Au cours de ces deux dernières années, la plate-forme de protéo

Patrick Jouin

Description

Pôle Protéome de MontpellierPlate-forme de Protéomique FonctionelleCharte des bonnes pratiques des utilisateurs de la Plate-forme de Protéomique Fonctionnelle1. Les missions de la plate-forme Au cours de ces dernières années, la plate-forme de protéomique fonctionnelle de l’IFR 3 s’estdonné pour mission de contribuer à la réalisation de grands programmes scientifiques dans lesdomaines de la biologie cellulaire et de la santé, en partenariat avec vous, acteurs régionaux de larecherche publique et des entreprises de biotechnologie.Cette ambition a nécessité le déploiement de moyens technologiques adaptés à la purific ationde protéines et leur identification, principalement par spectrométrie de masse. Cette plate-for me,reconnue et labellisée plate-forme IBiSA en association avec la Plate-forme SupAgro (UR 1199 INRA), a pour vocation d’accueillir des programmes en protéomique, au bénéfice de nom breuxpartenaires du secteur public comme du secteur privé, au plan régional et au delà pour desprogrammes nationaux et européens. Afin de pleinement souscrire aux critères d’assurance qualité des plates-formes IBiSlaA , Plate-forme de Protéomique Fonctionnelle est engagée dans un processus de certification ISO9001-2000 pour lequel nous avons défini une politique qua , lictoncé rétisée par des objectifs qui ser ontévalués périodiquement. Ces objectifs concerne n:t • la mise à disposition des moyens nécessaires à l’obtention de la qualité des ana ...

Informations

• Publié par: Unfo
• Nombre de lectures: 66
• Langue: Français

Extrait

Pôle Protéome de Montpellier

Plate-forme de Protéomique Fonctionelle

Charte des bonnes pratiques des utilisateurs de la

Plate-forme de Protéomique Fonctionnelle

1. Les missions de la plate-forme

Au cours de ces dernières années, la plate-forme de protéomique fonctionnelle de l’IFR3 s’est

donné pour mission de contribuer à la réalisation de grands programmes scientifiques dans les

domaines de la biologie cellulaire et de la santé, en partenariat avec vous, acteurs régionaux de la

recherche publique et des entreprises de biotechnologie.

Cette ambition a nécessité le déploiement de moyens technologiques adaptés à la purification

de protéines et leur identification, principalement par spectrométrie de masse. Cette plate-forme,

reconnue et labellisée plate-forme IBiSA en association avec la Plate-forme SupAgro (UR 1199

INRA), a pour vocation d’accueillir des programmes en protéomique, au bénéfice de nombreux

partenaires du secteur public comme du secteur privé, au plan régional et au delà pour des

programmes nationaux et européens.

Afin de pleinement souscrire aux critères d’assurance qualité des plates-formes IBiSA, la

Plate-forme de Protéomique Fonctionnelle est engagée dans un processus de certification ISO

9001-2000 pour lequel nous avons défini une politique qualité, concrétisée par des objectifs qui seront

évalués périodiquement. Ces objectifs concernent :

•

la mise à disposition des moyens nécessaires à l’obtention de la qualité des analyses

(infrastructure, informatique, maintenance, formation),

•

la maîtrise d’engagements contractuels sur les programmes,

•

la traçabilité des expériences et des résultats,

•

les mesures de confidentialité.

2. Le processus analytique

La mise en place de ces normes qualité impose de mieux définir les différentes étapes de

l’analyse protéomique et en particulier les modalités de prise en charge des échantillons. Une nouvelle

gestion des programmes est nécessaire afin de donner satisfaction à vos demandes.

Un programme en protéomique se décline à partir de ces différentes étapes :

•

définir le projet biologique et la pertinence d’une approche protéomique pour réaliser ce projet

et en évaluer le niveau d’investissement humain et financier.

•

préciser la démarche méthodologique suivie pour la préparation d’échantillons analysables en

spectrométrie de masse.

•

assurer la réalisation technique des différentes étapes d’analyse.

•

réaliser une évaluation critique des résultats et de leur pertinence par rapport au projet initial.

Le bon déroulement de ces différentes étapes impose un réel rapport collaboratif entre les

différents acteurs impliqués pour la conception et la réalisation du projet qui devra répondre aux

exigences décrites ci-après. Ce cycle est ouvert à chacune de ses étapes pour d’éventuels retours ou

modifications de l’une de ces étapes.

Version du 18/01/2008

1/3

Pôle Protéome de Montpellier

Plate-forme de Protéomique Fonctionelle

3. Cahier des charges pour la réalisation d’un programme en

protéomique

3. 1. La place de la protéomique dans l’avancement du projet biologique :

La mise en place de la collaboration scientifique se fait nécessairement par une prise de

contact entre, d’une part, le porteur et les acteurs principaux du projet (demandeur)* et, d'autre part,

les personnels concernés de la plate-forme.

