Les Iris de Fisher ou Comment se familiariser avec le logiciel

Description

Cours de biostatistique ./ Illustrations dans
Les Iris de Fisher
ou
Comment se familiariser avec le logiciel
A.B. Dufour, J.R. Lobry, D.Chessel
3 mars 2008
Installation d’un raccourci dans son espace de travail Le chier de
donnees iris. Representation des especes d’Iris.
Table des matieres
1 Introduction 2
2 Installation d’un raccourci dans son espace de travail 3
3 Consignes 4
4 Fichier de donnees : iris 4
5 Representation des especes d’Iris 5
6 Representation de la longueur du petale 9
7 Representation de la longueur et de la largeur du petale 11
8 Representation de la longueur du petale selon les di erentes
especes 13
9 Pour aller plus loin . . . 14
References 17
1A.B. Dufour, J.R. Lobry, D.Chessel
1 Introduction
est un logiciel de calcul statistique distribue selon la licence GNU General
Public License. La version actuellement disponible sur le campus est la version
2.1.0. La derniere version 2.2.0 est disponible dans les archives du reseau CRAN
(Comprehensive R Archive Network) dont un des miroirs est disponible sur le
1site de l’Universite (http://cran.univ-lyon1.fr/) . La version utilisee pour
executer les exemples de ce document est donnee en pied de page.
Fig. 1 { Sir R.A. Fisher (1890-1962)
Les donnees utilisees ici sont celebres. Elles ont ete collectees par Edgar An-
derson [1]. Ce sont les mesures en centimetres des variables suivantes : longueur
du sepale (Sepal.Length), largeur du sepale (Sepal.Width), longueur du petale
(Petal.Length) et largeur du ...

Sujets

• exercice
• cours
• exercices
• cours de
• exercice de

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Extrait

Cours de biostatistique ./ Illustrations dans Les Iris de Fisher ou Comment se familiariser avec le logiciel A.B. Dufour, J.R. Lobry, D.Chessel 3 mars 2008

Installation d’un raccourci dans son espace de travail Le fichier de donn´eesiris.Repre´sentationdesesp`ecesd’Iris. Tabledesmatie`res 1 Introduction 2 2 Installation d’un raccourci dans son espace de travail 3 3 Consignes 4 4 Fichier de donnees : iris 4 ´ 5Repre´sentationdesespe`cesd’Iris5 6Repre´sentationdelalongdu´etale9 ueur p 7Repr´esentationdelalongueuretdelalargeurdup´etale11 8Representationdelalongueurdup´etaleselonlesdiff´erentes ´ ` 13 especes 9 Pour aller plus loin . . . 14 Re´f´erences17

1

A.B. Dufour, J.R. Lobry, D.Chessel 1 Introduction estunlogicieldecalculstatistiquedistribue´selonlalicence GNU General Public License . La version actuellement disponible sur le campus est la version 2.1.0.Ladernie`reversion2.2.0estdisponibledanslesarchivesdur´eseauCRAN (Comprehensive R Archive Network) dont un des miroirs est disponible sur le sitedel’Universit´e( http://cran.univ-lyon1.fr/ ) 1 .Laversionutilis´eepour exe´cuterlesexemplesdecedocumentestdonne´eenpieddepage.

Fig. 1 – Sir R.A. Fisher (1890-1962)

Lesdonne´esutilis´eesicisontc´el`ebres.Ellesont´et´ecollect´eesparEdgarAn- derson[1].Cesontlesmesuresencentim`etresdesvariablessuivantes:longueur dus´epale( Sepal.Length ),largeurduse´pale( Sepal.Width ),longueurdupe´tale ( Petal.Length )etlargeurdupe´tale( Petal.Width )pourtroisespe`cesd’iris: Iris setosa, I. versicolor et I. virginica . SirR.A.Fisherautilise´cesdonn´eespourconstruiredescombinaisonsli- ne´airesdesvariablespermettantdes´epareraumieuxlestroisespe`cesd’iris[2].

Fig. 2 – I.setosa, I.versicolor, I.Virginica 1 La liste de tous les miroirs est ici : http://cran.r-project.org/mirrors.html

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Fig. 3 – Description d’une fleur

2 Installation d’un raccourci dans son espace de travail SivouseˆtesdansunesalledeTPdel’Universit´e,normalementvoustrouvez surlebureauunraccourciquilanceleprogrammea`partird’unserveur.Copiez ce raccourci dans votre espace de travail. Si vous ne voyez pas de raccourci de surlebureau,d´eroulezlemenuD´emarrer,cherchezetavecunclicdroit s´electionnez”Cre´erunraccourci”.Recopiezceraccourcidansvotreespacede travail. Puis avec le clic droit de la souris, aller dans Proprie´t´es et remplacer dans la partie D´emarrerdans l’informationexistanteparlechemind’acce`sa` votre dossier de travail. Lesobjetscr´e´eslorsdelasessionsontenregistr´esdansunfichierintitule´ .RData situe´dansledossierdetravail.L’historiquedelasessionestconserv´ee dans un fichier .Rhistory . Les fichiers .RData s’ouvrent directement dans parundouble-clicouparglisser-de´posersurleraccourci.Lesfichiers .Rhistory

