Computational modeling of surface interactions [Elektronische Ressource] / Willem Jan Schravendijk

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• Publié par: johannes_gutenberg-universitat_mainz
• Publié le: 01 janvier 2007
• Nombre de lectures: 27
• Langue: Deutsch
• Poids de l'ouvrage: 1 Mo

Extrait

Computational Modeling of Surface
Interactions
Dissertation
zur Erlangung des Grades
“Doktor der Naturwissenschaften”
am Fachbereich Chemie, Pharmazie und Geowissenschaften
der Johannes Gutenberg-Universit¨at Mainz
Willem Jan Schravendijk
geb. in Amsterdam, die Niederlande
Mainz, Februar 2007Zusammenfassung
DieWechselwirkungzwischenProteinenundanorganischenOber߬achenfasziniert
sowohl aus angewandter als auch theoretischer Sicht. Sie ist ein wichtiger Aspekt
in vielen Anwendungen, unter anderem in chirugischen Implantaten oder Biosen-
soren. Sie ist außerdem ein Beispiel fu¨r theoretische Fragestellungen betreffend
die Grenz߬ache zwischen harter und weicher Materie. Fest steht, dass Kenntnis der
beteiligtenMechanismen erforderlich istumdieWechselwirkung zwischen Proteinen
und Ober߬achen zu verstehen, vorherzusagen und zu optimieren.
Aktuelle Fortschritteimexperimentellen Forschungsbereich erm¨oglichen dieUn-
tersuchung der direkten Peptid-Metall-Bindung. Dadurch ist die Erforschung der
theoretischen Grundlagen weiter ins Blickfeld aktueller Forschung geru¨ckt.
Eine M¨oglichkeit die Wechselwirkung zwischen Proteinen und anorganischen
Ober߬achen zu erforschen ist durch Computersimulationen. Obwohl Simulationen
vonMetalloberfl¨achenoderProteinenalsEinzelsysteme schonl¨angerverbreitetsind,
bringt die Simulation einer Kombination beider Systeme neue Schwierigkeiten mit
sich. Diese zu u¨berwinden erfordert ein Mehrskalen-Verfahren: W¨ahrend Proteine
als biologische Systeme ausreichend mit klassischer Molekulardynamik beschrieben
werden k¨onnen, bedarfdieBeschreibung delokalisierter Elektronen metallischer Sys-
teme eine quantenmechanische Formulierung. Die wichtigste Voraussetzung eines
¨Mehrskalen-Verfahrens ist eine Ubereinstimmung der Simulationen auf den ver-
schiedenen Skalen. In dieser Arbeit wird dies durch die Verknu¨pfung von Simu-
lationen alternierender Skalen erreicht.
Diese Arbeit beginnt mit der Untersuchung der Thermodynamik der Benzol-
Hydratation mittels klassischer Molekulardynamik. Dann wird die Wechselwirkung
zwischen Wasser und den [111]-Metallober߬achen von Gold und Nickel mittels eines
Multiskalen-Verfahrens modelliert. In einem weiteren Schritt wird die Adsorbtion
des Benzols an Metalloberfl¨achen in w¨assriger Umgebung studiert.
Abschließend wird dieModellierung erweitert undauchdieAminos¨auren Alanin
und Phenylalanin einbezogen. Dies er¨offnet die M¨oglichkeit realistische Protein-
Metall-Systeme in Computersimulationen zu betrachten und auf theoretischer Basis
die Wechselwirkung zwischen Peptiden und Oberfl¨achen fu¨r jede Art Peptide und
Ober߬ache vorauszusagen.Abstract
The interaction of proteins with inorganic surfaces is fascinating from various
points of view. As an application, it forms the essential working mechanism in
systems like biosensors and surgical implants. As a theoretical problem, it describes
a complex interface between hard and soft matter. In all cases, it is clear that
theoretical knowledge of the mechanisms involved is needed to understand, predict,
and optimize protein-surface interactions.
Recent experimental advancements have enabled the research of direct inter-
actions of peptide groups with metal surfaces, and, with that information as a
reference, it becomes possible to investigate the theoretical basis of protein-metal
interactions.
One way to study this is via computer simulations. Computer simulations of
either solids or biological systems are common, but simulating both systems com-
bined introduces new problems, for which simulations at several levels of detail will
be needed. Simulating the behavior ofdelocalized electrons in the metal will require
quantum mechanical treatment, whereas biological systems are best described by
classical statistical mechanics. Protein-metal systems form therefore a typical mod-
eling problem for which so-called multiscale simulations are needed. In a multiscale
modeling approach, simulations at the multiple scales of interest need to be con-
nected in such a way that a consistent picture can be attained. This will be done in
the current work by connecting calculations on the quantum and the atomistic level
in a sequential, alternating, manner.
As a start, the thermodynamic properties of hydration of benzene is studied
via classical statistical mechanics approaches and computer simulations. Then, the
interaction of water with gold and nickel [111]-surfaces is modeled by including
quantum calculation data via a newly introduced multiscale procedure. As a next
