Diversité et fonctions écologiques des champignons en écosystème ...

Sapaly Thomas

Description

Diversité et fonctions écologiques des champignons en écosystème ...

Informations

• Publié par: eneqicec
• Nombre de lectures: 122
• Langue: Français
• Poids de l'ouvrage: 4 Mo

Extrait

N° Ordre : 3899
de la thèse
Thèse

présentée

DEVANT L’UNIVERSITE DE RENNES 1

Pour obtenir

Le grade de : DOCTEUR DE L’UNIVERSITE DE RENNES 1


Mention : BIOLOGIE


PAR

Thomas Le Calvez


Equipe Rôle de la Biodiversité dans les Processus Ecologiques
UMR 6553 Ecobio
Université de Rennes 1 / CNRS
Ecole Doctorale Vie-Agro-Santé
UFR Sciences de la Vie et de l’Environnement



Diversité et fonctions écologiques des
champignons en écosystème hydrothermal
marin profond

Le 20 avril 2009 devant la commission d’examen



Composition du jury :


Francis Martin Directeur de recherche, INRA Nancy Rapporteur
Philippe Normand Directeur de recherche, Université de Lyon 1
Professeur, Université d’York Examinateur Peter Young
Ivan Couée Professeur, Université de Rennes 1
Philippe Vandenkoornhuyse Directeur de thèse

Remerciements






Je tiens avant tout à remercier les membres du jury d’avoir accepté de lire et de juger ce
travail. Je tiens donc à remercier Messieurs Philippe Normand, Francis Martin, Ivan Couée,
ainsi que Peter Young, qui a fait l’effort de lire ce manuscrit en français, je vous en suis tous
reconnaissant.


Un grand merci à mon directeur de thèse, Philippe Vandenkoornhuyse, pour m’avoir accueilli
dans son équipe et m’avoir donné la chance de travailler sur ce sujet passionnant. Son
optimisme à toute épreuve, parfois déconcertant, m’a surtout aidé à surmonter les nombreuses
difficultés inhérentes à une thèse. Je le remercie également de m’avoir donné l’opportunité de
travailler dans des conditions vraiment très agréables durant ces années, de m’avoir fait
profiter de ses nombreuses collaborations et de m’avoir permis de voyager autant. En dehors
de ses compétences professionnelles, ses qualités « humaines » doivent ici être mises en
valeur ; elles ont permis une forte cohésion au sein de notre équipe.


Je tiens également à remercier chaleureusement Georges Barbier pour m’avoir accueilli dans
son laboratoire de l’ESMISAB pour mon stage de Master 2, et m’avoir permis ainsi de me
plonger dans l’hydrothermalisme et dans l’univers fascinant des champignons. Merci à toi
Georges de m’avoir « introniser » dans le monde de la Recherche. Je tiens par ailleurs à
remercier tout le personnel de l’ESMISAB, dont la sympathie m’aura permis d’oublier le
climat brestois… merci à tous et spécialement à Gaétan Burgaud, pour l’heureuse
collaboration que nous avons développé, ainsi qu’à Marie Hélène Thomas.

Cette thèse n’aurait sans doute pas été si agréable si je n’avais pas partagé le bureau de
Mademoiselle Fanny Ramel ; sa gentillesse et son humour m’auront été d’un grand soutien.
J’espère Fanny ne pas t’avoir trop martyrisé durant ces trois ans de « colocation
bureaucratique » !! Notre amitié perdurera bien après nos soutenances de thèse.
Merci également à Gwenola Gouesbet Jan, Cécile Sulmon et Ivan Couée (une seconde fois),
pour les nombreux fous rires au café du matin (entres autres)!... et pour leur aide.

Special thanx à l’équipe de choc : Nolwenn, Cécile, Stéphane pour l’ambiance des manips de
labo, pour leurs coups de mains, les soirées…Merci à vous les filles, particulièrement à
Stéphane, pour son aide lors de la seconde année de thèse !
Un grand merci également à Alexis Dufresne, dont l’aide bioinformatique, et le temps qu’il
m’a accordé, m’ont été d’un secours capital pour l’avancement de ce travail.

