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Informations
Publié par | Thesee |
Nombre de lectures | 95 |
Langue | English |
Poids de l'ouvrage | 18 Mo |
Extrait
UNIVERSITÉ ÉVRY – VAL D’ESSONNE
ECOLE DOCTORALE
DES GÉNOMES AUX ORGANISMES
THÈSE
Présentée en vue de l’obtention du grade de
Docteur en Sciences de l’Université Evry – Val d’Essonne
par
Delphine DEBOIS
Imagerie moléculaire d’échantillons biologiques
par spectrométrie de masse ToF-SIMS
Soutenue le 03 octobre 2008 devant la Commission d’Examen :
Mme Jeanine Tortajada Présidente
Mr Michael Karas Rapporteur
Mr Jean-Marie Schmitter
Mr Gérard Bolbach Examinateur
Mr Alain Brunelle Examinateur
Mr Olivier Laprévote Directeur de Thèse
À Noël Quinton…
Merci à…
Monsieur le Professeur Olivier Laprévote, pour ton accueil au laboratoire, pour avoir placé en
moi une confiance dont j’espère être digne, à présent et dans l’avenir.
Monsieur le Docteur Alain Brunelle, pour le temps que tu as passé à me transmettre tout ce
que je sais en imagerie, pour les expériences (pas que scientifiques) que nous avons partagées,
pour ton humour du vendredi. Merci surtout pour ta disponibilité.
Madame la Professeur Jeanine Tortajada, pour avoir accepté de présider ce jury de thèse. La
boucle est bouclée : vous étiez déjà là lorsque j’ai présenté mon projet de thèse pour obtenir
une bourse et vous étiez encore là le jour de ma soutenance. En témoignage de ma grande
reconnaissance.
Monsieur le Professeur Michael Karas, pour l’honneur que vous me faites d’avoir accepté de
rapporter ces travaux, vous obligeant à lire 300 pages manuscrites en Français.
Monsieur le Professeur Jean-Marie Schmitter, pour votre regard sur ces travaux, en
témoignage de mon profond respect.
Monsieur le Docteur Gérard Bolbach, pour le plaisir que vous me faites d’avoir accepté
d’examiner mon travail. Avec tous mes remerciements.
Nos collaborateurs,
Madame le Docteur Pascale Richardin, Monsieur le Docteur Vincent Mazel et Monsieur le
Docteur Philippe Walter, pour notre travail commun sur les patines de statues Dogon. Chaque
journée passée ensemble devant le ToF-SIMS ressemblait à une récréation.
Madame le Docteur Simone Séror, Monsieur le Docteur Barry Holland et Kassem Hamzé,
pour notre collaboration fructueuse sur les surfactines et le swarming. Notre travail commun
m’a beaucoup appris, sur le plan scientifique comme humain.
Monsieur le Docteur Jamal Ouazzani, Philippe Lopez et Emilie Adelin, pour votre expertise et
votre efficacité sans lesquelles l’analyse quantitative des surfactines n’aurait pas connu ce
succès !
Madame la Professeur Marie-Pierre Bralet et Monsieur le Docteur François Le Naour, pour
notre collaboration sur l’étude lipidomique de pathologies hépatiques. Ce travail m’a ouvert
l’esprit vers d’autres horizons.
Toutes les personnes qui ont participé de près ou de loin, à ce travail de thèse :
David Touboul, pour m’avoir formée au ToF-SIMS à mon arrivée en thèse, pour ton amitié et
ton calme qui tempère souvent mon impulsivité,
Nora Tahallah, pour nos discussions sur les résultats en ToF-SIMS, pour être devenue une
cocotte (en or) et avoir été là quand j’en avais besoin,
Nadège Lemahieu, pour ta personnalité unique, pour m’avoir aidée dans des moments où la
solution la plus simple n’était sans doute pas la meilleure et pour ton humour incomparable,
Jean-Pierre Le Caër, pour ton humour et ton expérience dont tu nous fais bénéficier,
Vincent Guérineau, pour ces quatre années de boutades, de discussions pseudo sérieuses sur
l’avenir du labo, et puis, aussi, pour notre travail commun sur l’analyse quantitative des
surfactines.
