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Rapport de Mission Pr. D. Raoult 130 EN MATIERE DE RECHERCHE earth science financement de la recherche en maladies infectieuses dans le cadre multiples sources de financement source ost recherche médicale maladie infectieuse données men-dpd financement politique active des présidents clinton

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Fiche TD avec le logiciel :ter3 ————— Lecouplagedetableauxe´cologiques S. Dray, D. Chessel —————

Cetteﬁcheillustrel’utilisationdesprincipalesme´thodesdecouplage en´ecologie.Elles’appuieessentiellementsurl’utilisationdupaquet ade4.

Tabledesmatie`res 1 Introduction 2 1.1 Ordination directe et indirecte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.2 Juxtaposition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 1.3 Croisement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 2Analysecanoniquedescorr´elations5 2.1 Analyse discriminante . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 2.2 Analyse factorielle des correspondances . . . . . . . . . . . . . . 8 3 Analyses sur variables instrumentales 8 3.1 Analyse des redondances . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 3.2 Analyses inter et intra-classes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13 3.3 Analyse canonique des correspondances . . . . . . . . . . . . . . 15 3.3.1 Analyse discriminante . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16 3.3.2Moyennesr´eciproquesetre´gression.............17 4 Analyse de co-inertie 19 Re´f´erences23

S. Dray, D. Chessel

1 Introduction Onconsid`ereuntableauY(nxs) avec l’abondance desnsseesdap`ecnsites. Undeuxie`metableauXcontient les mesures depseneivornnmeneatles`albairav nesnianylnadtudsiripleuxtetssites.Chaqateuaelbueputeˆttrret´aiarepeaun d’analyse simple (X,Q1,D) et (Y,Q2,D). Ilyatroisstrat´egiesprincipalesd’associationdedeuxtableaux.Ellesre-couvrent,a`causedesnombreuxjeuxdeparam`etres,unvasteensemblede pratiques. Il suﬃt de saisir ces trois principes pour faire un choix, voire pour construire des associations originales dont on peut avoir besoin. Lecouplagededeuxtableauxdedonne´esestuneop´erationfondamentaleen e´cologiestatistique.Ondisposed’une´enormelitt´tusurlesujet.Parmiles era re baseshistoriquesondoitrappelerquelquesope´rationsfondamentales. 1.1 Ordination directe et indirecte En face du tableauYqu,euipettˆsore,noitanidro’deodth´eemun`aisum onretrouvedel’informationme´sologiquecontenuedansletableauX. Deux strat´egiessontenvisageables[Jongmanetal.,1987]: 1.uneordinationdirectedesreleve´setdesesp`eceslelongdu(oudes)gra-dient(s) de variables environnementales. 2.uneordinationdesrelev´esselonleurcompositionsp´eciﬁque,suivied’une interpr´etationdur´esultatobtenua`lalumi`eredeconnaissancesexte´rieures surlesespe`cesoulessites. Whittaker[1967]qualiﬁecesdeuxstrat´egies,respectivement,direct gradient analysisetindirect gradient analysis.

1.2 Juxtaposition Deuxtableauxayantlesmˆemeslignessontsimplementaccol´espourformer un nouveau tableau qui appelle une analyse simple.

LogicielRversion2.10.0(2009-10-26)–ter3.rnw–Page2/24–Compile´le2009-11-18 Maintenance : S. Penel, URL :tth-vylu.inbpli:p///pdffr/Ron1./ter3.pdf

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