Dynamique des extrémités du chromosome linéaire de Streptomyces ambofaciens, Dynamic of the extremities of the Streptomyces ambofaciens’s linear chromosome

Alexandre Gallois

Description

Sous la direction de Pierre Leblond, Bertrand Aigle
Thèse soutenue le 12 novembre 2007: Nancy 1
Les Streptomyces sont des bactéries du sol possédant un chromosome linéaire de grande taille (8-11 Mb), un fort taux en bases G-C (72,1% chez S. coelicolor) ainsi que l’apparition à haute fréquence de mutants, présentant de grands réarrangements touchant les régions terminales chromosomiques. L’analyse des séquences des régions terminales et des séquences partielles de la région centrale de la souche ATCC23877 de S. ambofaciens a permis de montrer que la taille de la région spécifique d’espèce augmente avec l’éloignement phylogénétique. Cette perte progressive de synténie est le résultat d’évènements d’insertions/délétions (indels) de petits fragments d’ADN. La comparaison des séquences des Répétitions Terminales Inversées de deux souches de S. ambofaciens a montré la présence de frontières ancestrales communes et les régions spécifiques situées aux extrémités. Cette variabilité serait la conséquence de remplacements d’extrémités de réplicons linéaires potentiellement d’origine plasmidique. L’intervention différentielle de mécanismes de réparation de cassures double brin ou une fréquence plus importante des cassures le long du chromosome pourraient être à la base de cette variabilité. Une conséquence de la formation de cassures double brin est l’entrée dans le cycle de cassure-fusion-pont (CFP) dont un intermédiaire est un chromosome dicentrique. L’entrée dans ce cycle serait la conséquence de la fusion de deux chromosomes délétés d’un bras chromosomique. L’analyse de souches de S. ambofaciens DSM40697 contenant un second centre de partition précisera l’implication des systèmes de partition dans l’instabilité et l’évolution du chromosome des Streptomyces.
-Instabilité chromosomique
The Streptomyces are soil bacteria with a large linear chromosome, typically 8 to 10 Mb, high part of G-C bases (72.1% for S. coelicolor) and are subject to a high degree of genetic instability, correlated with the formation of large rearrangement occurring in the terminal chromosomal regions. The analysis of the terminal regions sequences and partial sequence central region of S. ambofaciens ATCC23877 shows that the size of the terminal species-specific regions increases as the phylogenetic distance between compared species increases. The synteny observed between central regions degenerates progressively over several hundreds of kilobases before reaching the terminal species-specific regions. This synteny appears as gradually parceled out by multiple insertions/deletions (indels) of genes. The comparison of the sequences of the Terminal Inverted Repeat (TIR) of two S. ambofaciens strains shows the two strains share the same ancestral boundaries of TIRs. On the other hand, the terminals regions are strain-specific suggesting that exchanges of replicon extremities, potentially plasmidic, have occurred, contributing to the terminal variability observed at the intraspecific level. The mechanisms of double breaks repair or the frequency of these double breaks could be the reasons of this variability. Sometimes, the chromosome becomes dicentric and enters in a break-fusion-bridge (BFB) cycle. This cycle is the consequence of a end-to-end fusion of two deleted chromosomes. The analysis of S. ambofaciens DSM40697 strains with a second locus involved in the partitioning narrows the implication of this one in the chromosomic instability and the Streptomyces’ evolution.
Source: http://www.theses.fr/2007NAN10108/document

Informations

• Publié par: Thesee
• Nombre de lectures: 286
• Langue: Français
• Poids de l'ouvrage: 3 Mo

Extrait

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http://www.cfcopies.com/V2/leg/leg_droi.php
http://www.culture.gouv.fr/culture/infos-pratiques/droits/protection.htm FACULTE DES SCIENCES ET TECHNIQUES