Farida Messouaf, pour ton amitié et notre amour partagé des Bueno !. Je te souhaite bon
courage pour la fin de ta thèse,
Alexandre Seyer, pour la complicité qui a fini par s’installer entre les disciples d’Alain, je te
souhaite bonne chance et bon courage pour la suite,
Sylvain Ravier, pour cette année passée au labo ensemble, tes remarques de Marseillais
déraciné et ton amour pour les programmes télévisés de M6. Avec toute mon affection,
Aïcha Bagag, pour avoir partagé ces trois années de galère, joie, déprime, stress… Nos
caractères différents ont finalement su cohabiter dans notre bureau exigu ! Je te souhaite
bonne chance pour la suite de ta carrière, et le meilleur pour ta vie personnelle,
Isabelle, Julie, Sylvie, pour votre bonne humeur et votre présence à mes côtés durant ces
quatre années au laboratoire,
Enfin, de façon plus intime j’aimerais remercier :
Audrey et Nicolas, pour avoir servi de cobayes gastronomiques, pour leur amitié et leur
soutien,
Arnaud et Aurélie, qui ont été présents à chaque instant de cette thèse, merci de votre amitié,
Ma belle-mère Danièle, mes belles-sœurs Gwenola, Gaëlle et Morgane, elles aussi ont
participé à ce succès. Merci à vous toutes,
Mes parents, pour m’avoir laissée libre de mes choix, même s’ils ne les ont pas toujours
compris, pour le profond plaisir que j’ai eu à les voir présents à ma soutenance,
Ma sœur Sophie et son compagnon Patrique, mon frère Fabrice et sa compagne Melinda, pour
avoir suivi l’avancement de ces travaux bien étranges et trop complexes, pour tout ce temps
passé ensemble, qui va me manquer à présent que je quitte la France,
Et bien sûr,
Merci à Loïc, sans qui je n’en serais pas là. Merci pour ton soutien, tes encouragements, ta
patience à mon égard, ta tendresse et tes attentions quotidiennes. Ta présence à mes côtés rend
la vie fabuleuse, merci pour tout cet amour.
Liste des abréviations
MS : Mass Spectrometry TOF/TOF: Time-of-flight/Time-of-flight
ToF-SIMS : Time-of-Flight Secondary Ion CID: Collision Induced Dissociation
Mass Spectrometry
SORI-CAD: Sustained Off Resonance
MALDI-TOF: Matrix-Assisted Laser Irradiation-Collision Activated
Desorption Ionization – Time-of-Flight Dissociation
ESI: ElectroSpray Ionization IRMPD: InfraRed MultiPhoton
Dissociation
MS/MS: Tandem Mass Spectrometry
ECD: Electron Capture Dissociation
FAB: Fast Atom Bombardment
DHB: 2,5-Dihydroxybenzoic acid
DESI: Desorption ElectroSpray Ionization
HCCA: 4- α-cyanohydroxycinnamic acid
ESSI: ElectroSonic Spray Ionization
THAP: 2,4,6-trihydroxyacétophénone
ICR: Ion Cyclotronic Resonance
SA: Sinapinic Acid
LMIS/LMIG: Liquid Metal Ion Source /
Liquid Metal Ion Gun 9AA: 9-aminoacridine
PSD: Post Source Decay SRIM: Stopping Reaction Ion Monitoring
PDMS: Plasma Desorption Mass XANES: X-Ray Near Edge Spectroscopy
Spectrometry
EXAFS: Extended X-Ray
PDMS: PolyDiMéthylSiloxane
SR-µ-FT-IR: Synchrotron Radiation-
LC: Liquid Chromatography Fourier Transform InfraRed
Micrsospectroscopy
UV: Ultra-Violet
ROI: Regions of Interest
LA-ICP/MS: Laser Ablation-Inductively
Coupled Plasma/Mass spectrometry
Sommaire
Préambule .......................................................................................................................... 1
Introduction générale ................................................................................................ 7
I. Méthodes d’ionisation .................................................................................... 10
1. SIMS : Secondary Ion Mass Spectrometry .............................................. 10
1.1. Principe ...................................................................................................... 10
1.2. Définitions ................................................................................................. 11
1.2.1. Rendement d’émission ionique secondaire ................................... 12
1.2.2. Fluence ou Densité de dose d’ions primaires ................................ 12
1.2.3. Section efficace d’endommagement .............................................. 13
1.2.4. Efficacité ........................................................................................ 14
1.3. Types de projectiles ................................................................................... 15
1.3.1. Les projectiles monoatomiques ..................................................... 15
1.3.1. Les projectiles polyatomiques ....................................................... 16
1.3.1.1. Agrégats à constituants « légers » ................................... 17
1.3.1.2. ants « lourds » 17
1.3.