Merci à toute l’équipe RBPE (feu IBTM) : André-Jean, Bertrand, Marie-Paule, Nathalie,
Françoise, Myriam, Pierre, Daniel, Luc, et tous les autres !!!
Merci à la force vive d’ECOBIO, stagiaires, thésards, post doc, ATER, et plus
particulièrement à toi Yann, forcément ! Mais également à : Emilie, Cécile, Benoît, Marion,
Marie Lise, Amandine, Lisa, Denis, Fab & Nico …
Je remercie également tout le personnel d’ECOBIO, et particulièrement Jocelyne Béven et
Sandra Rigaud, pour les tracas administratifs qu’a pu provoquer mon séjour américain, mais
également à Saïd Nassur qui m’a notamment bien aidé pour l’impression de ce manuscrit,
ainsi qu’Oscar Lima qui saura pourquoi !


Merci également à Laetitia Guillot pour son implication dans la mise en place de la base de
données. Son sérieux et ses compétences informatiques auront permis à ce projet de se
développer très rapidement.

Je tiens également à exprimer ma gratitude et mon respect à Eugene Koonin, pour m’avoir
permis de séjourner plus de deux mois dans les bureaux du NCBI, Terre Sacrée de la
Bioinformatique. Ces réflexions, son aide et son soutien m’ont permis d’aborder plus
sereinement le flot de données auquel nous étions confrontés. Merci également à Yuri Wolf
de m’avoir pris en charge au sein du NCBI ; sa patience, son calme et son accessibilité m’ont
été d’un grand secours au milieu de la nébuleuse informatique. Ce séjour restera pour moi
l’un des souvenirs impérissables de cette thèse.


Merci également aux financeurs, sans qui ce travail n’aurait pas été possible : le Ministère de
l’enseignement supérieur et de la recherche, et la Fondation Total pour la biodiversité et la
mer.



Un énorme merci également à ma famille, pour son soutien continu tout au long de ma
scolarité : merci à mes parents et à ma sœur Florence.


















Enfin, merci à toi Emilie,
pour Tout… Glossaire




Apomorphe : se dit des transformations évolutives d’un caractère, de l’état ancestral vers un
état dérivé.
Attraction des longues branches : artefact de reconstruction phylogénétique, regroupant les
organismes à taux d’évolution rapides, sans liens de parenté.
Biotrophe : se dit d’un organisme fixé sur un organisme vivant, se développant à ses dépends,
sans entraîner la mort.
Cheminée hydrothermale (évent hydrothermal) : larges édifices pouvant atteindre 10 mètres
de hauteur, constitués de l’accrétion des métaux provenant des fluides
hydrothermaux.
Chimioautotrophie : capacité d’un organisme à utiliser une source d’énergie minérale pour
la production de carbone organique et d’énergie.
Chimiohétérotrophie : capacité d’un organisme à utiliser une source de carbone organique
comme source de carbone et d’énergie.
Coenocytiques : hyphe résultant de divisions nucléaires répétées, sans divisions cellulaires
concomitantes.
Contig : séquences nucléotidiques obtenues par assemblages des reads.
Dorsale océanique : chaîne de montagnes sous-marine de plus de 60.000 km de long,
localisée entre deux plaques lithosphériques qui s’écartent.
Eumycota : champignons vrais (en opposition aux fongiformes).
Fumeurs noirs : fluide hydrothermal chaud résurgent de la croûte océanique, composé d’eau
de mer chargée en métaux dissous. Des sulfures combinés à ces métaux vont
former des particules noires.
Homoplasie : similarité chez une ou plusieurs espèces, de séquences (d'ADN ou de
protéines), qui n’est pas due à l'héritage d'un ancêtre commun. Plusieurs cas
d'homoplasies peuvent exister: l'analogie, la convergence, le parallélisme, la
réversion.
Métagénomique : étude des génomes de l’ensemble des organismes d’un milieu.
Monophylétique : en phylogénie, groupe qui comprend une espèce ancestrale et tous ses
descendants (en opposition avec polyphylétique). Un groupe monophylétique
est également appelé clade.
Nœud (phylogénie) : point de rencontre de trois branches ou segments de branches dans un
arbre. En phylogénie, le nœud représente un groupe comprenant les taxons
frères en aval de ce nœud.
Outgroup : groupe externe en phylogénie.
Read (lecture) : séquences nucléotidiques brutes générées par pyroséquençage.
Plésiomorphe : se dit de l’état ancestral d’un caractère.
Thalle : structure dépourvue de racine, de tige ou de feuille.
Tubicoles : organismes vivant dans un t