Contrôle épigénétique du risque de montaison chez une plante de grande culture : la betterave sucrière : mise au point d
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Contrôle épigénétique du risque de montaison chez une plante de grande culture : la betterave sucrière : mise au point d'une stratégie de caractérisation d'épiallèles associés à la sensibilité à la montaison en vue de l'élaboration d'un test de sélection, Epigenetic control of the bolting risk in a crop plant : sugar-beet : the development of a strategy to characterize epialleles associated with bolting sensivity, with a view to implementation as a selection tool

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Description

Sous la direction de Daniel Hagège, Stéphane Maury
Thèse soutenue le 27 janvier 2009: Orléans
Chez les plantes, les processus de développement global et de plasticité développementale sont contrôlés par des mécanismes épigénétiques. La méthylation de l’ADN peut présenter un polymorphisme (épiallèles) qui est une source possible de biomarqueurs pour la sélection de génotypes d’intérêt agronomique. Pourtant, la recherche de tels biomarqueurs n’a pas encore été initiée. Dans ce contexte, nos objectifs ont concerné l'élaboration d'une stratégie pour la mise en évidence d’un contrôle épigénétique lors d’un processus développemental chez la betterave sucrière (Beta vulgaris altissima), ainsi que la recherche des biomarqueurs épigénétiques associés. Cette stratégie a d’abord été appliquée à la morphogenèse in vitro, sur trois lignées cellulaires de betterave sucrière. Une relation a pu être établie entre le niveau de méthylation de l’ADN et les propriétés morphogénétiques des lignées. Des biomarqueurs de morphogenèse in vitro ont ainsi été identifiés. La même stratégie a ensuite été appliquée in planta à la même espèce. L'existence d'un contrôle épigénétique lors de la vernalisation et de la dévernalisation chez plusieurs hybrides de betterave sucrière, avec des sensibilités à la montaison différentes, a été démontrée. Nous suggérons que l’amplitude et la cinétique des variations épigénétiques contrôlent l’induction de la montaison et sa rapidité, confirmant ainsi le rôle de la méthylation de l’ADN dans ce processus. Les loci cibles de ces remaniements de la méthylation de l'ADN lors de la vernalisation ont été définis. Un criblage a enfin permis d’identifier de potentiels biomarqueurs épigénétiques de la sensibilité à la montaison en vue de la mise au point d’un futur test de sélection agronomique.
-Méthylation de l'ADN
In plants, the processes of global development and of developmental plasticity are controlled by epigenetic mechanisms. Polymorphism in DNA methylation (leading to epialleles) is a possible source of biomarkers for the selection of genotypes of agronomic interest. Until now, however, the search for such biomarkers has not been undertaken. Against this background, our objectives were to develop a strategy to investigate the existence of epigenetic control during a developmental process in sugar-beet (Beta vulgaris altissima) and to search for associated epigenetic biomarkers. The strategy was first applied to three sugar-beet cell lines, where we were able to established a relationship between the level of DNA methylation and the morphogenetic statue of the lines, and thus to identified a number of biomarkers for in vitro morphogenesis. We then applied the same strategy in planta in the same species and demonstrated the existence of epigenetic control (DNA methylation) during vernalization and devernalization in several sugar-beet hybrids that differed for bolting susceptibility. We propose that the scale and kinetics of epigenetic modifications control the induction and the rapidity of bolting, confirming the role of DNA methylation in this process. We have identified a number of target loci for these changes in DNA methylation during vernalization, and by screening these have been able to select several potential epigenetic biomarkers for bolting susceptibility, which may prove useful in future beet improvement programmes.
-DNA methylation
Source: http://www.theses.fr/2009ORLE2005/document

Sujets

Informations

Publié par
Nombre de lectures 54
Langue English
Poids de l'ouvrage 9 Mo

Exrait


UNIVERSITÉ D’ORLÉANS



ÉCOLE DOCTORALE SCIENCES ET TECHNOLOGIES
Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures, UPRES EA 1207
- INRA, USC2030 Arbres et Réponses aux ContrainHteysd rique et Environnementales

THÈSE
présentée par :

Marie-Véronique GENTIL

Soutenue le : 27 Janvier 2009

pour obtenir le grade de : Docteur de l’université d’Orléans
Discipline/ Spécialité : Physiologie et biologie des organismes et des populations

Contrôle épigénétique du risque de montaison chez une
plante de grande culture : la betterave sucrière.
Mise au point d’une stratégie de caractérisation
d’épiallèles associés à la sensibilité à la montaison en vue de
l’élaboration d’un test de sélection.

