Tests de détermination du tropisme du VIH-1 dans le cadre du traitement avec un antagoniste du récepteur à chimiokines CCR5 - Rapport - TESTS DE TROPISME

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Description

Mis en ligne le 29 oct. 2009 Le maraviroc (Celsentri®) est un antirétroviral qui bloque le processus d’entrée de certaines souches du VIH-1 dans les cellules hôtes par inhibition d’un des corécepteurs d’entrée présent à la surface cellulaire, le récepteur à chimiokines CCR5.Certaines souches de VIH-1 peuvent utiliser un autre corécepteur d’entrée (le récepteur à chimiokine CXCR4). Il est donc nécessaire, avant l’établissement d’une thérapie incluant le maraviroc, de s’assurer que les souches virales plasmatiques du patient utilisent le corécepteur d’entrée CCR5.Deux types de tests ont été développés pour la détection du tropisme viral des souches plasmatiques du patient :les tests génotypiques, qui à partir du séquençage d’une zone du génome viral déterminent une probabilité de tropisme ;les tests phénotypiques de tropisme qui nécessitent la mise en culture cellulaire des virus du patient. Mis en ligne le 29 oct. 2009

Sujets

• Biologie
• Infection sexuellement transmissible
• Médecine

Informations

• Publié par: haute-autorite-sante-techniques-et-procedures-de-diagnostic
• Publié le: 01 juillet 2009
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• Langue: Français

Extrait

 

 

T ESTS PHÉNOTYPIQUES ET TESTS GÉNOTYPIQUES DE DETERMINATION DU TROPISME DU VIH -1 ET TRAITEMENT PAR ANTAGONISTE DU RÉCEPTEUR CCR 5

Rapport d’évaluation technologique

Juillet 2009

Service évaluation des actes professionnels  

2 avenue du Stade de France – 93218 Saint-Denis La Plaine CEDEX – Tél. : [phone] – Fax : [phone] –rf-sastn.e:ptthah.www//  N° SIRET : 180 092 041 00011 – Code APE : 751 C

 

 

Tests de tropisme VIH-1 – Rapport d’évaluation

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L’ UIÉQPE  

Tests de tropisme VIH-1 – Rapport d’évaluation

Ce rapport d’évaluation a été réalisé par M. le Dr Gonzalo MARTINEZ ZAVALA, chef de projet au service évaluation des actes professionnels. La recherche et la gestion documentaire ont été effectuées par M. Aurélien DANCOISNE, documentaliste, avec l’aide de Mme Laurence FRIGÈRE, assistante documentaliste .   L’organisation logistique et le travail de secrétariat ont été réalisés par Mme Mireille EKLO.  _________________________________  

Pour tout contact au sujet de ce rapport : Tél. : [phone] Fax : [phone] E-mail : [e-mail]

Service évaluation des actes professionnels Chef de service, Mme le Dr Sun Hae LEE-ROBIN Adjoint au chef de service, M. le Dr Denis Jean DAVID, docteur ès sciences

  Service Documentation et information des publics Chef de service, Mme le Dr Frédérique PAGES, docteur ès sciences Adjointe au chef de service, Mme Christine DEVAUD

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Tests de tropisme VIH-1 – Rapport d’évaluation

T ABLE DES MATIÈRES  

L’ÉQUIPE ......................................................................................................................... 3   LISTE DES ABRÉVIATIONS ............................................................................................ 8   LEXIQUE .......................................................................................................................... 9   ORIGINE DE LA DEMANDE........................................................................................... 10   TEXTE COURT ............................................................................................................... 11   I.   C ONTEXTE ............................................................................................................... 11   I.1   Mécanisme d’entrée du VIH ................................................................................. 11   I.2   du Tropisme viral dans l’infection par VIH...................................... 11Importance   I.3    11Maraviroc, antagoniste sélectif du récepteur CCR5...........................................   I.3.1   Mécanisme d’action et efficacité du maraviroc ............................................ 11   I.3.2    ....... 11Détermination du tropisme viral préalable au traitement par maraviroc   I.3.3   Détermination du tropisme viral en situation d’échec thérapeutique avec une

