Whole Genome Comparisons Fragment Chaining Chaining with Overlaps Conclusion

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Eric Rivals

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01 novembre 2009

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Whole Genome Comparisons Fragment Chaining Chaining with Overlaps Conclusion Trapezoid Graphs, Independent Sets, and Whole Genome Comparisons Raluca Uricaru, Eric Rivals LIRMM, CNRS Université de Montpellier 2 6 novembre 2009 1 / 20 Trapezoid Graphs, Independent Sets, and Whole Genome Comparisons

sequences indicating

between sequences responsible

resemblances between

comparisons

comparisons fragment

overlaps conclusion

np-complete problem

collinear anchors

genomic sequences

collinear anchors ??

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WholeGenomeComparisonsFragmentChainingChainingwithOverlapsConclusionTrapezoidGraphs,IndependentSets,andWholeGenomeComparisonsRalucaUricaru,EricRivalsLIRMM,CNRSUniversitédeMontpellier26novembre2009TrapezoidGraphs,IndependentSets,andWholeGenomeComparisons1/02

WholeGenomeComparisons1234FragmentChainingChainingwithOverlapsSummaryWholeGenomeComparisonsFragmentChainingChainingwithProportionalOverlapsConclusionConclusionTrapezoidGraphs,IndependentSets,andWholeGenomeComparisons2/02

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