Rapport de stage

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DESS, Supérieur, DESS
  • fiche - matière potentielle : descriptive
  • rapport de stage - matière : histoire
E.N.S.S.I.B. ECOLE NATIONALE SUPERIEURE DES SCIENCES DE L'INFORMATION ET DES BIBLIOTHEQUES UNIVERSITE CLAUDE BERNARD LYON I DESS en INFORMATIQUE DOCUMENTAIRE Rapport de stage Histoire d'une base de données qui voulait voyager sur Internet ~ NosoBase, base de données bibliographiques du C.CLIN Sud-Est Jérôme GUTMAN Sous la direction de Louis AYZAC Praticien Hospitalier Universitaire HEIM - Université Lyon 1 Nathalie LEROY Documentaliste C.
  • organisation de la surveillance et de la prévention des infections nosocomiales dans les établissements d'hospitalisation publics
  • nosobase
  • définition des infections nosocomiales
  • choix du moteur de recherche et du serveur
  • accueil du public
  • accueil des publics
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  • bases de données
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E.N.S.S.I.B. UNIVERSITE
ECOLE NATIONALE SUPERIEURE CLAUDE BERNARD
DES SCIENCES DE L'INFORMATION
LYON IET DES BIBLIOTHEQUES
DESS en INFORMATIQUE DOCUMENTAIRE
Rapport de stage
Histoire d'une base de données
qui voulait voyager sur Internet
~
NosoBase,
base de données bibliographiques du C.CLIN Sud-Est
Jérôme GUTMAN
Sous la direction de
Louis AYZAC Nathalie LEROY
Praticien Hospitalier Universitaire Documentaliste
HEIM - Université Lyon 1 C.CLIN Sud-Est
Jean-Pierre LARDY
Maître de conférences
URFIST - Université Lyon 1
Année 1995-1996Histoire d'une base de données qui voulait voyager sur Internet
~
NosoBase, base de données bibliographiques du C.CLIN Sud-Est
Jérôme GUTMAN
Ce document retrace quatre mois de stage effectués au C.CLIN Sud-RESUME
Est (Centre de Coordination de la Lutte contre les Infections
Nosocomiales). Il s’agit de la mise à disposition d’une base de
données bibliographiques, NosoBase, sur Internet, en tant que base
WAIS : reformatage des données, construction de la base
(FreeWAIS-sf), du formulaire d’interrogation (SFgate) et d’un
serveur WWW
1 BASE DONNEE BIBLIOGRAPHIQUE, INFECTIONDESCRIPTEURS
NOSOCOMIALE, INTERNET, SERVEUR INFORMATIQUE,
WAIS (WIDE AREA INFORMATION SERVER)
This document reports on a four-month probationary period atABSTRACT
C.CLIN Sud-Est (coordination center for hospital infection
prevention and control in the south-east of France). It is about the
setting up of a bibliographic database, NosoBase, that has been put
on the Internet as a WAIS database : data reformatting, database
(FreeWAIS-sf), query form (SFgate) and WWW server construction
are reported.
BIBLIOGRAPHIC DATABASE, COMPUTER SERVER,KEYWORDS

1
D'après le CD-ROM 1995 de la base Pascal (INIST). La liste des descripteurs est aussi disponible
dans : INIST. - Pascal Lexique [Sciences exactes et technologies. Sciences de la vie. Lexique français-anglais-
espagnol]. - Vandoeuvre-lès-Nancy, ed. INIST, 1991. - ISBN 2904975638. - Bibliothèque de l'ENSSIB : côte
ENSSIB U025.49 CEN
Fiche descriptive 1INTERNET, NOSOCOMIAL INFECTION, WAIS
Fiche descriptive 2Histoire d'une base de données qui voulait voyager sur Internet
Table des matières
TABLEAUX, GRAPHIQUES, FIGURES, IMAGE.....................................................................7
INTRODUCTION..................................................................................................................8
I PRÉSENTATION DU STAGE..............................................................................................9
1. LES CENTRES DE COORDINATION DE LA LUTTE CONTRE LES INFECTIONS NOSOCOMIALES (C.CLIN)9
1. 1. Statut....................................................................................................................9
1. 2. Missions..............................................................................................................10
1. 3. Les différents sites..................................................................................................11
2. LE C.CLIN SUD-EST......................................................................................................11
2. 1. Activités...............................................................................................................12
2. 2. Structure et personnel..............................................................................................14
2. 3. Moyens informatiques.............................................................................................15
2. 3. 1. L'unité d'Hygiène, Epidémiologie et Information Médicale (HEIM)................................................15
2. 3. 2. Réseaux................................................................................................................................................................15
2. 3. 3. Matériel................................................................................................................................................................16
2. 3. 4. Logiciels.............................................................................................................................................................16
3. LE CENTRE DE DOCUMENTATION DU C.CLIN SUD-EST : NOSOBASE .......................................17
3. 1. Personnel..............................................................................................................17
3. 2. Public..................................................................................................................18
3. 3. Fonds documentaire................................................................................................18
3. 4. Activités...............................................................................................................21
3. 4. 1. Sélection des articles et indexation.............................................................................................................21
3. 4. 2. Saisie des notices..............................................................................................................................................21
3. 4. 3. Accueil du public.............................................................................................................................................21
3. 4. 4. Interrogation de NosoBase............................................................................................................................21
3. 4. 4. 1. Accès indirect illimité...........................................................................................................................21
3. 4. 4. 2. Accès direct limité..................................................................................................................................22
3. 4. 4. 3. Statistiques des demandes au C.CLIN Sud-Est pour l'année 1995..........................................22
3. 4. 5. Fourniture de documents................................................................................................................................23
3. 4. 6. Produits documentaires..................................................................................................................................23
3. 4. 7. La base de données NosoBase......................................................................................................................24
3. 4. 7. 1. Le logiciel documentaire......................................................................................................................24
3. 4. 7. 2. Les notices...............................................................................................................................................25
3. 4. 8. Moyens informatiques.....................................................................................................................................25
3. 4. 9. Coopération inter-C.CLIN.............................................................................................................................26
4. OBJECTIF DU STAGE........................................................................................................26
II MISE À DISPOSITION DE NOSOBASE SUR INTERNET :...................................................27
1. CAHIER DES CHARGES.....................................................................................................27
1. 1. Faisabilité du projet................................................................................................27
1. 1. 1. Les données du problème : réseau privé vs Internet...............................................................................27
Table des matières 3Histoire d'une base de données qui voulait voyager sur Internet