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s’ouvrentdirectementavecl’e´diteurdetextedevotrechoix. Lancezleprogrammeetv´erifiezledossierdetravail: getwd() [1] "D:\\Nicolas\Exo1" L’exemple montre que le dossier de travail s’appelle Exo1 . Il se trouve dans le dossier Nicolas quiluimˆemesetrouvedanslere´pertoiredese´tudiants.Les commandessonte´critesenrouge,lesr´eponsesapparaissentenbleue. 3 Consignes Lamanie`relaplussimplepoursefamiliariseravecestdel’utiliserafin decomprendreunjeudedonne´esparticulier.Consid´eronsdonclesdonne´es provenantdesirisdeFisher,donne´essurlesquellesvouspouvezavoirenviede faireuneanalyse...dedonn´ees.Suivezpasa`paslese´tapesdelasessionci- dessousetvoyezcequisepasse.Faiteslesexercicespropose´setn’he´sitezpas`a utiliser l’aide en ligne de . Si vous voulez par exemple connaˆıtre le contenu de la fonction hist , il vous suffit de taper la commande ?hist . Vous ne comprendrez peut-ˆetrepastouslesde´tailsmaislameilleurechose`afaireestdetaperlecode etdevoirler´esultatproduit. Soyez curieux . Le symbole > setrouvea`chaqued´ebutdelignedecommandes(appele´ prompt, ou invite de commande). Le symbole <-est le symbole d’affectation. Le symbole # signifieled´ebutd’uncommentaire. Lorsquevoustravaillezsous,ilpeutˆetreinte´ressantdeconserverles re´sultatsetlesgraphiquesdevosanalyses.Leplussimple,dansunpremier temps,estdelesenregistrerdansundocumentworda`l’aideducopier/coller. Pourcefaire,allezdanslemenu”File”,s´electionnez”Copytotheclipboard” ”asaBitmap”.Notezquelesgraphespeuventˆetrer´eduitsouagrandissans deformation. ´ 4Fichierdedonn´ees: iris estunensembledebiblioth`equesdefonctionsappel´ees”packages”.Chaque bibliothe`quecontientdesjeuxdedonne´es.Pourconnaˆıtreparexemplelesjeux dedonne´esdeladistributiondebase,entrezl’instructionsuivante: data() En voici un extrait : airmiles Passenger Miles on Commercial US Airlines (1937-1960) airquality New York Air Quality Measurements anscombe Anscombe’s Quartet of "Identical" Simple Linear Regressions attenu The Joyner-Boore Attenuation Data ... ... iris Edgar Anderson’s Iris Data ... ... USArrests Violent Crime Rates by US State USJudgeRatings Lawyers’ Ratings of State Judges in the US Superior Court USPersonalExpenditure Personal Expenditure Data uspop Populations Recorded by the US Census VADeaths Death Rates in Virginia (1940) volcano Topographic Information on Auckland’s Maunga Whau Volcano warpbreaks The Number of Breaks in Yarn during Weaving women Average Heights and Weights for American Women

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Notezlapr´esencede iris .Pouranalysercesdonne´es,ilfautleschargeren m´emoire`al’aidedel’instruction: data(iris) Ilexisted’autresproc´ed´espourchargerunjeudedonn´eesdanslelogiciel mais ce n’est pas l’objet de ce travail. Exercice. Tapezunea`unechacunedesinstructionsci-dessousetnotezlere´- sultatobtenu.Attention,lelogicieln’estpasindiffe´rentauxmajusculeset aux minuscules. iris dim(iris) names(iris) iris$Species iris$Petal.Length

5Repre´sentationdesespe`cesd’Iris Laderni`erecolonnedesdonne´es iris contientlenomdesesp`ecesre´parties entroiscate´gories:setosa,versicoloretvirginica.Pouracce´der`acelle-ci,il faut utiliser l’instruction iris$Species .Onditqueladerni`erecolonnecontient une variable qualitative a`trois modalite´s appele´es levels dans . La fonc- tion levels() applique´ea`lacolonne iris$Species donnelesmodalite´sdela variable : levels(iris$Species) [1] "setosa" "versicolor" "virginica" Pourr´esumerl’informationcontenuedanscettevariable,onutilisel’instruction summary() : summary(iris$Species) setosa versicolor virginica 50 50 50 Cetteinformationpeutˆetreobtenueenconstruisantuntableau( table() ) comp- tabilisantlenombred’individusparmodalite´.Pourcefaire,tapez: table(iris$Species) setosa versicolor virginica 50 50 50 etcomparezavecler´esultatpr´ec´edent. Lelogicielpermetder´ealiserd’excellentsgraphiques.Lorsqu’uneins- tructiongraphiqueestlance´e,unenouvellefeneˆtre” d evice” est ouverte. Les repre´sentationsgraphiquesclassiqueli´eesauxvariablesqualitativessontlare- pr´esentationensecteursoucamembert( pie() ),larepr´esentationenbaˆtons ( barplot() ),etlarepre´sentationdeCleveland( dotchart() ). Entrez les ins- tructions suivantes : pie(table(iris$Species))

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