Cette évaluation préalable se traduit par un compte-rendu de réunion soumis à l'approbation

des demandeurs. Une fiche projet est à remplir par les demandeurs (

http://rhea.igf.cnrs.fr/cgi-

bin/proteomic/project.cgi

). Ces documents, indispensables à la poursuite du processus, incluent les

items suivants :

•

responsable scientifique et laboratoire porteur du projet

•

personnel permanent du laboratoire garant des protocoles de préparation des échantillons

•

résumé et objectifs du projet

•

aspects techniques sur la nature et les différentes étapes de la préparation des échantillons à

analyser (préfractionnement, séparation sur gels, HPLC….)

•

volume et nature estimés des analyses (carte peptidique massique, analyse MS/MS,

modifications post-traductionnelles…)

•

calendrier prévisionnel sur la fréquence et la date de démarrage des analyses

•

nature et hauteur du financement

•

communication et valorisation des résultats

*

Il est vivement recommandé que les porteurs de projet aient pu préalablement bénéficier de toute l’information

nécessaire sur les approches protéomiques, notamment à travers de formations régulièrement dispensées par les

organismes publics de recherche.

3.2. La préparation des échantillons

La réalisation des différentes étapes de préparation des échantillons à analyser est laissée à la

charge du laboratoire demandeur.

Il est demandé qu’un membre du laboratoire demandeur puisse être formé aux différentes

techniques de préparation (chercheur, ingénieur, étudiant en thèse, post-doc, à l’exclusion des

étudiants en stage de moins de 6 mois) :

•

pré-fractionnement préalable de l’échantillon biologique

•

extraction des protéines et solubilisation

•

pré-purification (gels d’électrophorèse 1D ou 2D ; chromatographie)

•

visualisation et prélèvement des échantillons (coloration des gels, découpage)

•

digestion et dessalage

La plate-forme met en place cette formation sur son site, qui sera validée par le responsable.**

La validation de compétence permet au demandeur d’effectuer ces étapes en autonomie, soit

dans le laboratoire de la plate-forme, soit dans son propre laboratoire.

Ces différentes étapes de préparation des échantillons seront consignées par écrit par le

manipulateur dans une fiche échantillon avant leur analyse par spectrométrie de masse. Il sera

demandé aux utilisateurs de remplir tous les 6 mois un bilan des expériences de biochimie réalisées en

autonomie sur la plate-forme.

Version du 18/01/2008

2/3

Pôle Protéome de Montpellier

Plate-forme de Protéomique Fonctionelle

**

Une demande de prise en charge de cette formation par les services de formation permanente des organismes

est vivement souhaitée.

3.3. L’analyse des échantillons.

Les expériences de spectrométrie de masse sont réalisées par le personnel compétent de la

plate-forme qui assure une traçabilité des expériences.

Un complément d’analyse et une réévaluation des données de spectrométrie de masse sont

souvent indispensables pour assurer une fiabilité dans l’identification ultérieure par les moyens bio-

informatiques de la plate-forme. Ces travaux complémentaires ne seront réalisés qu’après accord du

demandeur conclu au cours d’une réunion d’avancement de projet.

3.4. Communication et valorisation des résultats.

Le traitement des données de la spectrométrie de masse et les analyses bio-informatiques sont

réalisées par le personnel de la plate-forme. Des ressources bio-informatiques et les moyens

informatiques de la plate-forme peuvent également être mis à disposition des demandeurs pour

certains traitements, après formation validée selon le protocole présenté au paragraphe 3.2.

L’ensemble des résultats est mis à la disposition du porteur de projet sur support informatisé

selon les conditions définies dans la fche projet.

L’analyse de la pertinence des informations obtenues et les conclusions biologiques de l’étude

sont examinées au cours de réunions d’avancement de projet.

Il est demandé que les travaux effectués sur la plate-forme qui seront valorisés par une

publication, une communication orale ou par affiche incluent au moins une personne de la plate-forme

comme co-auteur après concertation entre les participants du projet.

3. 5. Facturation

Pour les programmes bénéficiant d’un financement par appel d’offre et qui incluent la plate-

forme en partenariat, la gestion financière, assurée par le responsable de la plate-forme, ne limitera pas

les besoins analytiques.

Pour les autres programmes, un devis estimatif pour un ensemble de prestations sur un moyen

terme (de 4 à 12 mois) sera établi et pourra être réévalué en fonction des travaux effectués. La prise en

charge des échantillons par la plate-forme est soumise au dépôt d’un bon de commande édité par le

laboratoire demandeur.

Version du 18/01/2008

3/3