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fiche - matière potentielle : td avec le logiciel

Fiche TD avec le logiciel : tdr623 ————— Pratique de l'AFC inter-intra sur donnees genomique J.R. Lobry ————— Analyse de la variabilite de l'usage du code du point de vue sy- nonyme et non synonyme pour 739 genomes bacteriens. Les AFC inter et intra permettent de decomposer une problematique en sous problematiques plus faciles a interpreter. Table des matieres 1 Les donnees 2 1.1 count . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.2 topt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.3 domain . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 1.4 gc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1.5 aa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

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Voir

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Fiche TD avec le logiciel : tdr623 ————— Pratiquedel’AFCinter-intrasurdonne´es g´enomique J.R. Lobry —————

Analysedelavariabilite´del’usageducodedupointdevuesy-nonymeetnonsynonymepour739g´enomesbact´eriens.LesAFC interetintrapermettentdede´composeruneproble´matiqueensous probl´ematiquesplusfacilesa`interpr´eter.

Tabledesmati`eres 1Lesdonn´ees2 1.1 count . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.2 topt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.3 domain . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 1.4 gc . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 1.5 aa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 2 Analyse factorielle des correspondances 6 2.1 Calculs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 2.2 Plans factoriels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 2.3Interpre´tation.............................7 3 Analyse factorielle des correspondances inter-groupes 9 3.1 Calculs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 3.2 Plans factoriels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10 3.3 Int ´tation . . . . . . . . . . . . . 11 erpre . . . . . . . . . . . . . . . . 4 Analyse factorielle des correspondances intra-groupes 11 4.1 Calculs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 4.2 Plans factoriels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 4.3Interpr´etation.............................13 5D´ecompositiondelavariabilit´etotale13 5.1Pourquoitout¸ca?..........................13 5.2 Pour aller plus loin dans l’interpr´t tion . . . . . . . . . . . . . . 14 e a R´efe´rences15

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