THÈSE dirigée par :

Daniel HAGÈGE Professeur, Université d’Orléans
Stéphane MAURY Maître de Conférences HDR, Université d’Orléans

RAPPORTEURS :

Françoise CORBINEAU Professeur, Université Pierre et Marie Curie, Paris
Alain RIVAL Chercheur HDR, CIRAD, Montpellier


JURY :

Denis TAGU Directeur de recherche, INRA, Rennes – Président du jury
Steve BARNES Docteur, Manager scientifique, Entreprise SES-VanderHave, Tienen, Belgique
Franck BRIGNOLAS Professeur, Université d’Orléans
Françoise CORBINEAU Professeur, Université Pierre et Marie Curie, Paris
Daniel HAGÈGE Professeur, Université d’Orléans
Claude JOSEPH Maître de Conférences HDR, Université d’Orléans
Stéphane MAURY Maître de Conférences HDR, Université d’Orléans
Alain RIVAL Chercheur HDR, CIRAD, Montpellier







Tiens, on dirait un
groupement méthyle
sur cette cytosine !
Watson & Crick
Là où tout a commencé…
















































à mon père
à mon oncle Paul
Remerciements



Je tiens tout d'abord à remercier l'ensemble des membres du jury pour avoir accepté de lire et de juger
cette thèse :
- Merci à Françoise Corbineau et Alain Rival d'avoir accepté la "lourde" tâche de rapporteurs.
- Merci à Steve Barnes, Franck Brignolas, Claude Joseph et Denis Tagu pour avoir accepté d'être
examinateurs.

Je tiens également à remercier le conseil régional de la région Centre et l'entreprise SESVanderHave
pour avoir financé ce projet. Je tiens particulièrement à remercier Marc Lefebvre et de nouveau Steve
Barnes pour leur accueil sans faille et leur enthousiasme pour l'ensemble de nos résultats. J'espère
Steve, que tu ne trouveras pas que ce travail ressemble à une "stamps collection".

Je remercie Francis Delmotte pour m'avoir accueillie au sein du Laboratoire de Biologie des Ligneux et
des Grandes Cultures.

Je tiens à remercier Daniel Hagège pour m'avoir proposé ce sujet et pour toute la confiance qu'il m'a
accordée dans ce projet.

J'aimerais exprimer ma plus sincère reconnaissance envers Stéphane Maury. Tout d'abord pour
m'avoir accepté en tant que stagiaire dès le master 2 et cela malgré mon passé de "prépa-capessienne",
puis pour m'avoir permis de poursuivre en thèse et d'entrer dans le monde de la biologie moléculaire
et surtout de l'épigénétique. J'ai beaucoup apprécié tes qualités professionnelles et humaines (humour
caustique et bons conseils)… Merci pour tout.

Je tiens aussi à remercier Claude Joseph pour tous ses précieux conseils et le temps qu'il a consacré à
relire tous mes projets d'articles et mes différentes versions du manuscrit. Nos petits cafés vont me
manquer.

Je remercie Franck Brignolas pour sa séance de stats et pour m'avoir laissé le remplacer lors des TP
d'anatomie végétale qui resteront des souvenirs inoubliables (surtout pour mes étudiants).

Je souhaite aussi remercier Alain Delaunay pour ses encouragements, son aide irremplaçable jusqu'à
ma période de "nervous breakdown" au moment de finaliser et d'imprimer le manuscrit. Nos
discussions au laboratoire me manqueront, ainsi que tes sifflements mélodieux dans les couloirs.

J'aimerai remercier : Francoise Chefdor ma collègue du bout du labo avec qui je me sentais moins
seule, Sabine Carpin pour ses paroles réconfortantes et sa bonne humeur. Je remercie également
François Héricourt pour ses conseils et pour m'avoir prêté son exemplaire de thèse à un moment
crucial. Je tiens également à remercier Gilles Moreau pour avoir toujours été disponible pour moi lors
de mes nombreux problèmes informatiques (à bas les ordinateurs administrés!). J'adresse mes
remerciements à l'ensemble des membres du LBLGC : Christiane Depierreux, Aurélien Sallé, Cécile
Barbaroux, Dominico Morabito, Stéphanie Bankhead, Laurent Jean-Alphonse, François Lieutier,
Valérie Altemayer, Jean-Claude Vala, Daniel Auguin…

J'ai également une pensée reconnaissante envers Isabelle Fauchier pour son humour et son aide lors de
mes nombreuses commandes.