1. 1. 2. Coûts....................................................................................................................................................................28
1. 1. 3. Motivations et Conduite du projet..............................................................................................................29
1. 1. 4. Conditions matérielles....................................................................................................................................29
1. 1. 4. 1. Connection...............................................................................................................................................29
1. 1. 4. 2. Logiciel.....................................................................................................................................................30
1. 2. Objectifs...............................................................................................................30
1. 3. Répartition des taches entre les C.CLIN.....................................................................31
1. 4. Contenu...............................................................................................................31
1. 5. Utilisateurs...........................................................................................................32
1. 6. Calendrier et étapes du travail...................................................................................32
2. CRÉATION D'UN PROGRAMME DE SAISIE DES NOTICES EN LOCAL..............................................34
2. 1. Circuit des données................................................................................................34
2. 2. Choix du langage WordBasic...................................................................................34
2. 2. 1. Avantages...........................................................................................................................................................34
2. 2. 2. Inconvénients....................................................................................................................................................35
2. 3. Format à obtenir....................................................................................................36
1. 1. Le programme en macros-commandes Word................................................................39
1. 1. 1. NOSOInstall : macro à exécuter uniquement à la première installation.............................................40
1. 1. 2. NOSOMenu : menu général...........................................................................................................................41
1. 1. 3. NOSOSaisie : saisie des notices..................................................................................................................41
1. 1. 4. NOSOCompte....................................................................................................................................................42
1. 1. 5. NOSONouvelleplagenotices........................................................................................................................42
1. 1. 6. NOSOPréparenvoi...........................................................................................................................................42
1. 1. 7. FTP........................................................................................................................................................................43
1. 2. Matériel fourni.......................................................................................................43
1. 3. Test.....................................................................................................................43
2. NOSOBASE SUR INTERNET................................................................................................44
2. 1. Choix du moteur de recherche et du serveur.................................................................44
2. 1. 1. Le moteur de recherche : WAIS.....................................................................................................................44
2. 1. 2. Le serveur du Centre d'Information Scientifique et Médicale (CISM) de l'Université Lyon
2. 1. 2..................................................................................................................................................................................45
2. 2. WAIS..................................................................................................................46
2. 2. 1. Le passé...............................................................................................................................................................46
2. 2. 1. 1. Présentation.............................................................................................................................................47
2. 2. 1. 2. La norme Z39.50.....................................................................................................................................47
2. 2. 1. 3. Les logiciels Wais.................................................................................................................................47
2. 2. 1. 4. Les bases WAIS......................................................................................................................................48
2. 2. 1. 5. Interrogation des bases.........................................................................................................................48
2. 2. 2. Le présent............................................................................................................................................................50
2. 2. 2. 1. WAIS existe toujours............................................................................................................................50
2. 3. FreeWAIS-sf.........................................................................................................51
2. 3. 1. Installation.........................................................................................................................................................51
2. 3. 2. Le logiciel d'indexation..................................................................................................................................52
Table des matières 4Histoire d'une base de données qui voulait voyager sur Internet
2. 3. 3. Syntaxe d'interrogation...................................................................................................................................53
2. 3. 3. 1. Champs :....................................................................................................................................................53
2. 3. 3. 2. Opérateurs................................................................................................................................................53
2. 4. WWW-WAIS : SFgate...........................................................................................54
2. 4. 1. Installation.........................................................................................................................................................55
2. 4. 2. La création de formulaires...............................................................................................................................55
2. 4. 3. Syntaxe d'interrogation...................................................................................................................................56
2. 4. 4. Visualisation des résultats.............................................................................................................................56
2. 5. Mise en place des données et du moteur sur le serveur...................................................56
2. 5. 1. Création de la base WAIS...............................................................................................................................56
2. 5. 1. 1. Description des notices........................................................................................................................57
2. 5. 1. 2. Le reformatage des données vers WAIS...........................................................................................58
2. 5. 1. 2. 1. Macros-commandes Word..........................................................................................................58
2. 5. 1. 2. 2. Clipper, langage de Microsoft Foxpro....................................................................................59
2. 5. 1. 3. Indexation des fichiers..........................................................................................................................60
