Modeling feedback loops in the mammalian circadian oscillator [Elektronische Ressource] / von Sabine Becker-Weimann

Frau Dipl.-Biol. Sabine Becker-Weimann

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• Publié le: 01 janvier 2010
• Nombre de lectures: 56
• Langue: English
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Extrait

Modeling Feedback Loops in the Mammalian Circadian
Oscillator
D I SS E R TAT I O N
zur Erlangung des akademischen Grades
doctor rerum naturalium
(Dr. rer. nat.)
im Fach Biophysik
eingereicht an der
Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät I
Humboldt-Universität zu Berlin
von
Frau Dipl.-Biol. Sabine Becker-Weimann
geboren am 22.09.1976 in Karlsruhe
Präsident der Humboldt-Universität zu Berlin:
Prof. Dr. Dr. h.c. Christoph Markschies
Dekan der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät I:
Prof. Dr. Lutz-Helmut Schön
Gutachter:
1. Prof. Dr. Hanspeter Herzel
2. Prof. Dr. Achim Kramer
3. Prof. Dr. Peter Ruoff
eingereicht am: 4. September 2008
Tag der mündlichen Prüfung: 7.Juli 2009ii
Abstract
In many organisms the circadian clock ticks with a period of approximately 24
hours and enables the organisms to keep track of time even without any environ-
mental time cues. Numerous physiological and cellular processes underly circadian
regulation. The molecular clock is a network of intracellular feedback loops: The
clock gene products directly or indirectly regulate their own transcription, which
results in molecular oscillations.
In this thesis, existing and new mathematical models of the circadian oscillator are
used to investigate the meaning of structural features — in particular the design of
the feedback loops — for fundamental circadian characteristics. In a simple model
(‘Goodwin model’) which consists of one negative feedback loop, the introduction
of saturating kinetics in a degradation term, but not in a production term, supports
oscillations.
With a new model that additionally contains a positive feedback loop, circadian os-
cillations with the correct phases between the clock components are obtained. The
phenotype of several clock mutants can be reproduced. The model synchronizes
with the light/dark cycle. Its phase can be fixed to either light onset or light offset
with different lengths of the day, if circadian restriction of light-input (‘gating’) is
assumed. In this model, the positive feedback has only a minor influence on the
robustness of the circadian oscillations towards parameter variations. This explains
−/−the rhythmic phenotype of Rev-erbα mutant mice that lack a positive feedback.
The model can also explain the unexpected regeneration of circadian oscillations in
Brdm1 −/−Per2 /Cry2 double mutant mice. The of circadian oscillations
Brdm1in the arrhythmic Per2 by additional mutation of Rev-erbα is predicted.
By including Rev-erbα explicitly into the model, another negative feedback loop is
added: This model reproduces circadian dynamics and the phenotypes of several
clock mutants.
Finally, models describing different molecular oscillators and general models con-
taining positive or negative feedback loops of varying chain length are compared
with respect to their robustness towards parameter variation. The structural design
and in particular the kind of feedback underlying the oscillator seems important for
the robustness of the model. A correlation between the robustness and temperature
compensation in a system is observed. Further analysis of circadian features with
these and other models will give insight into underlying principles of the circadian
oscillator.Zusammenfassung
In den meisten Organismen tickt eine zirkadiane Uhr, die eine Periode von unge-
fähr 24 Stunden aufweist. Sie ermöglicht ihnen die Zeitmessung auch ohne äußere
Signale. Zahlreiche physiologische und zelluläre Prozesse unterliege zirkadianer Re-
gulation. Die molekulare Uhr besteht aus gekoppelten intrazellulären Rückkopplun-
gen: Die Produkte der Uhrgene regulieren ihre eigene Bildung direkt oder indirekt
und erzeugen so molekulare Oszillationen.
In dieser Arbeit werden bestehende und neue mathematische Modelle des zirka-
dianen Oszillators verwendet, um die Bedeutung struktureller Merkmale — insbe-
sondere der Art der Rückkopplungen — für grundlegende zirkadiane Eigenschaften
zu untersuchen. In einem einfachen Modell (‘Goodwin-Modell’), das eine negative
Rückkopplung enthält, erleichtert der Einbau von sättigender Kinetik in einen Ab-
bauterm, nicht aber in einen Produktionsterm, Oszillationen.
Ein neues Modell, das außerdem eine positive Rückkopplung enthält, erzeugt kor-
rekte Phasen zwischen den Komponenten. Es reproduziert die Phänotypen von zir-
