UNIVERSITE LOUIS PASTEUR DE STRASBOURG

Anne Bodlenner

Description

Niveau: Supérieur, Doctorat, Bac+8
UNIVERSITE LOUIS PASTEUR DE STRASBOURG THESE présentée en vue de l'obtention du grade de DOCTEUR DE L'UNIVERSITE LOUIS PASTEUR par Anne BODLENNER Synthèse et étude de molléculles ciibllant lle siite de diimériisatiion de ll ''ARN du VIH-1 Soutenue le 24 mars 2006 devant les membres du Jury Professeur W.D. WOGGON Université de Bâle Docteur B. CARBONI Université de Rennes Professeur M. ROHMER Université Louis Pasteur Docteur P. DUMAS Université Louis Pasteur Professeur P. PALE Université Louis Pasteur Docteur J.M. WEIBEL Université Louis Pasteur Laboratoire de Synthèse et Réactivité Organique Institut de Chimie de Strasbourg

• test de protection contre la coupure au plombii par la néomycine


• arn du vih


• tests de protection


• recherche pour l'allocation de recherche


• réalisation du test d'inhibition et de toxicité


• équipe du laboratoire

Sujets

• Weibel
• Vasilyev
• Louis Pasteur University
• Paillart
• Afrique

Informations

• Publié par: profil-zyak-2012
• Publié le: 01 mars 2006
• Nombre de lectures: 143
• Langue: Français
• Poids de l'ouvrage: 5 Mo

Extrait

UNIVERSITE LOUIS PASTEUR DE STRASBOURG
THESE
présentée en vue de l’obtention du grade de
DOCTEUR DE L’UNIVERSITE LOUIS PASTEUR
par
Anne BODLENNER

Synthèse et étude de molécules ciblant le site Synthèse et étude de molécules ciblant le site Synthèse et étude de molécules ciblant le site
de dimérisation de l’ARN du VIH-1 iiil’

Soutenue le 24 mars 2006 devant les membres du Jury
Professeur W.D. WOGGON Université de Bâle
Docteur B. CARBONI Université de Rennes
Professeur M. ROHMER Université Louis Pasteur
Docteur P. DUMAS eur
Professeur P. PALE eur
Docteur J.M. WEIBEL eur

Laboratoire de Synthèse et Réactivité Organique
Institut de Chimie de StrasbourgRemerciements



Les travaux décrits dans ce manuscrit ont été réalisés au sein du Laboratoire de
Synthèse et Réactivité Organique de l’Université Louis Pasteur à Strasbourg.

Mes remerciements vont en premier lieu au Professeur Patrick Pale, pour m’avoir
accueillie au sein de son laboratoire et proposé ce sujet de recherche. Je lui adresse toute ma
reconnaissance pour sa grande disponibilité, son encadrement et ses compétences
scientifiques qui m’ont permis de mener à bien cette étude. Je tiens également à le remercier
d’avoir toujours cru en mon travail et de m’avoir redonné confiance même lorsque les
résultats se faisaient attendre.

Ce travail de recherche n’aurait pas pu avoir lieu sans les excellents travaux de
recherche menés sur le DIS de l’ARN du VIH-1 par l’équipe des Professeurs Bernard et
Chantal Ehresmann à l’institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire de Strasbourg.
C’est de ces travaux, et en particulier des travaux de cristallographie, qu’est né ce
sujet de thèse. Je tiens à exprimer ma reconnaissance au Docteur Philippe Dumas pour tout
ce qu’il m’a appris et pour la confiance qu’il m’a accordée.

J’adresse également mes remerciements au Docteur Jean-Marc Weibel pour son
dynamisme, son soutien, ses conseils et ses jugements très pertinents sur ce manuscrit.

Je tiens également à remercier très vivement le Professeur Woggon de l’Université de
Bâle, le Docteur Carboni de l’Université de Rennes et le Professeur Rohmer de l’Université
Louis Pasteur, qui ont accepté de juger ce travail et de participer au jury de cette thèse.

Mes remerciements sincères vont également vers le Docteur Eric Ennifar pour ses
travaux de cristallographie, les tests de coupure au plomb qu’il a effectués sur le DIS-23 et sa
lecture critique de ce manuscrit.

Je souhaite exprimer ma reconnaissance au Docteur Jean-Christophe Paillart pour
avoir effectué les tests biologiques sur le DIS-615 (tests de protection contre une coupure par
le diacétate de plomb et de protection contre des modifications au DMS ainsi que les tests de
stabilisation), pour m’avoir expliqué en détail le mécanisme de ces tests et pour ses conseils
pertinents concernant ce manuscrit.

Je remercie également Géraldine Albrecht et Anne-Marie Aubertin de l’Institut de
Virologie INSERM pour la réalisation du test d’inhibition et de toxicité. Un grand merci au Docteur Alexander Vasiliev, pour sa gentillesse et pour m’avoir
procuré les deux publications des journaux russes Izv. Akad. Nauk. SSSR, Ser. Khim. et
Vysokomol. Soed. SerA. ainsi que pour la traduction du russe vers l’anglais du premier
article. Je remercie également le Professeur A. Varneck pour la traduction du russe vers
l’anglais du second article.

J’adresse mon immense gratitude au service de RMN de Rolland Graff et au service
de Spectrométrie de Masse de Patrick Wehrung pour leur compétence et leur disponibilité.

