Analyse statistique du transcriptome

J. Aubert - C. Hennequet-Antier

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• Publié par: Shaem
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Extrait

PLANIFICATION EXPERIENCES (http://genome.jouy.inra.fr/ssb/) PRE−TRAITEMENT / NORMALISATION CLASSIFICATION (http://migale.jouy.inra.fr/formations) ) ) Expérience 8600 gènes humains, mesures d’expression sur échantillons de fibroblastes en fonction du temps. Méthode de classification hiérarchique métrique = coeff. de corrélation, méthode d’agrégation = lien moyen (average linkage). ref : Cluster analysis and display of genome wide expression patterns, Eisen et al, PNAS 98 (x;y) E E +s : E E7!R s(x;y) =s(y;x) s(x;x) =s(y;y) =s x;y E x =ymax + d : E E7!R d(x;y) =d(y;x) vd(x;x) =d(y;y) = 0 x;y E x =y u n uX t 2d(x;y) = (x y )s d i i i=1 d(x;y) =s s(x;y)max nX d(x;y) = jx yji i i=1 Pn xyi ii=1d(x;y) = 1 q q P Pn n2 2x yi=1 i i=1 i 2d(x;y) = 1 r(x;y) 1 r(x;y) Pn (x x )(y y )i i i ii=1r(x;y) =p pP Pn n2 2(x x ) (y y )i i i ii=1 i=1 q k q G1 G2 G3 G4 G5 E d +d :E E7!R d(x;y) = 0 x =y d(x;y) =d(y;x) * * **d(x;y) d(x;z) +d(y;z) **Classe A * d(x;y)5 * maxd(x;z);d(y;z) () Classe B * * ** **Classe A * C CK L * X(C ) (C )K L 2D(C ;C ) = (G G )K L K Li iClasse B (C ) + (C )K L i GKi CK complete single mat.d mat.d hclust (*, "complete") hclust (*, "single")g1 average ward g2 g3 g4 g5 (n 1)2 Height Height 0 2 4 6 8 0 2 4 6 8 10 g5 g5 g4 g1 g3 g2 g1 g3 g2 g4 Height Height 0 2 4 6 8 10 12 1