Endophytic fusarium oxysporum [Elektronische Ressource] : phylogeny and induced defense responses in banana plants against radopholus similis / von Andreas Kurtz

Andreas Kurtz

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• Publié le: 01 janvier 2010
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• Langue: English
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Extrait

Institut für Nutzpflanzenwissenschaften und Ressourcenschutz
der
Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn


Endophytic Fusarium oxysporum:
Phylogeny and induced defense responses in banana plants
against Radopholus similis

Inaugural-Dissertation
zur
Erlangung des Grades

Doktor der Agrarwissenschaften
(Dr. agr)

der
Hohen Landwirtschaftlichen Fakultät
der
Rheinischen Friedrich-Wilhems-Universität
zu Bonn





vorgelegt am
10.02.2010
von
Andreas Kurtz
aus
Saarbrücken, Deutschland

























Referent: Prof. R. A. Sikora

Korreferent: Prof. J. Leon

Tag der mündlichen Prüfung: 18.05.2010

Gedruckt bei: COD in Saarbrücken

Erscheinungsjahr: 2010







Dedicated to Mina!
Endophytic Fusarium oxysporum: Phylogeny and induced defense responses
in banana plants against Radopholus similis
The burrowing nematode Radopholus similis is a destructive pest of banana causing
severe yield losses in plantations worldwide. R. similis infestation of the banana root is
significantly reduced, when the root system is colonized by specific non-pathogenic
Fusarium oxysporum endophytes. This enhanced resistance towards the nematode acts
in a systemic manner. Until now, it is not clear how and why only specific isolates of this
species of Fusarium induce what is called systemic induced resistance (SIR). In order to
obtain a better understanding of this unique interrelationship, mutualistic F. oxysporum
endophytes were phylogenetically compared both to each other and to the pathogenic
forms of F. oxysporum f.sp. cubense. Molecular and biochemical aspects of SIR
responses in the banana cultivar ‘Valery’ (AAA) were assessed.
RAPD, RFLP and sequence analysis of different DNA sequences were evaluated for
their potential to infer the phylogeny of F. oxysporum isolates, which were characterized
as being mutualistic by conferring enhanced resistance against R. similis. Most isolates
originated from Uganda, Africa. Sequence analysis of the partial IGS region was
identified as the best approach for inferring the phylogenetic relations of the Fusarium
isolates to each other. It could be shown that non-pathogenic were clearly distinct from
the pathogenic isolates and that isolates generally clustered according to their
geographical origin by forming an independent African clade. However, in contrast to the
scattered and genetic diverse mutualists and commensalists from Uganda, pathogens
were arranged in an exclusive cluster showing only little genetic diversity. Therefore,
pathogenicity can be considered a monophyletic trait, whereas mutualism must be
considered polyphyletic.
NPR1 and PR-1 homologs of Musa AAA were chosen as marker genes for ISR and SAR
respectively. Real-time PCR was used to monitor their expression in the leaves and roots
of the banana cultivar ‘Valery’ (AAA) in response to treatments with chemicals, R. similis
and mutualistic, commensalistic or pathogenic F. oxysporum isolates. Expression studies
showed that, SAR and not ISR, was elicited by certain chemical inducers. The presence
of R. similis alone did not lead to SAR or ISR. Nematode penetration was significantly
reduced by the mutualistic Fo162 and the pathogenic Fo001, by 39% and 45%,
respectively. PR-1 transcripts accumulated in response to the pathogen Fo001,
suggesting the onset of SAR as part of the incompatible interaction between Fo001 and
the Fusarium wilt resistant cultivar Valery. The accumulation of NPR1 and PR-1
transcripts did not increase in the presence of the mutualist Fo162, thus indicating that
both ISR and SAR were not involved during SIR.
Root exudates extracts of Valery, colonized by Fo162, were collected on a XAD-4 matrix,
extracted and both analyzed by RP-HPLC and tested in vitro biotest systems for their
chemotactical activity towards R. similis. The RP-HPLC analysis of the root exudate
extracts identified the identical set of 26 compounds for both treatments. Significant
differences in compound accumulation were observed between the treatments.
Nevertheless, the individual root exudate extracts did not show any repellent or attractant
activity towards R. similis in an in vitro biotest system.