Je remercie également le personnel du Buncker et du Magasin de Chimie, sans qui
nous n’aurions pas pu manipuler.

Je remercie le Ministère de L’Education Nationale, de l’Enseignement et de la
Recherche pour l’allocation de recherche dont j’ai pu bénéficier pendant ces trois années.

Je tiens à remercier également très chaleureusement toute l’équipe du Laboratoire
Pale, notamment les amis chers que j’y ai rencontrés, Martine et Cédric dit CC. Merci à
Alban pour sa bonne humeur, ses attentions et son amitié. Je remercie également Yann,
Aurélien V., Aurélien A., Carmen, Ulla, David, Geoffroy, Sophie, Murielle, Annabelle,
Simon, Liu, Sopheak, Fabien, Manu, Vanessa, Jérémy, Jérôme, Laurent, Dominique, Tui,
Sidonie et Françoise Rothhut notre secrétaire, pour leur bonne compagnie.

èmeJe remercie également nos voisins du 9 étage du laboratoire du Professeur
Brouillard, Stefan, Géraldine et Marie, et mon amie Maggy Hologne du laboratoire de RMN
èmequi a géré à perfection les entrées au 9 .

Je tiens à associer à ces remerciements, les chimistes et amis Guigui, Gaëtan, Vincent,
Isa et Murielle pour les bons moments passés ensemble.

Je remercie également Jeanne pour m’avoir donné le livret intitulé « Réponses
associatives à la lutte contre le sida en Afrique » édité par Aides qui m’a fourni des
informations complémentaires.

Je souhaite exprimer toute mon affection à ma famille, et plus particulièrement à mes
parents et mes sœurs qui m’ont toujours soutenue et encouragée, ce qui m’a permis de
persévérer dans mes entreprises.
Enfin, je voudrais sincèrement remercier Serge, pour son accompagnement et son
immense soutien moral et logistique, en toute circonstance. Sommaire


Chapitre 1 VIH et ARN 1
I Généralités sur le VIH 5
I.1 Le VIH, un virus dévastateur 5
I.2 Le cycle réplicatif du VIH 7
I.3 Les principaux traitements anti-VIH 10
II L’ARN : Une nouvelle cible thérapeutique prometteuse 13
II.1 L’ARN, une structure riche de découvertes 13
II.2 Interactions entre l’ARN et des petites molécules 15
II.2.1 Définitions 15
II.2.2 Les grandes classes d’interactions avec l’ARN [] 15
II.2.3 Quelques exemples de petites molécules ciblant l’ARN 17
II.2.4 Les aminoglycosides en tant que petites molécules capables de se fixer sur l’ARN 18
II.2.4.1 Généralités sur les aminoglycosides 18
II.2.4.2 Exemples d’interactions entre aminoglycosides et ARN 21
II.3 Bilan et perspectives 22
III Une nouvelle approche contre le VIH-1 24
III.1 Complexe boucle-boucle 24
III.2 Similitude entre le complexe boucle-boucle et le site A 27
III.3 Le projet 28
III.3.1 Action des antibiotiques sur le complexe boucle-boucle 28
III.3.1.1 Tests préliminaires afin de sélectionner les antibiotiques spécifiques 28
IIIII.3.1.2 Test de protection contre la coupure au plomb par la néomycine et la paromomycine 29
III.3.1.3 Test de protection contre une modification au DMS par la néomycine et la paromomycine
30
III.3.1.4 Bilan 31
III.3.2 Construction d’un modèle d’étude de l’interaction complexe boucle-boucle /
antibiotique 32
III.3.3 Choix et construction des aminoglycosides ciblant le complexe DIS-DIS 35
III.3.4 Schéma rétrosynthétique 36
Chapitre 2 Synthèse d’un dérivé de la néamine ayant l’amine libre
en position 1 39
I La néamine : une molécule complexe 41
II Obtention de la néamine 45
II.1 La néamine tétrachlorhydratée 45
II.2 ine libre 46 III Première approche basée sur des complexations sélectives à
l’aide de métaux de transition 49
III.1 Introduction 49
III.1.1 Le principe 49
III.1.2 Première approche de la littérature 51
III.1.3 Seconde approche de la littérature 52
III.2 Mise en application de la première approche 52
III.3 Application de la seconde approche 56
III.4 Bilan 57
IV Seconde approche basée sur des carbamates 58
IV.1 Les précédents dans la littérature 58
IV.2 Préparation du composé tétra-protégé par des groupements Cbz 59
IV.3 Formation des carbamates cycliques 60
IV.4 Protection des alcools et ouverture du carbamate 64
IV.5 Précisions concernant l’étape d’ouverture du carbamate 70
V Détermination des structures par RMN 72
V.1 Néamine tétra-protégée par des groupements Cbz 72
V.2 Dérivé ayant deux carbamates cycliques 76
V.3 Composé 14 : le dicarbamate cyclique protégé par un groupement TBS 78
V.4 Composé 16 : produit de décarboxylation du composé 14 85
V.5 Comparaison des composés 14 et 16 : 90
VI Bilan 91
Chapitre 3 L’étape clé de dimérisation et la déprotection des dimères
synthétisés 95
I Introduction : le cahier des charges 97
I.1 La longu