Probleme pratique de statistique n° pps074 Mesurer la diversite taxonomique de l'avifaune de

Romain Bertrand

Description

Niveau: Supérieur, Master, Bac+5

• cours - matière potentielle : l' ete de chaque annee

Probleme pratique de statistique n° pps074 Mesurer la diversite taxonomique de l'avifaune de la Reserve Naturelle des Ramieres Romain Bertrand M2 Applications a la Bioevaluation des Ecosystemes et a l'Expertise de la Biodiversite - UE Pratique de l'Ecologie Statistique sous Table des matieres 1 Introduction 2 2 Donnees 2 2.1 Comptages d'oiseaux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 2.2 Taxonomie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 2.3 Objet disponible . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 3 Questions 3 References 6 http ://ramieres.val.drome.reserves- naturelles.org/images/ramivol.jpg 1

• charadriidae charadriiformes


• charadriiformes


• chlaradrius charadriidae


• diversite taxonomique de l'avifaune


• passeriformes


• pica pica


• reserve naturelle des ramieres


• corvus corvidae


• vanellus vanellus


• corone corone

Sujets

• Anatidae
• Gosselin
• Columbidae
• Bertrand
• Charadriiformes
• Passeriformes

Informations

• Publié par: rasum
• Nombre de lectures: 19
• Langue: Français

Extrait

 pps074 Probl`emepratiquedestatistiquen Mesurerladiversite´taxonomiquedel’avifaunede laRe´serveNaturelledesRamie`res

M2 Applications l’Expertise de la

RomainBertrand

a`laBio´evaluationdesEcosyste`meseta` Biodiversit´e-UEPratiquedel’Ecologie Statistique sous

Tabledesmatie`res 1 Introduction2 2Donne´es2 2.1 Comptagesd’oiseaux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .2 2.2 Taxonomie .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .3 2.3 Objetdisponible .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .3 3 Questions3 R´ef´erences6

http ://ramieres.val.drome.reserves- naturelles.org/images/ramivol.jpg

1

Romain Bertrand

1 Introduction Labiodiversit´eestuntermetr`esemploy´edepuislafinduvingti`emesi`ecle. Ilfutl’objetdenombreusesd´efinitionsquel’onpeutsynth´etisercommela re- pre´sentationdelavari´ete´quiexisteentrelesdiffe´rentescate´gories(oumeˆme `al’inte´rieurdescat´egories)d’organismesvivants,decommunaute´s,oudepro- cessusbiotiquespr´esentssurunesurfacedonne´e(M. Gosselin, B. Fady et F. Lefevre,2004[3]).D’apr`esBlondel(1995)[2],c’estuntermequifututilise´pour lapremie`refoisparWilsonetPeteren1988,maisc’estaussiunconceptan- cienquifutd´ej`ade´critparC.Linne´en1760[5]etBernardindeSaint-Pierre avant1815[1].Cettenotionfutconsacre´eparlaconventioninternationalede Riosign´eeen1992proˆnantlaprotectiondelabiodiversit´e.Sone´valuationest doncdevenueine´vitable,ainsiqu’unenjeutantauniveaudelaconservationque delagestiondesespacesnaturelsetdesespe`cessauvages.Deplus,lamesure delabiodiversite´a`traversl’utilisationd’indicesre´sumantl’informationestun outilappr´ecie´despolitiques.Ilexiste3sortesdebiodiversit´es:ladiversite´g´e- ne´tique,ladiversit´esp´ecifiqueoutaxonomique,etladiversit´e´ecosyste´mique. Danscerapport,nousallonsde´crireetillustrer,a`traversunexemple,lamesure deladiversite´taxonomiqueparl’entropiequadratique.L’exempleporterasur unsuividansletempsdel’avifaunesurleterritoiredelaRe´serveNaturelledes Ramie`res.

2Donne´es 2.1 Comptagesd’oiseaux LaRe´serveNaturelledesRami`eresestsitu´eeaucœurduValdeDroˆme s’´etendsurunesuperficiede346haetpr´esentelacaracte´ristiqued’ˆetreune r´eservefluvialesauvagelelongdelarivi`ereDrˆmagea´erome(iceti-inneisude dessus).Lesdonne´esavifaunistiquessontaccessiblesaupublicsurlesiteinternet delare´serve`al’adresse: http://ramieres.val.drome.reserves-naturelles.org/frame.html Pouryacce´der,ilsuffitd’allerdanslapartieor´tPgere, puis dansFaune, et pour finir cliquer surLes comptages d’oiseaux. Lesinventairesobe´issenta`unprotocoledecomptagedisponiblea`lameˆme adresse.Lescomptagessonteffectu´esaucoursdel’e´t´edechaqueanne´e(`apartir de2002)etsontdivis´esen3inventairesespac´esd’unmoischacun.Chaque inventaire´evalueleseffectifsd’oiseaux(migrateurs,nicheurs,...)pr´esentssur lelitdelarivi`ereDrˆpalaiertenemurtse´rp´sicte(esulpesr´ladoemu)aveer moment de l’inventaire. L’´evaluationsefaitparcontactvisuelaveclesoiseauxlelongd’untransect. Poursimplifier,onneprendencomptequelescomptageseffectu´esfinjuillet,de 2002`a2005(4variables:A1=2002,A2=2003,A3=2004,A4=2005).Deplus, concernantl’esp`eceHirondelledefenˆetre,ilae´te´compte´lenombredenidsau lieudunombred’individus,decefait,dansletableaudedonn´eeslenombre denidsae´te´transform´eeneffectifd’individusensebasantsurl’hypoth`ese qu’unnidestoccupe´par2individus.Celapermetd’homoge´ne´iserl’information donn´eeparletableaud’abondancemaislimitenotreanalysedanslesensou` touslesnidsdoiventˆetreoccupe´s.B.

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2.7.0(2008-04-22)–pps074.rnw–Page2/6–Compile´le2008-04-30 S. Penel, URL :http://pbil.univ-lyon1.fr/R/pps/pps074.pdf

Romain Bertrand

2.2 Taxonomie L’informationtaxonomiquesurtouteslesespe`cesrecens´eessurlare´serveau coursdes4inventairesa´ete´collect´ee.Lefichierdebasepourlaconstruction d’unetaxonomie(Genre,Famille,Ordre,...)ae´t´econstruit`apartirdedeux livres : –Le Guide ornithossneK,noluM.nral,Deyet.Zrste ¨ otr.P.J,mtedeL.Sv Grant (1999)[6]; –yhpnoitae´ne´goluvedqutitanivsificClasde G. Lecointre et H. Le Guyader (2001)[4]. Lesdonn´eessontrassemble´edansunobjetde.

2.3 Objetdisponible Pour s’en servir : load(url("http://pbil.univ-lyon1.fr/R/donnees/pps074.rda")) dim(pps074) [1] 358 names(pps074) [1] "nomfr""genre" "famille""ordre" "A1""A2" "A3" "A4"

Lesdonne´essontliste´esdansdestableauxci-apr`es.

3 Questions Onpourradonnerunerepre´sentationgraphiquedesdeuxtypesd’informa- tion,calculerladiversite´taxonomiquedechaqueann´ee(entropiequadratique surladistancetaxonomique),calculerladistributiondefr´equencesquimaximise cetindice,calculerl’indicenormalis´eets’interrogersurladiffe´rencesignificative quipourraitsepre´senterentreanne´es(deplusieurspointsdevue).

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