kadianen Mutanten. Das Modell synchronisiert mit dem Licht/Dunkel-Rhythmus.
Seine Phase bei verschiedenen Photoperioden kann auf den Sonnenaufgang oder
Sonnenuntergang stabilisiert werden unter der Annahme von zirkadian regulier-
tem Lichteinfluß (’gating’). Die positive Rückkopplung hat nur geringen Einfluß auf
die Robustheit der Oszillationen gegenüber Parametervariationen. Dies erklärt den
−/−rhythmischen Phänotyp von Rev-erbα Mäusen, die die positive Rückkopplung
nicht besitzen. Die überraschende Wiederherstellung von zirkadianen Oszillationen
Brdm1 −/−in der Per2 /Cry2 Doppelmutante kann mit dem Modell erklärt werden.
Brdm1Die Wiederherstellung zirkadianer Oszillationen in der arhythmischen Per2
−/−Mutante durch zusätzliche Mutation von Rev-erbα wird vorausgesagt.
Durch das Einfügen vonRev-erbα in das Modell entsteht eine weitere Rückkopplung.
Mit diesem neuen Modell koennen dynamische Eigenschaften und Phänotypen von
Mutanten reproduziert werden.
Zuletzt werden Modelle verschiedener molekularer Oszillatoren und allgemeine Mo-
delle, die aus eine positiven oder negativen Rückkopplung unterschiedlicher Ket-
tenlänge bestehen, bezüglich ihrer Robustheit bei Parametervariationen verglichen.
Die strukturelle Anordnung und speziell die Art der Rückkopplung ist wichtig für
die Robustheit der Modelle. Eine Beziehung zwischen der Robustheit und der Fä-
higkeit zur Temperaturkompensation wird beobachtet. Die weitere Untersuchung
zirkadianer Eigenschaften mit diesen und anderen Modellen wird zum Verständnis
der zugrundeliegenden Prinzipien des zirkadianen Oszillators beitragen.Contents
1 The circadian clock 1
1.1 Features of the circadian clock . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
1.2 Mechanism of the circadian clock . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
1.3 Mathematical modeling of the circadian oscillator . . . . . . . . . . . . . . 9
1.4 Description of this work . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
1.5 Outline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2 Michaelis-Menten kinetics in the Goodwin model 15
2.1 Michaelis Menten kinetics in a production term . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.2 Michaelis Menten in a degradation term . . . . . . . . . . . . . . 18
2.3 Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
3 Positive and negative feedback in the circadian oscillator 23
3.1 Construction of the model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
3.2 Simplification of the model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
3.3 Phases and amplitudes of the oscillations . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
3.4 Rhythmic versus constant activation of Per2/Cry transcription . . . . . . 33
3.5 Robustness of the system with and without positive feedback . . . . . . . 35
3.6 Reproduction and prediction of non-intuitive mutants . . . . . . . . . . . 39
3.7 Biological interpretation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
4 A model including two interlocked negative feedback loops 49
4.1 Construction of the model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
4.2 Circadian phases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
4.3 Clock-gene mutants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
4.4 Constant activation of the transcription of Bmal1 . . . . . . . . . . . . . . 55
4.5 Biological interpretation of the results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
5 Entrainment of the circadian clock 59
5.1 Phase-response curves, photoperiod and entrainment . . . . . . . . . . . . 59
5.2 Modeling light-input . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
5.3 Biological assumptions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
5.4 Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
5.4.1 Phase Response Curves . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
5.4.2 Phase of Entrainment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
5.4.3 Role of Delay-to-Advance Ratio of the PRC . . . . . . . . . . . . . 67
vvi Contents
5.5 Discussion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
5.5.1 PRCs and Gating . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
5.5.2 Phase of Entrainment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
6 The influence of the feedback mechanism on the robustness 73
6.1 The biological oscillators . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
6.2 Measures of robustness . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
6.3 Period sensitivities of different oscillators . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
6.4 Dependence of the period sensitivity on design princi