avons défini une politique qua , lictoncé rétisée par des objectifs qui ser ontévalués périodiquement. Ces objectifs concerne n:t • la mise à disposition des moyens nécessaires à l’obtention de la qualité des ana ...
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Pôle Protéome de Montpellier
Plate-forme de Protéomique Fonctionelle
Charte des bonnes pratiques des utilisateurs de la
Plate-forme de Protéomique Fonctionnelle
1. Les missions de la plate-forme
Au cours de ces dernières années, la plate-forme de protéomique fonctionnelle de l’IFR3 s’est
donné pour mission de contribuer à la réalisation de grands programmes scientifiques dans les
domaines de la biologie cellulaire et de la santé, en partenariat avec vous, acteurs régionaux de la
recherche publique et des entreprises de biotechnologie.
Cette ambition a nécessité le déploiement de moyens technologiques adaptés à la purification
de protéines et leur identification, principalement par spectrométrie de masse. Cette plate-forme,
reconnue et labellisée plate-forme IBiSA en association avec la Plate-forme SupAgro (UR 1199
INRA), a pour vocation d’accueillir des programmes en protéomique, au bénéfice de nombreux
partenaires du secteur public comme du secteur privé, au plan régional et au delà pour des
programmes nationaux et européens.
Afin de pleinement souscrire aux critères d’assurance qualité des plates-formes IBiSA, la
Plate-forme de Protéomique Fonctionnelle est engagée dans un processus de certification ISO
9001-2000 pour lequel nous avons défini une politique qualité, concrétisée par des objectifs qui seront
évalués périodiquement. Ces objectifs concernent :
la mise à disposition des moyens nécessaires à l’obtention de la qualité des analyses
(infrastructure, informatique, maintenance, formation),
la maîtrise d’engagements contractuels sur les programmes,
la traçabilité des expériences et des résultats,
les mesures de confidentialité.
2. Le processus analytique
La mise en place de ces normes qualité impose de mieux définir les différentes étapes de
l’analyse protéomique et en particulier les modalités de prise en charge des échantillons. Une nouvelle
gestion des programmes est nécessaire afin de donner satisfaction à vos demandes.
Un programme en protéomique se décline à partir de ces différentes étapes :
définir le projet biologique et la pertinence d’une approche protéomique pour réaliser ce projet
et en évaluer le niveau d’investissement humain et financier.
préciser la démarche méthodologique suivie pour la préparation d’échantillons analysables en
spectrométrie de masse.
assurer la réalisation technique des différentes étapes d’analyse.
réaliser une évaluation critique des résultats et de leur pertinence par rapport au projet initial.
Le bon déroulement de ces différentes étapes impose un réel rapport collaboratif entre les
différents acteurs impliqués pour la conception et la réalisation du projet qui devra répondre aux
exigences décrites ci-après. Ce cycle est ouvert à chacune de ses étapes pour d’éventuels retours ou
modifications de l’une de ces étapes.
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3. Cahier des charges pour la réalisation d’un programme en
protéomique
3. 1. La place de la protéomique dans l’avancement du projet biologique :
La mise en place de la collaboration scientifique se fait nécessairement par une prise de
contact entre, d’une part, le porteur et les acteurs principaux du projet (demandeur)* et, d'autre part,
les personnels concernés de la plate-forme.
Cette évaluation préalable se traduit par un compte-rendu de réunion soumis à l'approbation
des demandeurs. Une fiche projet est à remplir par les demandeurs (
http://rhea.igf.cnrs.fr/cgi-
bin/proteomic/project.cgi
). Ces documents, indispensables à la poursuite du processus, incluent les
items suivants :
responsable scientifique et laboratoire porteur du projet
personnel permanent du laboratoire garant des protocoles de préparation des échantillons
résumé et objectifs du projet
aspects techniques sur la nature et les différentes étapes de la préparation des échantillons à
analyser (préfractionnement, séparation sur gels, HPLC….)
volume et nature estimés des analyses (carte peptidique massique, analyse MS/MS,
modifications post-traductionnelles…)
calendrier prévisionnel sur la fréquence et la date de démarrage des analyses
nature et hauteur du financement
communication et valorisation des résultats
*
Il est vivement recommandé que les porteurs de projet aient pu préalablement bénéficier de toute l’information
nécessaire sur les approches protéomiques, notamment à travers de formations régulièrement dispensées par les
organismes publics de recherche.
3.2. La préparation des échantillons
La réalisation des différentes étapes de préparation des échantillons à analyser est laissée à la
charge du laboratoire demandeur.
Il est demandé qu’un membre du laboratoire demandeur puisse être formé aux différentes
techniques de préparation (chercheur, ingénieur, étudiant en thèse, post-doc, à l’exclusion des
étudiants en stage de moins de 6 mois) :
pré-fractionnement préalable de l’échantillon biologique
extraction des protéines et solubilisation
pré-purification (gels d’électrophorèse 1D ou 2D ; chromatographie)
visualisation et prélèvement des échantillons (coloration des gels, découpage)
digestion et dessalage
La plate-forme met en place cette formation sur son site, qui sera validée par le responsable.**
La validation de compétence permet au demandeur d’effectuer ces étapes en autonomie, soit
dans le laboratoire de la plate-forme, soit dans son propre laboratoire.
Ces différentes étapes de préparation des échantillons seront consignées par écrit par le
manipulateur dans une fiche échantillon avant leur analyse par spectrométrie de masse. Il sera
demandé aux utilisateurs de remplir tous les 6 mois un bilan des expériences de biochimie réalisées en
autonomie sur la plate-forme.
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**
Une demande de prise en charge de cette formation par les services de formation permanente des organismes
est vivement souhaitée.
3.3. L’analyse des échantillons.
Les expériences de spectrométrie de masse sont réalisées par le personnel compétent de la
plate-forme qui assure une traçabilité des expériences.
Un complément d’analyse et une réévaluation des données de spectrométrie de masse sont
souvent indispensables pour assurer une fiabilité dans l’identification ultérieure par les moyens bio-
informatiques de la plate-forme. Ces travaux complémentaires ne seront réalisés qu’après accord du
demandeur conclu au cours d’une réunion d’avancement de projet.
3.4. Communication et valorisation des résultats.
Le traitement des données de la spectrométrie de masse et les analyses bio-informatiques sont
réalisées par le personnel de la plate-forme. Des ressources bio-informatiques et les moyens
informatiques de la plate-forme peuvent également être mis à disposition des demandeurs pour
certains traitements, après formation validée selon le protocole présenté au paragraphe 3.2.
L’ensemble des résultats est mis à la disposition du porteur de projet sur support informatisé
selon les conditions définies dans la fche projet.
L’analyse de la pertinence des informations obtenues et les conclusions biologiques de l’étude
sont examinées au cours de réunions d’avancement de projet.
Il est demandé que les travaux effectués sur la plate-forme qui seront valorisés par une
publication, une communication orale ou par affiche incluent au moins une personne de la plate-forme
comme co-auteur après concertation entre les participants du projet.
3. 5. Facturation
Pour les programmes bénéficiant d’un financement par appel d’offre et qui incluent la plate-
forme en partenariat, la gestion financière, assurée par le responsable de la plate-forme, ne limitera pas
les besoins analytiques.
Pour les autres programmes, un devis estimatif pour un ensemble de prestations sur un moyen
terme (de 4 à 12 mois) sera établi et pourra être réévalué en fonction des travaux effectués. La prise en
charge des échantillons par la plate-forme est soumise au dépôt d’un bon de commande édité par le
laboratoire demandeur.
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