combinaison d’antirétroviraux comprenant le maraviroc .............................. 12   I.4    ........................................................................................ 12Contexte réglementaire   II.   M ÉTHODE D ’ ONTIEVUAAL .......................................................................................... 12   II.1    ................................................... 12Analyse critique des données de la littérature   II.2    ................................................................................................ 13Groupe de travail :   III.   R ESULTATS DE L ’ ÉVALUATION .................................................................................. 13   III.1   Tests phénotypiques ............................................................................................ 13   III.1.1   Test phénotypique historique – MT2 .......................................................... 13   III.1.2    13Tests phénotypiques à virus recombinants..................................................   III.2   Tests génotypiques .............................................................................................. 14   III.2.1    15Performance diagnostique ..........................................................................   III.2.2   Détection des souches minoritaires............................................................. 15   III.2.3   Taux de non réponses................................................................................. 15   III.2.4   Aspects organisationnels. ........................................................................... 15   III.3   Tests de tropisme et échec thérapeutique aux antagonistes du récepteur CCR5...................................................................................................................... 16   III.4   Contrôle qualité .................................................................................................... 16   III.5    16Population cible des tests de tropisme...............................................................   IV.   CONCLUSIONS ..................................................................................................... 16   IV.1   Indications............................................................................................................. 16   IV.1.1   Préalable au traitement par inhibiteur du récepteur CCR5 .......................... 16   IV.1.2    ................................................................. 16Situation d’échec thérapeutique.   IV.2   Contrôle qualité .................................................................................................... 17   IV.3   Tests phénotypiques ............................................................................................ 17   IV.3.1   Performances.............................................................................................. 17   IV.3.2   Aspects organisationnels ............................................................................ 17   IV.4   Tests Génotypiques ............................................................................................. 17   IV.4.1   Performances.............................................................................................. 17   IV.4.2   Aspects organisationnels ............................................................................ 18   INTRODUCTION............................................................................................................. 19  

CONTEXTE..................................................................................................................... 20   I.   II.   III.   III.1   III.2  

S OURCES D ’ INFORMATION ........................................................................................ 20   C ONTEXTE DE LA DEMANDE ...................................................................................... 20   R RÉCEPTEURS À CHIMIOKINES DANS LES MÉCANISMES DOLE DES ’ ENTREE DU VIH ....... 20   Mécanismes d’entrée du VIH ............................................................................... 20   Classification des souches virales selon leur tropisme .................................... 21  

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Tests de tropisme VIH-1 – Rapport d’évaluation

III.3    22Épidémiologie et facteurs prédictifs de l’utilisation des corécepteurs ............   III.3.1   Phases de l’infection – évolution du tropisme............................................. 22   III.3.2    22Prévalence des souches à tropisme X4 chez les patients prétraités. ..........   III.3.3   Facteurs pronostiques................................................................................. 23   III.4   Tropisme tissulaire - Compartimentation ........................................................... 24   IV.   L E MARAVIROC ANTAGONISTE DU RECEPTEUR CCR5................................................. 25   IV.1    ......................................................................... 25Mécanisme d’action et efficacité   IV.2   Population cible :.................................................................................................. 25   IV.3   Problématiques liées au traitement..................................................................... 25   IV.3.1   des VIH des patients sous maraviroc .................Basculement de tropisme  25   IV.3.2    26Toxicité au long cours - Inhibition du récepteur CCR5.................................   IV.3.3   Résistance .................................................................................................. 27   V.   C ONDITION S ACTUELLE S DE LA PRISE EN CHARGE PAR L ’A SSURANCE MALADIE ......... 27   VI.   I DENTIFICATION DANS LES NOMENCLATURES ÉTRANGÈRES ........................................ 28   MÉTHODE D’ÉVALUATION........................................................................................... 29   I.   R ECHERCHE DOCUMENTAIRE .................................................................................... 29   I.1    ........................................... 29Bases automatisées de données bibliographiques   I.1.1    ........................................ 29Bases de données bibliographiques consultées :   I.1.2   Stratégie d’interrogation des bases et résultats........................................... 29   II.   S ÉLECTION DES DOCUMENTS IDENTIFIÉS ................................................................... 32   II.1   Première sélection des documents identifiés par la recherche bibliographique32   II.2   Sélection des documents analysés dans ce rapport ......................................... 32   II.2.1    32Critères de sélection ...................................................................................   II.2.2   Résultats..................................................................................................... 32   III.   G ROUPE DE TRAVAIL ................................................................................................ 33   III.1   Constitution .......................................................................................................... 33   III.2   Composition ......................................................................................................... 33   III.3   Déclaration d’intérêts ........................................................................................... 34   III.4   Recueil de la position argumentée du groupe de travail ................................... 34   RÉSULTATS DE L’ÉVALUATION.................................................................................. 35   I.   C RITÈRES D ’ AÉVULTAOIN ......................................................................................... 35   I.1   Capacité diagnostique ......................................................................................... 35   I.2   Détection des souches minoritaires X4 .............................................................. 35   I.3    35Taux de non réponses..........................................................................................   II.   T ECHNIQUES PHÉNOTYPIQUES .................................................................................. 36   II.1   Essai Historique, Test sur cellules MT-2............................................................. 36   II.2   Techniques à virus recombinants ....................................................................... 36   II.2.1   Trofile TM  37(Monogram Biosciences) ou Phenosense env Essay....................   II.2.2   Phénoscript Env Essay TM (VIRaliance)........................................................ 39   II.2.3   Virco tropism platform (Virco BVBA, Belgique)............................................ 40   II.2.4    ............... 40Test à virus recombinant du laboratoire de virologie de Toulouse   III.   T ECHNIQUES GÉNOTYPIQUES .................................................................................... 41   III.1   Base physiologique – structure gp120 .............................................................. 41   III.2    41Principe Technique ..............................................................................................   III.3   Algorithmes disponibles ...................................................................................... 41   III.3.1    42PSSM .........................................................................................................   III.3.2   SVM ............................................................................................................ 42   III.3.3   SVM avec noyau à segments distants :....................................................... 42   III.3.4   Réseaux de neurones artificiels .................................................................. 42   III.3.5    42Arbres décisionnels.....................................................................................   III.3.6   Descripteurs structurels : ............................................................................ 42   III.3.7    42Méthode dite 11/25 .....................................................................................  