ISR and SAR seem to be irrelevant in the enhanced resistance against R. similis that is
induced by mutualistic F. oxysporum isolates. Neither gene expression studies nor root
exudate profiling indicated the actual mechanism that accounts for the enhanced
resistance of banana against R. similis. However, the findings of the phylogenetic as well
as the gene expression studies, along with routine VCG tests, support the safe use of
mutualistic Fo162 as a R. similis management tool in banana production in future. Fusarium oxysporum Endophyten: Abstammungsverhältnisse und induzierte
Abwehrreaktionen gegen Radopholus similis in der Bananenpflanze
Der Wurzelnematode Radopholus similis ist ein aggressiver Schädling der Banane und
verursacht massive Ertragsverluste in Anbaugebieten weltweit. Besondere apathogene
endophytische Pilze der Spezies F. oxysporum können den Nematodenbefall durch
Kolonisierung des Bananenwurzelsystems reduzieren, wobei die erhöhte Resistenz
gegen R. similis systemisch induziert wird. Jedoch ist unklar warum nur einige
Endophyten diese sogenannte Systemisch Induzierte Resistenz (SIR) auslösen und
worauf Sie basiert. Um diese Fragen zu beantworten, wurden zum einen die
Abstammungsverhältnisse von apathogenen Isolaten untereinander und im Vergleich zu
pathogenen Isolaten analysiert, zum anderen wurden molekulare und biochemische
Aspekte der induzierten Abwehrreaktion am Beispiel der Bananensorte Valery
untersucht.
RAPD, RFLP, DNA-Sequenzanalyse sowie die Analyse verschiedener DNA-Regionen
sollten die Abstammungsverhältnisse mutualistischer, commensalistischer oder
pathogenen Fusarium Spezies beschreiben. Den besten Ansatz zur Beschreibung der
verschiedenen Fusarium spp. lieferte die Sequenzanalyse der IGS-Region. Durch den
starken Einfluss des geografischen Ursprungs, kam es zur Bildung eines separaten
afrikanischen Astes. Dabei unterschieden sich die nicht pathogenen Isolate deutlich von
den Pathogenen. Im Gegensatz zu den genetisch diversen apathogenen Endophyten
bildeten die Pathogene ein eigenes Cluster mit nur geringer genetischer Diversität.
Daher wird in diesem Ast des Stammbaumes die Eigenschaft der Pathogenität als
monophyletisches und Mutualismus als polyphyletisches Merkmal betrachtet.
In Studien zur Genexpression wurde homologe NPR1 und PR-1 Sequenzen von Musa
AAA als Marker für jeweils Induzierte Systemische Resistenz (ISR) oder ‘Systemic
Acquired Resistance’ (SAR) identifiziert und der Einfluss von Chemikalien, R. similis und
mutualistischer, commensalistischer oder pathogener F. oxysporum Isolate auf deren
Expression in Blättern und Wurzeln von Bananen der Sorte Valery ermittelt. Hierbei
wurde nur SAR, aber nicht ISR durch die chemischen Induktoren ausgelöst. Die
Penetrationraten von R. similis wurden durch das mutualistische Isolat Fo162 und das
Pathogen Fo001 signifikant um 39% bzw. 45% reduziert. Während die Penetration von
R. similis alleine weder ISR noch SAR auslöste, wurde die Akkumulation von PR-1
Transkripten durch das Pathogen Fo001 erhöht, was auf eine Beteiligung von SAR bei
der inkompatiblen Reaktion der resistenten Bananensorte Valery gegen Fo001 schließen
lässt. Die Akkumulation von NPR1 oder PR-1 Transkripten wurde durch den Mutualisten
Fo162 nicht signifikant erhöht. Folglich spielen SAR und ISR keine Rolle bei SIR in
Banane.
In einem weiteren Versuch wurden Wurzeln von Valery gezielt mit dem Mutualisten
Fo162 besiedelt. Die Wurzelexudate wurden durch eine Matrix gebunden, anschließend
extrahiert, mittels RP-HPLC analysiert und in einem in vitro Testsystem gegen R. similis
getestet. Die Analyse der Extrakte zeigte je Kontrolle und Behandlungen eine identische
Zusammensetzung von 26 Verbindungen, welche sich lediglich in der jeweils
nachgewiesenen Menge unterschieden. In den Biotests zeigte keines der Extrakte eine
abschreckende oder anlockende Wirkung auf R. similis.
Die Studien zur Genexpression zeigen, dass weder ISR noch SAR eine Rolle bei der
erhöhten Resistenz durch SIR spielten. Auch die Analyse der Wurzelexudate gab keinen
Aufschluss über die Wirkmechanismen der erhöhten Resistenz der Banane gegen R.
similis. Dagegen unterstützen die Ergebnisse der phylogenetischen als auch der Studien
zur Genexpressionsstudie, im Einklang mit den Daten aus vorausgegangenen VCG
Tests, die risikofreie Anwendung des nicht pathogenen Mutualisten Fo162 bei der
Bekämpfung von R. similis im Bananenanbau. TABLE OF CONTENTS i
Table of Contents

1 General Introduction ............................................................................................ 1
1.1 Banana: The import