2. 5. 1. 4. Le fichier .src............................................................................................................................................61
2. 5. 2. L'interface d'interrogation SFgate................................................................................................................61
2. 5. 2. 1. Le formulaire HTML/SFgate................................................................................................................61
2. 5. 2. 1. 1. Interrogation avancée.................................................................................................................62
2. 5. 2. 1. 2. Interrogation simple....................................................................................................................65
2. 5. 2. 2. Exemple d'interrogation avancée.......................................................................................................66
2. 5. 2. 3. Un produit perfectible...........................................................................................................................66
2. 5. 3. Le serveur WWW NosoBase.........................................................................................................................68
2. 5. 3. 1. Développement HTML.........................................................................................................................68
2. 5. 3. 1. 1. Editeurs utilisés...........................................................................................................................68
2. 5. 3. 1. 2. Particularité HTML : les frames...............................................................................................69
2. 5. 3. 1. 2. 1. Syntaxe.................................................................................................................................70
2. 5. 3. 1. 2. 2. Exemple................................................................................................................................71
2. 5. 3. 2. "Philosophie" du serveur.....................................................................................................................73
2. 5. 3. 3. Contenu.....................................................................................................................................................73
2. 5. 3. 4. Lancement du serveur............................................................................................................................75
2. 5. 3. 4. 1. Ouverture au public....................................................................................................................75
2. 5. 3. 4. 2. Une première phase de test avant la promotion...................................................................76
2. 5. 3. 5. Une charge de travail supplémentaire...............................................................................................77
2. 6. Saisir les données par Internet : l'interface CGI.............................................................77
2. 6. 1. Principes CGI....................................................................................................................................................77
2. 6. 2. le langage Perl...................................................................................................................................................78
2. 6. 3. Appel du script : formulaire et droits d'accès............................................................................................79
3. PROTECTION DE "NOSOBASE" À L'INPI..............................................................................80
3. 1. Protéger ses noms : où ?.........................................................................................80
3. 2. Comment ?...........................................................................................................80
3. 2. 1. Recherche d’antériorité...................................................................................................................................81
3. 2. 2. Dépôt....................................................................................................................................................................83
Table des matières 5Histoire d'une base de données qui voulait voyager sur Internet
3. 3. Quand ?...............................................................................................................83
3. 4. Pourquoi ?............................................................................................................84
3. 5. En resumé.............................................................................................................84
3. 6. Avancée des travaux................................................................................................86
4. PERSPECTIVES POUR NOSOBASE........................................................................................86
CONCLUSION.....................................................................................................................88
BIBLIOGRAPHIE.................................................................................................................89
BOOKMARK : ADRESSES INTERNET.................................................................................91
LISTE DES ABRÉVIATIONS UTILISÉES..............................................................................97
INDEX................................................................................................................................98
ANNEXES.........................................................................................................................101
Table des matières 6Histoire d'une base de données qui voulait voyager sur Internet
Tableaux, graphiques, figures, image
Tableau 1 : définition des infections nosocomiales........................................................................9
Tableau 2 : répartition géographique des cinq C.CLIN.................................................................11
Tableau 3 : équipe du C.CLIN sud-est......................................................................................14
Graphique 1 : utilisateurs de NosoBase par catégories professionnelles.............................................18
Graphique 2 : types de documents dans NosoBase.......................................................................20
Graphique 3 : dates de publication des documents.......................................................................20
Graphique 4 : langue des documents.........................................................................................20
Graphique 5 : nombres de demandes 1994/1995 au centre de documentation.....................................23
Figure 1 : le réseau privé des HCL............................................................................................27
Tableau 4 : la solution proposée par la DSII...............................................................................28
Tableau 5 : répartition des tâches entre les C.CLIN......................................................................31
Tableau 6 : circuit des données Basis plus / Internet....................................................................34
Tableau 7 : champs Basis plus.................................................................................................38
Figure 2 : programme de saisie en local.....................................................................................40
Image 1 : boîte de dialogue du masque de saisie..........................................................................40
Figure 3 : fonctionnement de SFgate.........................................................................................54
Tableau 8 : champs Wais de NosoBase.....................................................................................58
Graphique 6 : les frames dans departf.htm...................................................................................71
Tableau 9 : tarif général de dépôt à l'INPI...................................................................................83
Tableau 10 : tarifs pour une recherche d'antériorité de NosoBase à l'INPI..........................................85
Tableau 11 : tarifs pour un dépôt de NosoBase............................................................................85
Tableau 12 : coût total pour la protection à l'INPI de NosoBase.....................................................86
Tableaux, graphiques, figures 7Histoire d'une base de données qui voulait voyager sur Internet
Introduction
Il était une fois une base de données qui voulait voyager sur Internet...