UFR Sciences & Techniques Biologiques

Ecole Doctorale Biologie Santé Environnement


Thèse

Présentée pour l’obtention du titre de
Docteur de l’Université Henri Poincaré, Nancy-I
En Génétique Moléculaire
par
Alexandre GALLOIS
DYNAMIQUE DES EXTREMITES DU CHROMOSOME
LINEAIRE DE STREPTOMYCES AMBOFACIENS
Thèse soutenue le 12 Novembre 2007
Membres du jury :
M. Dominique SCHNEIDER Professeur, Université de Grenoble Rapporteurs :

M. Jean-Nicolas VOLFF Professeur, ENS Lyon
Mme Annie DARY, Professeur, U.H.P.-I.U.T, Nancy I Examinateurs :

M. Bertrand AIGLE, Maître de Conférence, U.H.P., Nancy I

M. Bernard DECARIS, Professeur, U.H.P., Nancy I (Président de jury)

M. Pierre LEBLOND, Professeur, U.H.P., Nancy I (Directeur de thèse)

Laboratoire de Génétique et Microbiologie – UMR UHP/INRA 1128 – IFR 110
Faculté des Sciences et Techniques – 54506 Vandoeuvre-les-Nancy
FACULTE DES SCIENCES ET TECHNIQUES

UFR Sciences & Techniques Biologiques

Ecole Doctorale Biologie Santé Environnement

Thèse

Présentée pour l’obtention du titre de


Docteur de l’Université Henri Poincaré, Nancy-I
En Génétique Moléculaire
par
Alexandre GALLOIS
DYNAMIQUE DES EXTREMITES DU CHROMOSOME
LINEAIRE DE STREPTOMYCES AMBOFACIENS
Thèse soutenue le 12 Novembre 2007
Membres du jury :
Rapporteurs : M. Dominique SCHNEIDER Professeur, Université de Grenoble

M. Jean-Nicolas VOLFF Professeur, ENS Lyon
Examinateurs : Mme Annie DARY, Professeur, U.H.P.-I.U.T, Nancy I

M. Bertrand AIGLE, Maître de Conférence, U.H.P., Nancy I

M. Bernard DECARIS, Professeur, U.H.P., Nancy I (Président du jury)

M. Pierre LEBLOND, Professeur, U.H.P., Nancy I (Directeur de thèse)
Laboratoire de Génétique et Microbiologie – UMR UHP/INRA 1128 – IFR 110
Faculté des Sciences et Techniques – 54506 Vandoeuvre-les-Nancy































« As-tu déjà fait de ces rêves qui ont l’air plus vrai que la réalité.
Si tu étais dans l’incapacité de sortir d’un de ces rêves.
Comment ferais-tu la différence entre le monde du rêve
Et le monde réel ? »










Remerciements
REMERCIEMENTS


Je souhaite remercier le Pr. Bernard DECARIS d’avoir accepté que je réalise mes travaux
au sein du laboratoire de Génétique et Microbiologie – UMR INRA/UHP 1128 de l’Université
Henri Poincaré Nancy 1.

Un très grand merci à mon directeur de thèse, Pr. Pierre LEBLOND, pour m’avoir proposé de
travailler au sein de son équipe sur l’étude de l’évolution et des mécanismes évolutifs du
chromosome de Streptomyces ambofaciens, et de m’avoir fait confiance. Merci pour sa
disponibilité au quotidien, ses conseils et ses remarques sur mon travail de recherche. Merci
également pour nos grandes discussions du déjeuner portant sur des sujets sortant du cadre de nos
activités de recherche.

Un merci à Bertrand AIGLE pour m’avoir mis le pied à l’étrier durant mon stage de DEA et mes
premières années de thèse sur Streptomyces, et les nombreux conseils techniques.

Merci à Messieurs Dominique SCHNEIDER, Professeur, et Jean-Nicolas VOLFF, Professeur,
d’avoir accepté d’être les rapporteurs de ma thèse.
Merci à Mme Annie DARY, Professeur, d’avoir accepté de faire partie de ce jury de thèse.