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Tests de tropisme VIH-1 – Rapport d’évaluation

III.3.8    43Charge électrostatique nette .......................................................................   III.4    43Analyse d’efficacité. .............................................................................................   III.4.1    43Articles sélectionnés ...................................................................................   III.4.2   Résultats obtenus sur séquences isolées des gènes env............................ 43   III.4.3    46Capacité diagnostique :...............................................................................   III.4.4    48Détection des souches X4 minoritaires. ......................................................   III.4.5    48Taux de non réponses.................................................................................   III.4.6   Problèmes organisationnels ........................................................................ 48   IV.   R ECOMMANDATIONS IDENTIFIÉES POUR LA DETERMINATION DU TROPISME .................. 49   V.   T EST DE TROPISME – ECHEC THÉRAPEUTIQUE ............................................................ 49   CONCLUSIONS.............................................................................................................. 50   I.   I SNNDICATIO ............................................................................................................ 50   I.1.1    50Préalable au traitement par inhibiteur du récepteur CCR5 ..........................   I.1.2    ................................................................. 50Situation d’échec thérapeutique.   II.   C ONTRÔLE QUALITÉ ................................................................................................. 50   III.   TESTS PHÉNOTYPIQUES .......................................................................................... 50   III.1    50Tests Phénotypiques historiques........................................................................   III.2    50Tests Phénotypiques à virus recombinants .......................................................   III.2.1   Performances.............................................................................................. 50   III.2.2    50Aspects organisationnels ............................................................................   IV.   T ESTS GÉNOTYPIQUES .............................................................................................. 51   IV.1.1   Performances.............................................................................................. 51   IV.1.2   Aspects organisationnels ............................................................................ 51   ANNEXES....................................................................................................................... 52   I.   M ÉTHODE GÉNÉRALE D ’ ELABORATION D ’ UN RAPPORT D ’ ÉVALUATION D ’ UNE TECHNOLOGIE DE SANTÉ ........................................................................................... 52   II.   C RITÈRES D ’ ECHEC THÉRAPEUTIQUE DANS LES ÉTUDES MOTIVATE ............................. 53   III.   C OMPTE - RENDU DU GROUPE DE TRAVAIL ................................................................... 53   III.1    ....................................................................... 53Composition du groupe de travail   III.2   Contexte ................................................................................................................ 54   III.3   Population cible .................................................................................................... 54   III.4    55Evaluation de l’efficacité des techniques phenotypiques et genotypiques .....   III.4.1    .......................... 55Critères d’évaluation (détection des souches minoritaires)   III.4.2    ......................................................................................... 55Tests historiques   III.4.3   Tests phénotypiques à virus recombinants.................................................. 56   III.4.4    58Tests génotypiques de tropisme..................................................................   III.4.5   Efficacité diagnostique des tests génotypiques de tropisme ........................ 60   III.5   Perspectives ......................................................................................................... 61   III.5.1   Mécanismes d’échappement au maraviroc – détection des résistances...... 61   III.5.2    62Immunomodulation et antagonistes du CCR5 .............................................   III.5.3   Tropisme – Marqueur pronostique ?........................................................... 63   III.6   Synthèse des positions sur les différentes techniques de tropisme ................ 63   III.6.1   Aspect organisationnels .............................................................................. 63   III.6.2    63Performance diagnostiques.........................................................................   III.6.3   Contrôle qualité ........................................................................................... 64   III.6.4   Évaluation globale....................................................................................... 64   IV.   P ROTOCOLE DE L ’ ÉTUDE « G ENO T ROPISM » : ÉTUDE DE LA CORRÉLATION GÉNOTYPE DE LA GP 120/ PHÉNOTYPE POUR LE TROPISME R5/X4 DU VIH-1 ET CORRÉLATION À LA RÉPONSE VIROLOGIQUE AU MARAVIROC .................................................................... 65   IV.1   Investigateurs ....................................................................................................... 65   IV.2   Rationnel ............................................................................................................... 65   IV.3    66Objectifs de l’étude...............................................................................................  

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IV.4   IV.5  

Tests de tropisme VIH-1 – Rapport d’évaluation

Méthodes............................................................................................................... Méthodologie et analyse statistique .................................................................. IV.5.1   Objectif principal ......................................................................................... IV.5.2   Corrélation tropisme génotypique/réponse et immunologique virologique ..

REFERENCES................................................................................................................

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