NosoBase, base de données bibliographiques sur les infections nosocomiales (se
dit d'une infection contractée lors d'un séjour en milieu hospitalier), a été créée par le
Centre de Coordination de la Lutte contre les Infections Nosocomiales du Sud-Est
(C.CLIN Sud-Est), aux débuts des années 90.
Jusqu’alors isolée, dans le sens ou personne ne pouvait la consulter à distance,
les cinq C.CLIN de France décidèrent en 1996 de la rendre disponible aux six coins de
l’hexagone, voire plus loin, dans les steppes de Sibérie, au beau milieu de l’Amazonie...
Une aventure de quatre mois (Juin - Septembre 1996) m’a permis de préparer ce
voyage, à travers plusieurs épisodes :
• la création d’un programme de saisie des notices pour tous les C.CLIN
• le reformatage des données du logiciel documentaire Basis plus
• la construction de NosoBase en tant que base WAIS (standard documentaire
sur Internet), sous FreeWAIS-sf
• son interrogation par SFgate (passerelle pour interroger la base WAIS) à
l’aide de formulaires HTML
• sa présentation sur les pages d’un serveur Internet WWW
• les débuts d’une saisie des notices à distance (script CGI)
• enfin, la protection de NosoBase, en tant que marque déposée
Après avoir présenté le C.CLIN Sud-Est et sa base documentaire, nous décrirons
donc ces différentes étapes.
Alors, en avant pour le voyage...
Note : vous pourrez trouver dans les parties Bibliographie (page 89) et
Bookmark (page 91) les références d’ouvrages, de documents ou de serveurs Internet
qui sont mentionnés par la suite, ainsi qu’une liste des abréviations utilisées (page 97).
Introduction 8Histoire d'une base de données qui voulait voyager sur Internet
I Présentation du stage
1. Les Centres de Coordination de la Lutte contre
les Infections Nosocomiales (C.CLIN)
NOSOCOMIAL, E, AUX adj. (gr. nosos, maladie, et komeîn, soigner)
Se dit d'une infection contractée lors d'un séjour en milieu
hospitalier
Le Petit Larousse Illustré, 1992
Tableau 1 : définition des infections nosocomiales
1. 1. Statut
Les infections hospitalières constituent un problème majeur de Santé Publique.
L'obligation d'organiser la lutte contre les infections nosocomiales existe depuis le décret
N°88-657 du 6 Mai 1988 relatif à l'organisation de la surveillance et de la prévention des
infections nosocomiales dans les établissements d'hospitalisation publics et privés
participant au service public hospitalier. Ce texte définit les missions des Comités de
Lutte contre les Infections Nosocomiales (CLIN), présents dans les organismes de soins.
Il recommande "d'organiser et de coordonner une surveillance continue des infections
dans les établissements" et de "promouvoir des actions de formation des personnels".
Ceci consiste en la mise en oeuvre d'une surveillance épidémiologique de l'infection, de
l'évaluation de la qualité des soins dispensés dans l'établissement et en la mise en place
d'un programme de prévention.
L'arrêté du 3 Août 1992 crée le Comité Technique National des Infections
Nosocomiales (CTIN) et les 5 Centres de Coordination pour la Lutte contre les
Infections Nosocomiales (C.CLIN). Le CTIN a comme objectif prioritaire de définir le
"programme minimum de surveillance des infections nosocomiales". Il est chargé de
formuler les recommandations techniques et il synthétise dans un rapport national
Présentation du stage 9