Ce travail a fait l’objet de nombreux contacts et collaboration entre autres avec le Laboratoire de
Génétique et Microbiologie de Nancy, l’Institut de Génétique et Microbiologie d’Orsay et le
Génoscope. Ainsi je remercie ces personnes pour leur implication dans ce projet :
- Merci à Jean-Luc PERNODET, Michel GUERINEAU, Claude GERBAUD et François-
Xavier FRANCOU de l’Institut de Génétique et Microbiologie.
- Merci à Valérie BARBE, Sophie MANGENOT, et Chantal TRUONG du Génoscope.
- Un remerciement spécial à l’ensemble de l’équipe de Béatrice SEGURENS (Nathalie,
Manu et tous les autres) pour leur accueil, leur sympathie et leur aide durant mes deux
séjours au sein du Génoscope.
- Merci à Frédéric BORGES et Frédéric CHOULET qui complètent l’équipe du laboratoire
ayant participé à ce travail.
- Merci à Chloé AMBROSET d’avoir initié le travail sur la partition chromosomique et de
m’avoir supporté durant son stage de DEA.

Je tiens à remercier beaucoup de personnes qui durant toutes ces années ont su être présent même
juste un instant. Bien sûr, citer tout le monde est très difficile (et pas uniquement faute de place)
donc si votre nom n’apparaît pas, n’en soyez pas vexé, mais sachez que je pense à vous au moment
d’écrire ces quelques lignes.

Je tiens à remercier l’ensemble des personnes du laboratoire que j’ai côtoyé durant mes années
passées au sein du Laboratoire de Génétique et Microbiologie, pour les discussions que l’on a pu
avoir, l’aide mutuelle que l’on a pu s’apporter.
Plus particulièrement, je tiens également à remercier Paule, Laurence, Alexandra, pour son amitié
et sa présence lors de moments particuliers, Sylvain et Manon, ainsi que Brigitte et Christian pour
nos repas et soirées couscous chez Fatie, à qui je fais un clin d’œil. Merci également à Katy pour
sa complicité pour organiser certains pots au labo et pour nos discussions.
Je ne veux pas oublier Guillaume PAVLOVIC qui m’a initié au travail de recherche durant mes
deux stages de maîtrise. Merci pour tous les moments passés avec toi et l’autre Guillaume à user
les fauteuils des cinémas de Nancy ou de ton appart pour les matchs de foot.
Un très grand merci à Céline FOURRIER, pas uniquement pour l’aide technique qu’elle m’a
apporté durant ma thèse mais également pour sa sympathie et son amitié.

Remerciements
Je remercie également mon groupe laboratoire auquel se rattache d’autres éléments. Merci à Sibel,
Kevin, Dorian, Axelle, Jérôme (et leurs deux futurs bouts de choux), Magali, Jean-Yves, Philippe,
Elie, Céline, Romain, Nicolas E. (allez Nancy !!), Clémence, Jessy, Audrey, Ludo et Guillaume (il
risque d’être cité plusieurs fois donc ne trouvez pas ça bizarre). Merci pour nos soirées, week-end
à Grenoble, murder et leur présence quotidienne. Merci spécial à Magali qui me supporte depuis
de nombreuses années déjà (8 ans). Egalement à Jean-Baptiste et Virginie pour nos soirées poker
et à Nicolas G. Merci aux personnes du labo de médecine pour m’avoir initié au poker.

Un merci à ma troupe de théâtre estivale avec qui j’ai passé deux séjours fort agréables (Camille,
Mathias, Nicolas, Claire, Laetitia, Caroline, Franck, Joëlle,…) et à Valprivas (Brigitte, Jean-Pierre,
Anne, Jean….). Un grand merci à Franck de m’avoir accueilli et hébergé par deux fois à Paris lors
de mes séjours au Génoscope. Une pensée émue à Nelly qui nous a quittés durant l’écriture de ce
manuscrit.

Merci aux différentes personnes qui ont participé à l’aventure chorale CIES durant ces quatre
années. Plus particulièrement à Marie-Amélie (tu sais pourquoi), Piotr, Lars, Perrine, Jean-
François, Bertrand, Pierre E…. Et bien sûr pas uniquement pour la chorale mais aussi pour les
randos et soirées. La chorale est morte