Je tiens aussi à remercier Simonne Bossard sans qui mon cursus universitaire n'aurait pas été le
même, Isabelle Lejan pour sa disponibilité et son aide lors des TP d'anatomie, Xavier Pineau pour sa
compagnie lors de nos repas au RU et surtout sa "diligence" à engouffrer ses repas, source intarissable
de discussion, Carine Martin pour sa gentillesse et Estelle Boulmier.
Bien sûr je tiens particulièrement à remercier les nombreux thésards et stagiaires que j'ai côtoyé au
sein du LBLGC:

Je souhaite remercier les "Yougos" : Adisa, Sonja et Dubravko qui m'ont accueillie lors de mon arrivée
au laboratoire.

Je tiens à remercier Delphine Gourcilleau pour avoir réussi à me supporter plus d'une année dans le
même bureau. La journée de manip "test enzymatique" restera également gravée dans ma mémoire.

Je tiens également à remercier mes deux anciens stagiaires devenus grands : Carole et Clément, qui
ont participé à rendre cette troisième année thèse et notamment la mise au point de la PCR au bisulfite
inoubliable ! Merci à vous deux, et à Claire pour votre aide et votre soutien lors de la rédaction de
mon manuscrit. Claire je te laisse mon bébé, bon courage à toi pour la suite.

J'aimerai remercier mes "girl friends" : Agnès pour ses bons conseils, Fotini pour avoir été un modèle
de persévérance et pour son accueil en Grèce à un moment clé de ma thèse, Coralie avec qui tous les
bons moments et les longues discussions "remontage de moral" vont me manquer et Sophie. Merci
également à Romain, Bruno pour son humour, Ludo (pour ses cigarettes de la dernière chance),
Thomas, Sylvain (tic) et Régis (tac) pour votre gentillesse.

Je n'oublie pas de remercier mes géologues (et physiciens) préférés pour les soirées auxquelles vous
m'avez invitées même si j'étais toujours fatiguée et souvent débordée : Jérem & Marina, Paulo &
Joséphine, Jérom, Juju (Caliméro), Yanouche, Charles & Flo (les Rennais), Romain "Coch" & Caro,
Johann & Nat, Mat, Prisc', Oman, Bibou & Angélique, Fred & Lulu, Pablo …et tous ceux que j'oublie

Merci également aux personnes de l'INRA d'Orléans: Jean-Paul Charpentier et Nathalie Noel-Boizot
pour leur gentillesse et leur disponibilité lors de mes longues journées "radioactivité". Merci à Marie-
Claude Lesage-Descauses, Emmanuelle Magnoux pour leurs conseils et leurs séquençages
irréprochables.

Merci aux personnes du Laboratoire de Neurobiologie : Céline, Olivier, Marie-Yvonne ; et notamment
les (anciens) thésards et post-doc : Yohan, Mélanie, Guilhem, Matthieu et Hélène (merci encore pour le
super thermocycleur).

Pour finir et bien que cela semble évident, je remercie ma famille :
Jean-marie pour avoir été un oncle discret mais toujours là en cas de besoin; Marraine pour m'avoir
hébergée toutes ses années ce qui m'a permis de progressivement grimper les échelons universitaires;
ma chère tante "Red Delicious" pour son soutien, Juju & dils (et bienvenue à la petite Clara), Ralph,
Céline & leur petit Maël, ma cousine préférée Cloé, Pierre et Jacqueline.

Merci aux Trap qui m'ont accepté dans leur famille et pour leur soutien sans faille : Mémé, Jacqueline,
Bernard, Jean, Diane & François.

Enfin, je tiens à remercier les deux Pierre de ma vie:
Tout d'abord mon père, pour m'avoir toujours aimée, soutenue et pour m'avoir portée le plus haut
possible.
Mon époux, ma moitié pour m'avoir encouragé à embrasser la carrière de chercheur et sans qui je ne
serais pas là.


Prae




Dans la langue française, le terme "épigénétique" est un adjectif (processus
épigénétiques). Dans la langue anglaise, "epigenetics" est à la fois un adjectif et un substantif.
La tendance actuelle de la recherche et l'intérêt croissant des chercheurs pour cet aspect
particulier de la génétique tend aujourd'hui à individualiser cette discipline, au même titre que
l'ont été la métabolomique ou la protéomique. En conséquence, pour la rédaction de ce
mémoire de thèse, j'ai utilisé "épigénétique" à la fois comme adjectif et comme substantif.