step, these two systems are combined and the multiscale procedure is extended to
study benzene surface adsorption in an aqueous environment.
Finally, themodeling isexpanded toinclude theaminoacidsalanineandpheny-
lalanine, for which differences in the metal adsorption properties can be identified.
This opens the way to study realistic protein-metal systems, which will enable the
theoretical prediction of surface attraction for a given peptide, at a given surface.Contents
1 Introduction 5
2 Protein-surface interactions, an overview 11
2.1 Experimental studies of biomolecule-surface interactions . . . . . . . 11
2.1.1 Experimental techniques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
2.1.2 Commonly used inorganic surfaces . . . . . . . . . . . . . . . 12
2.1.3 Experimental research of direct peptide-surface interactions . . 13
2.2 Modeling biomolecule-surface interactions . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.2.1 Analytical models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.2.2 Monte Carlo simulations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.2.3 Molecular dynamics simulations . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
2.2.4 Quantum calculations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
3 Theoretical basis of Molecular Simulation 21
3.1 Mechanics of Molecular Systems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
3.2 Molecular force fields . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
3.2.1 Electrostatics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
3.2.2 Dispersion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
3.2.3 Surface potentials . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
3.3 Molecular Dynamics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
3.3.1 Time Step Integration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
3.3.2 Treatment of Bonds and Angles . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
3.4 Periodic Boundary Conditions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
3.5 Thermal Coupling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
3.5.1 Langevin Thermostat Molecular Dynamics . . . . . . . . . . . 28
3.5.2 Berendsen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
3.5.3 Nos´e-Hoover . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
3.6 Pressure Coupling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
1Contents
3.6.1 Berendsen . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
3.6.2 Parrinello-Rahman . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
3.7 Long range electrostatics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
3.7.1 Reaction-field . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
3.7.2 Ewald summation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
3.8 Quantum calculations. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.9 Multiscale Modeling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
4 Free Energy in Statistical Mechanics 39
4.1 Determining free energy changes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
4.1.1 Thermodynamic perturbation . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
4.1.2 Thermodynamic integration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
4.1.3 Obtaining a free energy along an order parameter . . . . . . . 43
4.2 Distinction of enthalpy-entropy compensation in the free energy . . . 44
5 A thermodynamic analysis of benzene solvation 49
5.1 Benzene as a hydrophilic molecule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
5.2 Thermodynamics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
5.3 Computational details . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
5.3.1 Thermodynamic calculations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
5.3.2 Simulation Details. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
5.3.3 Benzene-Water Interaction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
5.4 Results and Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
5.4.1 Hydration Structure: Radial distribution functions . . . . . . 56
5.4.2 Orientational Distributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
5.4.3 Hydration Thermodynamics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
5.4.4 Solute-Solvent Contributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
5.5 Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
6 A dual-scale modeling of aqueous-metal surface interactions. 69
6.1 Water-surface interactions, an overview . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
6.1.1 Experimental water-metal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
6.1.2 Quantum calculations of water-metal interactions . . . . . . . 71
6.1.3 Atomistic simulation of water near surfaces . . . . . . . . . . . 71<